全国高校サッカー選手権の県大会決勝。高校2年生のフォワード・潔 世一は、ゴール前で味方にパスを出してしまったことによって全国大会への道を絶たれてしまう。そんな彼のもとに“ブルーロック（青い監獄）”への招待状が届く。それは、日本がW杯で優勝するため、３００人の高校生世代フォワードの中から、たった１人の“世界一のストライカー”となるエゴイストを作り出す施設だった。何も分からぬまま狭い部屋に集められた潔たちは、１２人から１人の脱落者を決める入寮テストへと挑む。
謎の人物・絵心甚八による、世界一のストライカーを生み出すための “ブルーロック（青い監獄）”プロジェクト。ライバル達を蹴落とし生き残ったランキング上位5名は、6ヶ月後に行われるU-20W杯のFW登録選手になれるが、脱落した者は一生日本代表になる権利を失うという。絵心が求めるストライカーのエゴイズムとはなんなのか。潔たちは“ブルーロック（青い監獄）”での戦いに生き残る決意をし、今後のサッカー人生を懸けた新たな試練・一次セレクションへと進む。
一次セレクションは、“ブルーロック（青い監獄）”伍号棟内にてＶ・Ｗ・Ｘ・Ｙ・Ｚの５チームによる総当たりグループマッチを行い、上位2チームのみが勝ちあがれるというもの。ランキング最底辺のチームZである潔たちは、初戦チームXへと挑む。だが、“チーム内で最も点を取った1人だけは無条件で勝ちあがれる”という特殊なルールにより、試合は敵も味方も入り乱れボールを奪い合う大混乱となる。その流れを変えたのは、チームXの強力なストライカー・馬狼照英の存在だった。
チームＺは、圧倒的なエゴと実力を持つ馬狼を中心としたチームXに惨敗。「自分だけの武器を持て」という絵心の言葉を受け、次の試合へ向けてそれぞれの武器を確認しあうが、潔は自分の武器を見つけられずにいた。己の武器に悩みながらも、チームＸ戦で感じた“ゴールの匂い”をヒントに、次なる対戦相手、チームＹへと挑むのだった。
“ゴールの匂い”…その直感を信じて動く潔は、チームYの中でゲームの流れを作り上げていた二子一揮と、激しい“読み合い”を繰り広げる。フィールド全体を見渡しながら互いのエゴをぶつけ合う潔と二子の戦いは、試合終了間際ラスト1分までもつれ込む。潔とチームＺは、二子の最終作戦「ワンタイム・キル・カウンター」を打ち破ることができるのか！？
チームYとの試合をきっかけに、潔はランキングを上げ、チームZの中心となっていた。そして次の対戦相手は、双子の鰐間兄弟が率いるチームW。アイコンタクトと、恐るべきコンビネーションを武器に立ちふさがる鰐間兄弟。彼らは、かつて同じチームでプレーしていた千切豹馬に対し、過去のトラウマに触れ挑発する。千切はサッカーを諦めるために“ブルーロック（青い監獄）”に参加したと言うが…。そんな中、試合は久遠 渉の活躍によってチームＺがリード。好調な出だしに沸き立つ一同だが、潔はフィールドに漂う違和感を嗅ぎつけていた。
裏切りによって、武器も作戦も筒抜けな上、１２人対１０人という絶望的な状況に追い込まれたチームＺ。そんな窮地にあっても必死に足掻き続けるチームＺのアツい戦いと、自分自身を信じ続ける潔の純粋なエゴが、燻っていた千切に火をつける。3-4の劣勢の中、千切が封じ込めていた武器と、胸の奥に秘められたエゴがフィールドを駆け抜け、試合を大きく動かしていく。
なんとか一次セレクション突破の可能性を残すことができたチームZ。だが、裏切りによって1人欠けた10人だけでグループ最強のチームＶとの最終決戦に挑まざるを得ず、ピンチは終わらない。引き分けでも脱落が確定し、勝利のみが突破条件という追い詰められた状況の中、潔はチームの勝利のため、そして自身でゴールを奪うため「ゴールの方程式」を手に入れようと、とある人物に会いにいく。
運命を懸けたチームV戦。試合前半、チームVトップランカー、凪 誠士郎・御影玲王・剣城斬鉄の３人の能力に圧倒される。特にサッカー歴半年にして無敗を誇る凪＆玲王ペアの圧倒的攻撃力は、潔たちチームZの心を折るには十分すぎるほどだった。勝利を諦めかけたその時、蜂楽 廻のプレーがチームＺ全員の“エゴ”に火をつける。一次セレクション最終戦…極限状態の中、絵心が求めた“才能の原石共の覚醒”が始まる。
