Tomoya ist suspendiert - nun wollen sich alle um ihn kümmern. In der Zwischenzeit wurden böse Gerüchte über Tomoyo in Umlauf gebraucht und sie muss ihren Ruf wieder herstellen...
During the time that Tomoya is suspended from school, Tomoyo continues to come to his house, wake him up, and make him breakfast, though when she tries to ask him about his relationship with his father, he does not answer her. On Sunday when Tomoyo is making him lunch, Kyou, Ryou, and Kotomi arrive each bringing a bunch of food, and even Fuko appears with food; Tomoya ends up eating everything. Once back at school, he finds out how Tomoyo's reputation is dropping due to rumors of her as a gang leader, and arranges for Tomoyo to compete against several school sports clubs to boost her reputation. After school, Tomoyo tells Tomoya about her family situation and how her brother risked his life to keep their parents from divorcing. Nagisa finally comes back to school and is welcomed by her friends. During a tennis match between Tomoyo and a male tennis club member, a stray ball hits Nagisa on the leg, and Tomoya overprotects her, showing everyone how devoted he is to her.
Tomoyo doit absolument gagner les élections pour la présidence du BDE, mais elle part avec un handicap de notoriété. Pour remonter la pente, elle va s'adonner à quelques défis devant tout le lycée.
Mientras Tomoya no asiste al instituto, Tomoyo sigue fuera de su casa, despertándolo y haciéndole el desayuno, aunque no responde cuando le pregunta por su padre. Un domingo, cuando Tomoyo le está preparando el almuerzo, Kyou, Ryou y Kotomi llegan con comida, e incluso Fuko. Al volver, se entera de cómo la reputación de Tomoyo está cayendo debido a los rumores de que ella era líder de una banda, por lo que Tomoya se encarga de que Tomoyo compita contra varios clubes deportivos escolares para aumentar su reputación. Después del instituto, Tomoyo le cuenta a Tomoya acerca de su situación familiar y cómo su hermano arriesgó su vida para que sus padres no se divorciaran. Nagisa regresa al instituto. Durante un partido de tenis entre Tomoyo y un miembro del club de tenis, una pelota golpea a Nagisa y Tomoya la sobreprotege. Tomoyo se da cuenta de que Tomoya está enamorado de Nagisa y ambas hermanas Fujibayashi rompen a llorar. Al final, Tomoyo se convierte la presidenta del Consejo.
智代与其它学校的学生在校门口发生了争执，最后由朋也替智代顶罪，被处以停学处分。智代对此感到相当自责，一直很犹豫是否应该对学校说出真相，但朋也告诉智代为了话剧社，她一定要当上学生会长。另一方面，渚自从上次在学校昏倒后，就一直请病假没来上学。
Tomoyo, Kyou, Ryou, Kotomi e anche Fuko si prendono cura di Okazaki durante la sua sospensione. Quando il ragazzo torna a scuola, delle voci mettono Tomoyo in cattiva luce, così Okazaki la aiuta a riconquistare la fiducia degli altri organizzando svariati incontri sportivi. Per ringraziarlo, Tomoyo racconta ad Okazaki che un tempo la sua famiglia non era molto unita, e quando i genitori stavano per divorziare, suo fratello minore Takafumi si è buttato nel fiume. In seguito la famiglia si è riunita nel dolore e quando Takafumi è stato dimesso dall'ospedale, ha espresso il desiderio di rivedere ogni anno i ciliegi in fiore con la sua famiglia. L'obiettivo di Tomoyo in qualità di presidentessa è quello di salvare i ciliegi da chi vuole abbatterli. Quando torna Nagisa, assiste a uno scontro di tennis di Tomoyo ma viene colpita da una pallina. Tomoya reagisce subito in sua protezione, mettendo in chiaro i suoi sentimenti, e la porta con premura in infermeria.
