北町署に新たなキャリア署長が就任する日、署員は歓迎式の準備もあって浮ついていた。同じころ、市民の乗ったバスが男にジャックされる。しかし、男の持ち物から事前に犯行を察知していた遠山金志郎（玉木宏）は犯人を説得し、バスごと北町署に横づけさせて見事に事件を解決してしまう。彼こそが、北町署の新署長だった――。
キャリアらしくない金志郎は、叩き上げの刑事・南洋三（高嶋政宏）や、女性刑事の相川実里（瀧本美織）、副署長の半田順二（柳沢慎吾）らに気軽に接する。キャリアらしからぬ金志郎の振る舞いに戸惑う刑事たち。昔の事件がきっかけでキャリアに対して反発心を抱くようになった南は、金志郎が気に入らない。
そのころ南たちは、指名手配中の連続強盗殺人犯・谷口を追っていた。谷口は現金1億円を持って逃走していた。刑事課にふらっとやってきた金志郎は、被害通報件数No.1の落書きを捜査すべきだと提案する。落書きを取り締まって治安が回復したという海外の例を持ち出し、ついには刑事の勘で「落書きと手配犯が繋がる」と言い出す。南は、現場への口出しは無用、と言って取り合わない。
制服を脱ぎ捨て普段着で街に出た金志郎は、勝手に落書きの捜査を始める。といっても、単なる落書き消し。手配犯の捜査から外され、金志郎の案内係を命じられた実里は不満を隠せない。そんな中、街中の落書きにあるメッセージが隠されていることがわかり…。