試合の中でそれぞれの武器とエゴを開花させていき、ついに同点にまで持ち込んだチームＺ。完全に試合の流れを手にしたチームZだったが、その快進撃は、チームVの怪物・凪をも“覚醒”させてしまう。覚醒の連鎖の中、潔も自身の武器を使いこなす方法を見出し、戦い続ける。そしてエゴとエゴのぶつかり合いが生み出す“熱”は試合を傍観する久遠の胸にも響いて…。
久遠の自らを犠牲にしたファウルによって、チームＺに最後のチャンスが生まれた。運命を懸けたラストプレーの最中、潔は、己の進化に必要な最後のピースを見つけ出す。“覚醒”と“進化”、エゴとエゴのぶつかり合う“ブルーロック（青い監獄）”一次セレクション、ついに決着！
多くの脱落者を出しながら、“ブルーロック（青い監獄）”プロジェクトは、二次セレクションへと突入する。これまでの仲間がライバルに、かつての強敵が味方へと目まぐるしく移り変わる過酷な二次セレクション。そこで潔は今までで最も強力なエゴイスト…天才・糸師 冴の弟にして、新ブルーロックランキングＴＯＰランカーの糸師 凛と出逢う。さらなる進化を求めて、潔の戦いは新たなステージへとコマを進める。
３人１組のチームで戦い、勝てば相手チームから選手を奪い勝ち上がっていく二次セレクション「奪敵決戦（ライバルリー・バトル）」サードステージ。新たなステージへとコマを進めた潔、蜂楽、凪はチームを組み、凛が率いる新ブルーロックランキングＴＯＰ3に戦いを挑む。幸先よく先制したことで、今までの成長を実感する潔。だがその直後に凛が放ったシュートはフィールドの空気を一変させ、潔たちはTOP3との実力差を目の当たりにする。
圧倒的な能力と強烈な“エゴ”を持つ凛のチームに破れた潔たち。戦いの末、蜂楽を奪われた潔と凪は2対2で戦うセカンドステージに後退し、仕切り直すことに。そんな彼らの前に立ちはだかったのは馬狼と元チームZの成早だった。負ければ脱落…後がない戦いを前に、マンツーマンでも勝つ“個人の力”という課題と向き合う潔と凪。しかし、その答えが見つからないまま、生き残りをかけた新たな戦いが始まった…。
試合開始直後、圧倒的な“個人の力”によってゴールを奪う馬狼。さらに自分の武器に磨きをかけた成早にも翻弄され、潔と凪は苦戦を強いられる。馬狼や凪といった天才たちに追いつくため、そして“ブルーロック（青い監獄）”で生き残るために必死にゴールを目指す成早。同じくもがき続ける潔も、成早の動きから自身の“新たな武器”の片鱗を見つけ出す。敵と味方、それぞれの“エゴ”と意地がぶつかる極限状態の中、ついに潔に“進化”の時が訪れる。
激戦の末に勝利を掴み「適応能力」という自らの新たな才能に気付いた潔。新たに馬狼を加え、次なる戦いに向け3人で練習をすることに。互いに理解し合おうと試みる潔だったが、強烈な“エゴ”を持つ馬狼と凪はペースがあわず、それぞれの武器を活かした“化学反応”への糸口を掴めずにいた。チームとしての不安が残ったまま、因縁深いライバル達が次なる３対３の対戦相手として立ちはだかる。
スピード、フィジカル、戦術眼というそれぞれの武器を活かし、スキのないプレーを見せる千切、國神、玲王。一方、凪と馬狼の個人プレーでなんとか食らいつくものの、噛み合ったプレーができず苦戦を強いられる潔たち。敵チームのコンビネーションと、味方の個人プレーを分析していく中で、潔は自分の‘武器’の新たな使い方を見つけ出し、さらなる進化を遂げる。そして“エゴ”が渦巻く試合は、さらなる進化の波を引き起こしていく―。
お互いの武器を理解し合い高め合うことで、ゴールへの道筋を無数に描き出していく潔と凪。対して、さらなる進化を魅せた千切を中心に、國神、玲王も奮闘し、フィールド上では一進一退の攻防が繰り広げられる。そんな中、フィールドの王様（キング）であるはずの馬狼はその強すぎる“エゴ”故に進化の連鎖から取り残されていた。さらに、かつて圧倒した潔にフィールドの主役を奪われ、敗北を刻まれたことにより、馬狼はついに膝をついてしまう。
バロウがフィールドの「悪役」として目覚めたため、いさぎと彼の友人たちはかろうじて勝つことができました。彼らは更なる「化学反応」を起こすため、自らを「喰らう」というエゴを見せた唯一のプレイヤーを奪い、フォースステージへと進める。一方、TOP3との次戦の対戦相手を探していたバチラは、リンとの修行中に自分の中にある「怪物」の存在を見抜き、自身の「エゴ」と向き合う。
