Cici Ko dan MotoBot telah terperangkap di angkasa lepas dari kumpulan pemburu Power Sphera. Anak-anak kapal Lanun Angkasa menuju ke kapal angkasa Cici Ko dan BoBoiBoy dan Gopal mengambil peluang itu untuk menjadi wira dengan mengalahkan pemburu Power Sphera itu.
Adu Du dan Probe tiba di Bumi dan telah menculik Power Sphera MotoBot. Kemudian Cici Ko cuba mengesan lokasi MotoBot dengan pertolongan daripada Ochobot, BoBoiBoy dan Gopal untuk menyelamatkan MotoBot.
Ahli kadet baru dalam TAPOPS, BoBoiBoy dan Gopal telah dihantar ke Planet Gurunda untuk memulakan misi mencari Power Sphera dengan pertolongan daripada dua rakan lama mereka.
BoBoiBoy dan rakan-rakannya meneruskan misi mereka dalam mencari Power Sphera di samping bertemu dengan penduduk asing di Planet Gurunda.
Selepas kembali ke Planet Bumi dari misi mereka di Planet Gurunda, BoBoiBoy dan rakan-rakannya tiba-tiba diserang oleh Lanun Angkasa, yang berniat untuk mencuri semua Power Sphera.
BoBoiBoy dan rakan-rakannya menaiki kapal angkasa Cici Ko dan menuju ke Stesen Angkasa TAPOPS. Mereka ditimpa masalah apabila berhenti di suatu tempat larangan dan terpaksa berlawan dengan Nyamuk Amok dengan pertolongan daripada seorang sahabat lama.
Cici Ko dan yang meneruskan perjalan mereka ke Stesen Angkasa TAPOPS. Namun, mereka telah menerima panggilan kecemasan dari HQ TAPOPS yang melaporkan bahawa stesen tersebut telah diserang, jadi mereka segera teleport ke sana dengan Kuasa Teleportasi Ochobot.
BoBoiBoy, Gopal dan Fang telah diberikan tugasan untuk menghantar tiga bungkusan dobi kepada penerima misteri di Planet Dargha'ya, sebuah planet yang berbahaya, tetapi kelihatan ada musuh yang telah bersedia untuk mensabotaj misi mereka.
BoBoiBoy, Gopal dan Fang yang masih berada di Planet Dargha'ya cuba untuk mencari penerima bungkusan dobi itu untuk terus menyelesaikan misi. Bagaimanapun, misi mereka terganggu apabila Adu Du yang telah dipukau oleh seekor katak menyerang mereka.
Setelah kembali ke Stesen Angkasa TAPOPS, Tarung marah selepas mengetahui yang BoBoiBoy dan Gopal merupakan ahli TAPOPS. Dengan itu, Tarung memberikan mereka beberapa ujian untuk menentukan kelayakan menjadi ahli TAPOPS.
BoBoiBoy, Yaya, Ying dan Gopal dihantar oleh Cici Ko dan Tarung ke Planet Volkania untuk menjalankan Ujian Kental. Di sana, mereka perlu kalahkan Pasukan A dan dapatkan Power Sphera yang terletak di puncak gunung berapi.
Seorang pencuri alien bernama Panto telah datang ke TAPOPS mencuri Power-Power Sphera berharga.
BoBoiBoy dan kawan-kawannya pergi ke Planet Sarkas untuk mendapatkan semula Power-Power berharga yang dicuri tempoh hari. Kemudian mereka berhadapan dengan seorang clawndiator teragung, Jugglenaut.
BoBoiBoy dan rakan-rakannya berhadapan dengan Jugglenaut dan berada di ambang kekalahan, tetapi pada masa yang sama tibanya bantuan dari seorang sahabat lama dan bangkitnya sebuah kuasa elemental baru.
Laksamana Tarung memberikan arahan kepada BoBoiBoy dan rakan-rakannya untuk menyertai dan memenangi Perlumbaan Angkasa Nova Prix untuk mendapatkan Power Sphera bernama TrophyBot.
BoBoiBoy dan rakan-rakannya pulang ke Bumi setelah Laksamana Tarung memberikan cuti kepada mereka.
Raksasa batu lava bernama Roktaroka datang ke Bumi untuk membalas dendam terhadap BoBoiBoy!
Cattus mula mengamuk di Stesen Angkasa TAPOPS apabila merasakan ada sesuatu yang tidak kena pada keluarganya di Planet Gurunda, maka BoBoiBoy dan rakan-rakannya pergi ke sana untuk menyiasat.
