未来工学研究所は電子工学の権威である猿丸を迎え、海上基地ムトロポリスを建設していた。一方、洸はゴッドバードに変形するための訓練を続けていたが成功しない。その頃、桜野マリは神面岩で見つかった不思議な石を調べるため東京へ向かう。それを偶然見かけた修道尼の明日香麗はテレパシーでライディーンを呼び…。