潔たちは、かつて敗北し蜂楽を奪った凛率いるTOP3にリベンジマッチを申し込む。強敵たちとの戦いの中で“エゴ”と“化学反応”を繰り返しながら勝ち上がり、成長してきた全てをぶつけるため、４対４で臨む最終決戦の幕が上がる。それぞれが進化した武器を活かし、TOP3の超絶個人技に必死に食らいついていく潔、凪、馬狼、千切。しかし、蜂楽が放った1本のパスがゲームをさらに進化させていき…。
フィールドの全てを把握し未来を捉えた潔と、空間を支配する凪のコンビネーションが炸裂し、ついにスコア２－２に追いついた潔たち。そして、その一連のプレーが凛の闘争心に火を付ける。敵味方の能力を把握し、ボール・ポジショニング・思考…フィールドに存在する全てを支配していく凛のプレーに、再び追い詰められていく潔たち。混沌とエゴがぶつかり合う中、凛が支配するゲームを喰い破ろうと1人の男が密かに牙を研いでいた。
ようやく見つけた、圧倒的な才能を持つ“かいぶつ”達。その出逢いに喜ぶのも束の間…いつの間にか潔と凛の戦いに、自分だけが取り残されていることに気付く蜂楽。一方、試合は最終局面を迎え、馬狼というジョーカーを中心に一進一退の激闘を繰り広げていた。極限状態で覚醒していく潔、そして自身の“エゴ”と向き合う蜂楽が行き着く先は…。
自身の理想として存在し続けていた“かいぶつ”を振りほどき、ついにエゴを“覚醒”させた蜂楽。これまで誰かを求めていた蜂楽が、己のゴールのために突き進んだ先に待っていたのは、そんな蜂楽の“エゴ”を信じて動いた潔だった。決死のカットに成功した潔だったが、空を舞うボールは無慈悲に、そして残酷に勝者のもとへ…。8人のエゴイストたちが火花を散らした試合に、ついに決着の時が訪れる。二次セレクション「奪敵決戦(ライバルリー・バトル)」突破チームは－。
凛に指名され、蜂楽と共に二次セレクションを突破した潔。５人となった潔たちを待っていたのは、世界的スーパースターたちとの5対5マッチだった。潔と蜂楽、凛の連携によって先制点を奪うことに成功するが、次第に別次元の実力を持つ世界選抜チームに圧倒されていく。それでも必死に食らいつき、自らの“エゴ”をぶつける潔たちは、最後の１秒まで抗い続ける。そして世界一のストライカーを生み出すための“青い監獄(ブルーロック)”プロジェクトは、新たな局面へと動き出すのであった。
“ブルーロック（青い監獄）”プロジェクト二次セレクションを終え、生き残った高校生フォワードは35人。過酷なサバイバルを乗り越えた彼らは3週間後、“ブルーロック（青い監獄）”プロジェクトの存続を賭けてU-20日本代表と試合をすることに。絵心は、この負けられない大一番（ビッグマッチ）に挑むチームは、総合評価TOP6の選手を中心に形成すると宣言。TOP6に選ばれなかった残りのフォワードたちは、レギュラーの座を賭けた適性試験（トライアウト）へと挑む。
U-20日本代表戦のレギュラーを決める適性試験（トライアウト）は、2人ずつの3チームに分かれたTOP6メンバーと、残りの29人が5人1組を結成し、5人対5人のワンマッチを行うというもの。糸師 凛と士道龍聖が率いるＡチームに加入した潔は、2人に対する“主張”と“共存”をテーマに試合へ臨む。試合序盤、凛や士道をサポートしながら自身をアピールする機会を窺う潔。だが対戦相手のBチーム、烏 旅人の圧倒的なフェイントテクニックと鋭い分析力によって思うようなプレーが出来ず、苦戦を強いられることに……。
あと1点で敗北という状況まで追い詰められた潔たちAチーム。フィールド全体を読んでプレーする凛と感覚で“最高”を求めてプレーする士道は“共存”できないのか……。そう思われた時、潔は相性最悪な2人を自身のプレーで連動させることで勝機を見出そうとする。だが、未だに烏のマークを外せず、思うように動けない潔。そんな彼を救ったのはチームメイトの七星虹郎と氷織 羊。潔の動きを読み連動する七星と氷織のパスセンスによって、新たな攻撃の可能性が広がり始める。
Ｂチームとの試合後、潔は氷織、七星と健闘を讃え合いながら、試合で得た“反射で思考する”という新たな感覚の再現性を高めるため、考えを巡らせるのだった。同じ頃、凛＆士道以外のメンバーを入れ替えたＡチームと雪宮剣優＆凪 誠士郎が率いるＣチームによる適性試験（トライアウト）第2試合がスタート。凪との久々の共闘を前に、玲王は己の成長を証明しようと奮起する。試合序盤、TOP6にふさわしい圧倒的なドリブル力を発揮する雪宮。そのまま一人でゴールを奪うかに思えたが、放たれたシュートの先には味方の凪がいて……。
