Season 2

Enam bulan selepas menumpaskan Adu Du pada penghujung musim pertama dan kembali ke bandar, BoBoiBoy berpindah ke Pulau Rintis dan meneruskan persekolahan di Sekolah Rendah Pulau Rintis. Maka, dia bertemu kembali dengan Yaya, Ying dan Gopal di samping bertemu dengan seorang lawan baru yang bernama Fang yang cemburu akan kuasa dan populariti BoBoiBoy di sekolah. Di samping itu BoBoiBoy juga mahir bertukar langsung kepada bentuk elemen tahap kedua. Sementara itu, Adu Du sering mencuba pelbagai cara untuk menghapuskan BoBoiBoy yang telah kembali itu, termasuklah bekerjasama dengan Fang buat sementara waktu. Akan tetapi, kesemua cubaannya gagal. Akhirnya, Fang pun menyertai geng BoBoiBoy kerana kuasanya juga dikurniakan oleh Ochobot secara tidak sengaja dalam satu pertembungan dengan Adu Du dan Probe. Musim kedua diakhiri dengan ketibaan Ejo Jo di Bumi yang mengucar-ngacirkan sekolah BoBoiBoy, menyebabkan geng BoBoiBoy berpakat dengan geng Adu Du.