BoBoiBoy dan rakan-rakannya dalam perjalanan pulang ke Stesen Angkasa TAPOPS setelah berjaya menyelesaikan satu misi. Namun, dalam perjalanan pulang mereka menghadapi masalah dan terpaksa meminta bantuan di planet terdekat. Tanpa diduga mereka terpaksa berhadapan dengan alien penjenayah cetak rompak yang sangat dikehendaki TAPOPS.
Selepas pulang ke Stesen Angkasa TAPOPS, sebuah Power Sphera bernama EmotiBot telah memanipulasi rakan-rakan BoBoiBoy dengan emosi. Keadaan menjadi semakin cemas apabila Tarung menjadi ganas disebabkan oleh emosi yang tidak dapat dikawal, apatah lagi dia hendak menggunakan kuasanya. Dapatkah BoBoiBoy dan rakan-rakannya menyelesaikan masalah ini?
Disebabkan BoBoiBoy tidak berjaya dalam mendapatkan maklumat tentang kuasa cahaya, dia dan rakan-rakannya pergi ke Planet Junkberg untuk cuba meminta bantuan daripada DataBot. Tetapi, mereka perlu menjawab soalan-soalan kepandaian daripada Jagara supaya mereka boleh masuk ke dalam Kapal Arkib Angkasa.
TAPOPS telah menerima risikan daripada Kapten Kaizo bahawa Sunnova Station akan diserang oleh Lanun Angkasa, oleh itu BoBoiBoy dan kawan-kawannya ditugaskan untuk pergi ke Koloni Lanun Angkasa untuk menyertai Kapten Kaizo dalam operasi penyamaran.
Kuasa Teleportasi milik Ochobot lebih menguntungkan bagi Kapten Vargoba daripada menyerang Sunnova Station. Oleh itu, ahli-ahli TAPOPS perlu menghalang Kapten Vargoba daripada mendapatkan apa yang diingininya, walau mereka perlu berjuang di Stesen TAPOPS sekalipun.
BoBoiBoy menggunakan kuasa elemental cahayanya untuk mengimbangi dengan kuasa magnet Kapten Vargoba yang hampir mustahil untuk dilemahkan.
.
.
.
.
.
.
Dengan bantuan PasuBot, benih Oakuat pemberian Tuan Guru Gaharum kini membesar dengan suburnya. Malangnya, kegembiraan BoBoiBoy tidak kekal lama apabila rakan karibnya Gopal diculik oleh seorang musuh misteri. Apa matlamat sebenar si penculik misteri itu? Mampukah BoBoiBoy menewaskannya, dan menyelamatkan Gopal?
BoBoiBoy dan rakan-rakan menerima jemputan daripada Kuputeri dan Maripos untuk melihat sendiri keadaan di Planet Windara yang kini diperintah oleh seorang penjahat yang tamakkan kuasa bernama Reramos bersama gerombolan bala tenteranya. Namun rancangan mereka telah berjaya dihidu oleh penjahat tersebut. Dapatkah wira-wira Bumi itu tiba di Planet Windara dengan selamat? Atau adakah mereka akan tewas dilanda badai Windara yang mengganas?
BoBoiBoy telah terpisah daripada rakan-rakan serta Kuputeri dan Maripos. Kini terkandas bersama Fang, berusaha untuk cuba menghubungi rakan-rakan mereka. Dapatkah wira-wira Bumi ini bertemu semula setelah dipisahkan?
Masa semakin suntuk bagi Planet Windara, kerana Reramos telah merancang untuk menggunakan kuasa Kuputeri bagi mengawal minda penduduk planet tersebut. Dengan bantuan Maripos, BoBoiBoy dan rakan-rakannya perlu menyelinap ke dalam Istana Kupuri untuk menyelamatkan Kuputeri sekaligus menghentikan rancangan jahat Reramos.
BoBoiBoy dan Maripos telah terperangkap dalam cengkaman Reramos, dan rancangan jahat maharaja yang kejam itu untuk menguasai minda penduduk planet Windara menggunakan kuasa Kuputeri kini di ambang kejayaan. Adakah kawan-kawan BoBoiBoy akan berjaya menyelamatkan mereka sebelum semuanya terlambat?
BoBoiBoy bertembung dengan musuh baharu yang menakutkan apabila Reramos bertukar menjadi makhluk yang menyerupai labah-labah gergasi. Untuk mengalahkannya, BoBoiBoy perlu mengeluarkan kuasa yang lebih hebat daripada apa yang pernah digunakannya sebelum ini.
.