適性試験（トライアウト）全試合が終了。最後まで対立していた凛と士道が殴り合いを起こし、士道は仕置き室へと連れていかれることに……。その後、迎えたレギュラー発表の時。最初に凛をワントップに指名し、今回のチームは彼を中心にした超攻撃特化型フォーメーションだと口にする絵心。その後、適性試験（トライアウト）で結果を残した選手たちの名前が次々と呼ばれていき、残すレギュラーの座は1つに……。果たして、“ブルーロック（青い監獄）”イレブンに選ばれたのは！？
“ブルーロック（青い監獄）”イレブンとU-20日本代表の試合が行われる前日。糸師 冴はオリヴァ・愛空に呼び止められ、閃堂秋人と士道が再び揉めたことを知らされる。2人の反りが合わないのなら、実力で劣る閃堂を外せば良いと口にする冴。一方、愛空は閃堂を外せばチームメイトの大半が試合をボイコットすると告げて……。それから24時間後。試合開始が近づく中、“ブルーロック（青い監獄）”とU-20日本代表、それぞれのスタメンとベンチ入りメンバーが明らかに。今、史上最もアツい戦い（試合）が始まる。
試合開始早々、潔を中心に果敢に攻撃を仕掛けていく“ブルーロック（青い監獄）”イレブン。だが、愛空たちU-20日本代表が誇る“鉄壁カルテット”によって各選手の武器が封じられ、次々と攻撃の芽を摘まれてしまう。そしてボールが冴に渡った瞬間、U-20日本代表の息もつかせぬ“堅守速攻カウンター”が発動。閃堂をはじめとする鋭い攻撃をディフェンダー陣とゴールキーパーの我牙丸 吟の力で必死に凌ごうとするが、ボールは再び冴の元にこぼれてしまい……。
凪のスーパーシュートが決まり、試合は1-1の同点に。前半戦残り15分にして、初めて凛と冴のマッチアップが実現する。激しい兄弟対決を冴が制するとそのままフィールドを中央突破。冴と共にU-20日本代表の攻撃陣が“ブルーロック（青い監獄）”のディフェンスラインへと雪崩れ込んでくる。そんな中、センターバックを務める二子一揮は、試合前に絵心から言われた「糸師 冴に連携する……すべての選手をキャッチしろ」という言葉を反芻し、冷静に戦況を分析していた。
前半戦が終了。予想外の展開に焦りの色を見せるU-20日本代表ベンチ。そんな中、冴は自分のプレーについてこられないU-20日本代表メンバーに愛想を尽かし、後半戦は欠場すると告げる。そこで愛空は冴を引き留めるため、士道の投入を決意する。そして時を遡ること数年前。小学生の凛は、天才サッカー少年として注目を集める冴と共に世界一を目指していたのだが……。今、明らかになる糸師兄弟の過去とは！？
試合後半、U-20日本代表のセンターフォワードとしてフィールドに立った士道。己のゴールのみを目的とする士道は、不規則な動きで敵味方を問わずフィールドにいるプレイヤーを搔き乱していく。さらに、士道のプレーに閃堂が連動したことで、U-20日本代表の攻撃は活性化。前半戦とは全く異なる攻撃を仕掛け、あっという間にゴール前へとボールを運んでいく。ペナルティーエリア前でボールを受けたのは冴。そのまま冴がシュートを撃つと思い、構える“ブルーロック（青い監獄）”イレブンだったが……。
愛空のプレーをコピーした玲王の“カメレオンディフェンス”により窮地を脱した“ブルーロック（青い監獄）”イレブン。だが、その直後、冴との連携に手応えを感じていた士道がついに挑戦的集中状態、通称“FLOW”へと突入し、観る者全てを驚嘆させる“爆発”を巻き起こす。試合の流れが完全にU-20日本代表へと傾いてしまい、指揮官・絵心も「これ以上はノープラン」だと戦術を放棄。だが、とある選手が放った痛烈な言葉をきっかけに、最後の交代枠として“ジョーカー”投入を決断する。
士道に続き、“FLOW”へ突入した愛空。読みと反応のレベルが数段階も上がった愛空は、あらゆる攻撃に対応し、“ブルーロック（青い監獄）”イレブンの攻撃を1人で封じてしまう。そんな彼のプレーに触発されたU-20日本代表はトドメを刺すべく、冴と士道を中心にカウンター攻撃を開始。一方、もう1点も失えない“ブルーロック（青い監獄）”イレブンは、ディフェンス陣の総力をあげてなんとかゴールを死守。そして、今度は潔たちがカウンター攻撃を仕掛けるのだが……。
