見知らぬ宇宙船で目を覚ました10人と1匹。なぜここにいるのか・・・わかる者は誰もいない。そして鳴り響く不気味な轟音。一体何が起こっているのか・・・どうする野原一家！？
しんのすけ達が眠っている間に100年もの年月が経っていた。そして互いの素性を知ると、ここにいる全員、最後の記憶はサトーココノカドーの駐車場だった。地球に戻るため協力して小型船を探しに行くのだが…
しんのすけ達が見つけ出した小型船が突如爆発。誰が何のために爆発させたのか！？この中に犯人がいるのか…？そして、ひろしの目の前に謎の扉が！？
ひろしが見つけてきた100年前のプスライト。空腹のあまり飲もうとするしんのすけ。そんな時に見つけたプルプルであま～い香りの食べ物。警戒しながらも食べようとしたその時…！？
田中さんは懲役800年の脱獄犯、“脱獄二郎”だった。食べ物を牛耳る脱獄二郎。そして、脱獄のご機嫌を取って食べ物をもらう蛸助を横目に、少しでも食料を分けてもらえるよう懇願するひろし。そんな中エレンは冷凍カプセルを見てあることに気がつく…
いなくなったミッチーとヨシリン。2人を探すしんのすけ達が見つけたものとは…！？そして、人数よりもひとつ少ない冷凍カプセル。カプセルなしで100年も生きられる人間はいない。この中にエイリアンが居るのか！？
急に大きくなってしまったシロをエイリアンだと怪しむ脱獄。この中の誰がエイリアンなのか確かめる方法があるという。一人、また一人と確かめていく最中、シロにさらなる変化が…！？
疑心暗鬼に陥る一同。そして、食べ物の前にはビームガンを持ち座する脱獄。そんな緊張状態でもお腹は空く。開かずの間で見かけたチョコビの話をきっかけに事態は急転する！？
おばさんの正体はロボットだった。おばさんに捕まり閉じ込められたしんのすけ達は、脱獄の手引きで脱出を試みる。そして、ジェームズを取りに行こうとするエレンを待ち構えていたものとは…！？
ついに現れたエイリアン「オシリアン」。宇宙船に連れてこられた人間達はオシリアンの食料だった。オシリアンに襲われ、何とか逃げ延びるものの、逃げ出した先でおばさんに捕まってしまうひまわり。そこで語られた驚きの真実とは…！？
おばさんの中から出てきたは“のどちんこロボ”。地球に帰る方法をのどちんこロボから聞き出した一同。急ぎコックピットへ向かう途中、起爆装置が作動し次々と爆発が起こる。のどちんこロボに案内されて向かった先に待ち構えていたものとは…！？
オシリアンに襲われバラバラに逃げる一同。シャッターに阻まれ別々になってしまうしんのすけとシロ。しんのすけは止めるひろしを振り切って行ってしまう。一方、先にコックピットに到着した脱獄たち。このまま飛び立ってしまうのか…！？
オシリアンとしんのすけ。地球一おバカな5歳児と完全生命体オシリアンの壮絶なるお尻対決が今始まる。果たして勝負の行方は！？そして、しんのすけたちは本当に地球に帰れるのか！？
カスカベに出来たオモチャ屋「ちんだらけ」。 開店記念で好きなおもちゃをもらえる噂を聞きつけ子どもで溢れかえる店内。 しかし、それは人間に捨てられたオモチャたちの復讐のはじまりだった…
「ちんだらけ」でもらった新しいオモチャに夢中のしんのすけたち。 持っていたアクション仮面やカンタムロボはほったらかし。 そんなある夜、オモチャたちの復讐「モチャモチャ計画」が動き始める。
カスカベ中のオモチャがなくなった。 しんのすけたちは「オモチャが欲しい！」と取り憑かれたように駄々をこね始める。 街中に溢れかえる駄々っ子の中を歩くボーちゃん。その片手には石、もう片方の手には…。
ステージで歌って踊るオバーン。「オモチャに自由を！人間どもに復讐を！」熱狂するオモチャたち。 しんのすけたちカスカベ防衛隊は「ちんだらけ」が出来てから起こっている不可解な出来事に気付きはじめる…。
しんのすけの家族が全員おもちゃにされてしまった！ 防衛隊みんなのパパやママもおもちゃにされてしまった。 そこへ現れるアクション仮面。しんのすけ達もおもちゃにされてしまうのか…！？
黒いマスク、紫マント、お腹に輝く「中」マーク。今日もどこかで泣いてるぜ。中高年が泣いてるぜ。 空よ、海よ、炭水化物よ、ラーメンライスだバーニングチャージ！ チューコーネン仮面とは何者なのか？しんのすけたちはオバーンを倒す事が出来るのか！？
