今、明かされる「しんのすけ」出生の真実──
雨の日にひろしとみさえのもとに可愛らしい赤ちゃんが誕生した。ひろしが考えた名前のメモは濡れてほとんど読めなくなっていたが、読める文字を繋げてみると「しん...の...すけ」。あれから5年、野原家に1人の女性が訪れる。ちよめと名乗るその女性の口から信じられない言葉が...。「私、しんのすけさんの本当の親なんです。」ひろしとみさえは戸惑いながらも、身ひとつで来たちよめを追い返すわけにもいかず、その日は野原家に泊めることに。しかし、その夜突如謎の忍者軍団が襲い掛かる! 瞬く間に連れ去られるちよめとしんのすけ。果たして「しんのすけ」の運命は? 本当の「家族」とは一体!?
One day, a woman named Chiyome Hesogakure with a child named Chinzō visits the Nohara family and claims that she is the real mother of Shinnosuke and takes him away to a Ninja Village. In the Ninja Village, the Hesogakure family has been protecting "the earth's navel" by blocking it with a pure gold stopper using the "Mononoke technique" that has been passed down from generation. If it comes off, the earth will wither, the rotation will stop, and the "tomorrow" of the world will be lost! It is up to Shinnosuke to reveal the mystery of his birth and protect the future of the earth and the "tomorrow" of his family.