黄昏の本拠地であるセントポール大聖堂に進軍する英国軍。 彼らを陽動部隊として、ルパンたちは聖堂内に潜入を果たしていた。 しかしそこにはかつてのヴァンの元上官であるアレスターが待ち受けていた。 ヴァンは自身の戦いを熟知した相手に苦戦する。 サンに後を託し、ルパンたちは先を急ぐ。 中心部にたどり着くと、そこには巨大な天球儀があり、フィーニスが姿を現す。 ヴァンは情報を引き出すためフィーニスに迫るのだが…
ノーチラスに捕らわれたカルディア。 ルパンたちはその身を案じながらも、巨大要塞を前になす術もない。 ルパンは単身乗り込もうとするが、ヴァンに万全でないことを見抜かれ、それを阻まれてしまう。 けれど言葉を交わしカルディアを救う想いを新たにするルパンとヴァン。 そんな二人にフランが、カルディアと世界を救うための方法を提案する。 サン、そしてイデアや英国軍の協力のもと――ルパンたちはノーチラスへと挑む。
カルディアは天球儀の中に取り込まれ、その中で、父であるアイザックの記憶を見る。 そこには彼が狂気の計画に憑りつかれるきっかけとなる悲劇的な出来事があった。 アイザックの野望に呑み込まれそうになるカルディアだが、再び駆けつけたルパンによって救い出される。 アイザックと対峙するルパン。 だが既に「コード：リアライズ」は達成され、アイザックは自らを世界を統べる神だと宣言する。