オバーンがひた隠す最終回「さよならオバーン」に弱点を探すものの、そのDVDはレンタル中。 結局弱点はわからずじまいだが、オバーンを倒すためにチューコーネン仮面と共にちんだらけを目指すカスカベ防衛隊。無事にちんだらけに辿り着くことは出来るのか？
ちんだらけに辿り着いた防衛隊。小さいおもちゃなんて怖くないと息巻いていると、突如ちんだらけの警備システムが作動して散り散りになってしまう。 そして、しんのすけの前に現れたガリガリ博士の目的とは！？
離れ離れになった防衛隊の前に現れたのはエクスペンタブルズ。風間くんの目の前にはもえP。 一緒に遊ぼうと言うもえPにつられて遊園地で楽しい時間を過ごす風間くん。 「これからもずっと一緒にいたいな…」もえPの誘惑に風間くんは…！？
早くオバーンを倒さないと、DADAエネルギーがいっぱいになってしまう！？ おもちゃたちとの戦いに勝利し再び集まった防衛隊。そして、そこに現れた風間くん。 風間くんが持っていたのは、とある「契約書」だった…
ようやくオバーンの元へ辿り着いたしんのすけとチューコーネン仮面だったが、 そこへ現れたのはアクション仮面だった。 以前より強力なオバーンとアクション仮面を前に、チューコーネン仮面がとった行動とは…！？
目が醒めたアクション仮面はチューコーネン仮面と共にオバーンと戦うことに！ しんのすけの応援する中、オバーンとの戦いがはじまる。 果たして、ヒーローパワーでオバーンを倒すことは出来るのか…！？
ついに最終兵器ワーガマーマが動き出してしまった。 このまま世界はおもちゃにされてしまうのか？ カスカベは、しんのすけたちは一体どうなる！？
野原流尻剣法の使い手、野原ひろしの助。 己が剣法を広めるため家族を連れて放浪の旅路。 人は彼のことをこう呼ぶ…「家族連れ狼」！
尻剣法の強さを目の当たりにしたはずみは、ひろしの助たちと共に富士山藩へと向かうこととなる。 用心棒として同行するひろしの助だが、船で川を渡ろうとする一行を待ち構えていたものとは…！？
はずみは命を狙われているらしい。狙うものの名は魔牛乳苦斎（まぎゅう・ちちくさい）。 刺客を送ってはずみを仕留めるつもりだ。 次なる刺客は、狙ったものは外した事がない火縄銃の使い手、素内パー助であった。
宿ではずみの人相書きを見つけたひろしの助。 その掛けられた“一億万両”の賞金にすっかり金に目がくらんでいるおみさとひろしの助。 一刻も早く富士山藩へと急ごうとするが…。
いよいよ富士山藩へと到着！と思った矢先に山道で突然の大猿が登場！ 大猿もはずみを狙う刺客であった。魔牛乳苦斎以外にも刺客を送り込む新たな人物が…！？
富士山藩に到着した矢先に次々と刺客に襲われるひろしの助たち。 何とかやりすごすも、はずみと離ればなれになってしまう。 たどり着いた水場は何やら様子がおかしくて…
なんとはずみの正体は富士山藩のお姫様であった！ 再会した八兵衛から現藩主・へそもちの話を聞き、へそもちの元へ向かおうとするはずみ。 しかしはずみの手配書が出回っているため、外は危険で…
はずみを突き出して一億万両を狙っていたひろしの助たちは八兵衛に捕まってしまう。 富士山藩藩主“へそもち”と会うためはずみたちは待ち伏せをすることに。 そこに現れたのは、さながらパレードのような大名行列であった…
はずみはいよいよ富士山藩の藩主へそもちと対面を果たすが、命を狙っていると誤解されてしまう。 ひろしの助も駆けつけるが魔牛乳苦斎との一騎打ちに。 魔牛の剣法「脇剣法」とは如何なる剣法なのか…！？
魔牛乳苦斎の脇剣法に敗れたひろしの助。 魔牛に勝つためには幾多の剣豪たちが修行したとされる洞窟「ケツの穴」で修行するしかない。 ケツの穴から無事に戻る事はできるのか…！？
無事修行を終えて帰ってきたひろしの助としんのすけ。 部屋には八兵衛が反逆者として捕らえられ処刑されるとの置き手紙が。 八兵衛を救い出すことは出来るのか！？
城に乗り込んだひろしの助たちは、はずみと合流し八兵衛の救出へ向かう。 途中の隠し通路で目にしたのは大量の水だった。 富士山藩の村の水は枯れているが、ここに大量の水がある理由とは・・・！？
