Vier Jahre nachdem Wakatake Mari ihr Gedächtnis verloren hat, wird sie von ihrer Großmutter zur Kaihou Akademie geschickt. Sie ist davon aber wenig begeistert. Auf der Fahrt dorthin sieht Mari ein seltsames Mädchen bei den Möwen. Es stellt sich heraus, dass dieses Mädchen ebenfalls auf das Internat geht, ihr Name ist Hagino. Nachdem sich ihre Hände berührt haben, beginnt Hagino Mari zu attackieren, verleugnet aber in Gegenwart der anderen so etwas getan zu haben, weshalb Mari ziemlich wütend ist. Als sich Hagino in der Nacht aus dem Haus schleicht, folgt Mari ihr. Was sie dort sieht ...
Mari Wakatake has been living with her Grandmother for the past 5 years after a tragedy caused the loss of her home, friends and family, as well as her memories. Fearing for her future, her Grandmother admits her into Kaihou Academy, for her to make friends, instead of home studying. Although reluctant to go, she does and meets Hagino Sekonji. At first appearance, this girl appears like a normal student but inside her lies a deep secret that relates to the tragedy of 5 years ago.
Mari Wakatake ha estado viviendo con su abuela los últimos 5 años desde que una tragedia causará la pérdida de su hogar, familia y amigos, así como de su memoria. Temiendo por su futuro, su abuela le deja entrar en la Academia Kaihou, para que haga amigos, en vez de obligarla a estudiar en casa. Aunque se resistía a ir, finalmente acepta y conoce a Hagino Sekonji. En aparecia, esta chica es como cualquier estudiante normal pero esconde dentro un profundo secreto relacionado con la tragedia de hace 5 años.
離れ小島・神隠（かみおき）島。平和なそこである日、全島民が1人を除き全滅するという謎の異変が発生。たった1人の生き残りである少女・若竹マリは間もなく救出されるが、既に彼女は過去の記憶を失っていた……。
それから5年後。中高一貫教育制で全寮制の名門女子校「私立海鳳学園」に編入したマリは、そこで出会った不思議な魅力を持つ級友・千光寺萩乃に徐々に惹かれあっていく。しかし、萩乃の正体は異星人の地球調査艦の艦長エカリルであった。やがて萩乃はマリを守るため、本星に反旗を翻す。
TV 애니메이션 '천사들의 희곡(天使達の戯曲)'이 시대상으로 가장 앞에 있으며, 그로부터 10년 후가 '천사인 우리들(天使の僕ら)'. 시리즈화의 발단이 된 원작 만화 BLUE DROP은 TV 애니메이션의 1000년 후를 다루고 있다.
1994년의 어느날, 일본의 카미오키(神隠) 섬 주민들이 한 명을 제외하고 모두 사망하는 수수께끼의 이변이 발생한다. 모두가 서로를 죽인 '카미카쿠시 사건'에서 유일하게 살아남은 소녀 와카타케 마리는 뒤늦게 달려온 사람들에게 구출되지만, 과거의 기억을 모두 잃어버리고 있었다.
그로부터 5년 후 기숙사제의 명문 여학교인 사립 카이오 학원에 편입하게 된 마리는 센코지 하기노라는 소녀와 만나 서서히 끌리게 되나, 그녀의 정체는 사실 이성인(異星人) 아루메의 지구 조사함 5번대 블루의 함장 에카릴이었다.
故事開始的5年前、神隠島的全體居民因為異常的不可抗拒因素突然全部死亡，唯一的倖存者是年幼的本作故事的主人公若竹瑪麗（若竹マリ），她也因為巨大的刺激而喪失了記憶。從小受獨立教育，並被祖母撫養大的瑪麗，因為祖母的身體狀況不佳而被託付給了私立海鳳學園培養。在學校，瑪麗結識了表面上是優秀學生，其實真實身份為外星人先遣隊的戰艦艦長千光寺萩乃及幾名性格各不相同的舍友，在不斷交往中逐漸產生了密不可分的感情。
