No primeiro dia das férias, Carlinhos, Casca, Isadora e Chica visitam o Butantan e saem de lá assustados: pensam ter visto um monstro e conversado com um fantasma.
As crianças decidem resolver o mistério do Butantan e encontram um grupo de fantasmas cientistas que precisam de ajuda em uma missão. Carlinhos vive um dilema: ajudar ou não o avô falecido.
Depois de encontrar a entrada da pirâmide, Carlinhos e os outros precisam enfrentar a serpente Naja que guarda a chave para abrir um misterioso armário.
Bárbara e Bastião se assustam com o misterioso morador da floresta. Carlinhos, Casca, Chica e Isadora enfrentam novos desafios dentro da pirâmide para acessar a câmara que guarda um enigma.
Depois de conseguir entrar na Câmara das Plantas Selvagens, as crianças conhecem três pajés que parecem maluquinhos. Mas só eles podem ensinar o caminho para encontrar os elementos que compõem o Soro.
Enquanto tentam desvendar a primeira parte do mantra, Carlinhos e os outros ainda precisam se preocupar com Bárbara e Bastião, que pretendem descobrir o que as crianças estão tramando.
A busca pelo Soro da Imunidade passa a correr sério risco quando Bastião decide seguir as crianças pela floresta e descobre a localização da pirâmide.
Depois de contar com a ajuda dos Fantasmas e da criatura misteriosa da floresta, as crianças precisam focar em abrir mais uma Câmara. Ernesto teme pela segurança de Carlinhos, Casca, Isadora e Chica.
Carlinhos entra na Câmara dos Seres Marinhos e tem uma experiência inesquecível ao encontrar o primeiro elemento e recuperar um diário valioso.
Carlinhos relembra o que passou dentro da Câmara dos Seres Marinhos. Os fantasmas mostram que o antigo Diário dos Cientistas pode ser útil na busca pelo próximo elemento.
As crianças decidem pegar um corredor diferente na pirâmide e acabam parando em um lugar desconhecido. Lá, encontram o ser monstruoso que os persegue na floresta. Será amigo ou inimigo?
As crianças enfrentam Orinde, uma múmia vaidosa que não parece nada confiável. Hug surge e põe em risco a missão pelo Soro.
Os fantasmas decidem comemorar as boas notícias, enquanto Carlinhos e os outros contam com a ajuda de Simi para descobrir mais uma câmara.
As crianças despertam o Faraó Sobekhotep I, que vive aprisionado na Lente. Carlinhos e os outros precisam decidir se vão pedir a ajuda de Orinde na busca pelo próximo elemento.
Orinde conta a história do Faraó e entrega para as crianças um artefato que pode ajudar na busca por mais um elemento. Antes de entrarem em uma nova câmara, um perigo mortal precisa ser superado.
Surge uma nova amiga disposta a ajudar na busca por mais um elemento. O excesso de tempo passado dentro da pirâmide pode trazer problemas para as crianças e ameaçar a missão.
Mesmo de castigo, Carlinhos e os outros decidem voltar ao Butantan, enquanto Bárbara põe em prática um plano para prejudicar Airton na direção do Instituto.
Na busca por pistas do elemento ar, as crianças precisam correr contra o tempo para terminar a missão e uma séria decisão deve ser tomada
Para acessar mais uma câmara é preciso passar por um corredor com fortes ventos. Kiki ressurge e os fantasmas precisam se separar para ajudar Airton.
Crianças, fantasmas, Simi e Kiki descobrem que o elemento Ar está dentro de um mundo em miniatura. Um deles deverá diminuir de tamanho e enfrentar os perigos que habitam esse Pequeno Mundo.
Simi enfrenta animais pré-históricos para encontrar o Pó de Ouro, o último elemento a ser conquistado. Uma passagem secreta se abre na sala
As crianças encontram a câmara com o sistema para fazer o Soro da Imunidade. Mesmo com todos os elementos, não conseguem reproduzi-lo. Surge uma figura histórica para ajudá-los.
Leonardo da Vinci explica sua relação com Simi. Uma nova tentativa de produzir o Soro é interrompida quando algo inesperado acontece. Do lado de fora, as crianças são dadas como desaparecidas.
O Faraó proíbe a produção do Soro, enfrenta Simi, e leva Casca à força para encontrar Orinde. Carlinhos e os outros precisam de um plano, enquanto Leonardo sai pelo portal em busca de reforços. Hug surge novamente de forma inesperada.
Orinde aceita ajudar as crianças e enfrentar o Faraó na Câmara dos Ainda Vivos. Para proteger os elementos do Soro, os fantasmas e Leonardo Da Vinci decidem enfrentar Sobekhotep I e suas múmias guerreiras.
Os fantasmas se recuperam e ganham vantagem na batalha. Leonardo da Vinci instrui as crianças, que ajudam na luta. Prestes a ser derrotado, Sobekhotep revela um último truque.