富士山藩の水をせき止めていたのはへそもちだった！ ついに諸悪の根源・へそもちとの対決が始まる。富士山藩に水と平和は戻るのか？ しんのすけたちの運命やいかに・・・！？
小さな田舎町で巻きおこる謎の妖怪騒動！ある日、小学生の桜ふみえは、ムダ毛妖怪「モッサモッサ」に襲われる！！そこに偶然現れた、母親を探して旅をする妖怪園児「お・お・お・のしんのすけ」とその父、妖怪「タマタマ親父」！この二人との出会いが壮大な妖怪事件簿の始まりだった・・・
妖怪親子を家に連れて帰るふみえ。突然強い妖気を感知したしんのすけはふみえと共に発信源へ向かう！しかしそこには母親ではなく、いらない物を容赦無く捨てる「妖怪ポイポイババア」が家族を襲っていた！困った家族に助けを求められたふみえとしんのすけは仕方なく妖怪を退治することに‥
ふみえはしんのすけを使って妖怪を退治する「ヨーカイバスターズ」を結成！それを学校でアピールしようとするが、クラスメートは給食のカレーに夢中。そんな楽しい給食時間に食べ物を超激辛にしてしまう「妖怪スパイス娘」が現れ学校は大混乱！さぁ、いまこそ「ヨーカイバスターズ」の出番だ！！
静かな山奥の温泉宿に妖怪が現れたと連絡を受けた「ヨーカイバスターズ」は早速現場に急行する！ が、温泉にいたのはバカ騒ぎをしているただのパーティーピーポーでがっかり。しかしその時、温泉の湯の中から「妖怪ユノハナー」が現れ、その花粉を吸い込んだしんのすけたちもパリピにされてしまう・・・
ある雨の日、ふみえはずぶ濡れで歩いているボロボロの片方だけの手袋「妖怪迷い手袋」と出会う。 ふみえは手袋が持ち主とはぐれてしまったと可哀想に思い、ショコラと名付けて家に連れて帰り、色々世話を焼くのだが、迷い手袋の真の目的は意外なものだった・・・
最近キャンプ場で人々が行方不明になっているという噂を聞きつけたふみえたちは早速現場へ。うす暗い森の奥から聞こえてくる歌を辿って行くと「妖怪マツタケ大王」によって、キノコに変身させられた人々を発見する！突如現れた「マツタケ大王」に隙を突かれ、ふみえはキノコに、しんのすけはトリュフにされてしまう！？
ふみえの家でくつろぐしんのすけ、そこに突如聞こえてくるしんのすけを呼ぶ母親みさえの声、今度こそかーちゃんだと一人で家を飛び出し、廃墟の病院にたどり着く。みさえの声はさらに大きくなり、その病院の中にしんのすけを誘う。だがそこには妖怪使いの怪しい罠が張り巡らされていた！？
妖怪使い・ディーノは「妖怪不景鬼」を呼び出し、しんのすけを助けに来たふみえたち共々、無気力にさせようとする。なんとか振り切って逃げようとするバスターズだが、数で勝る「妖怪不景気」に追い詰められ絶体絶命！ そして行方不明の母親みさえの居場所とは・・・！？
ついに念願の母と妹に再会し、妖怪野原家は一家団欒。家族が揃った事で妖怪事件に興味がなくなり家に帰りたいしんのすけ、妖怪使いディーノの暴走を止めたいふみえ、二人は対立しケンカしてしまう。このまま「ヨーカイバスターズ」は解散してしまうのか！？
突如、町中に妖怪が溢れかえり町の人々は大混乱！体育館に避難した怯える町民たちに、町長は非常事態宣言を発令し町から避難を促す！しかしふみえは、町長だけが妖怪に襲われないことに違和感を感じ、１人町長の後を追うふみえだが、そこには驚愕の事実が待ち受けていた！？
なんとこの町で起きていた妖怪事件の黒幕は町長だった！妖怪使いを使って町の人々を追い出し、巨大カジノを建設しようとしていたのだ！そしてその計画の最後の仕上げとして、壺に封じられた最凶の妖怪・「妖怪大統領」を復活させようとする。果たして、しんのすけたちは町長の野望を阻止できるのか！？
壺から出現した物体は町長の体をのっとり、最凶妖怪の力を使いバスターズを追い詰める。戦いの最中、町長の口からを吐き出された悪気の塊を浴びたみさえとひろしは自我を失った凶暴妖怪となってしまう。そして、ついにしんのすけも悪気の塊を浴びてしまい・・・
ふみえの逆ギレパワーで正気に戻ったしんのすけ達。だが町長の体から解き放たれた「妖怪大統領」はついにその巨大な真の姿を現す！！町へ向かう妖怪大統領に妖怪バスターズが最後の力を振り絞って立ち向かう！最凶妖怪・妖怪大統領と妖怪バスターズの最終対決が今始まる！
