「魔弾の射手」による「日本再起動計画」を止めるため、自らの命を犠牲にした折原マヤ（吉瀬美智子）。死の直前、マヤが藤丸（三浦春馬）と音弥（佐藤健）に告げた「第三の皇帝」の正体―。それは、最強最悪の水素爆弾・通称「ツァーリボンバー」のことだった。
『教授』と呼ばれる男が「ツァーリボンバー」、そして「魔弾の射手」に辿り着く鍵を握っていると知った藤丸と音弥は、マヤに教えられた横浜の「ゴーパル」という店を訪れる。店主らしき男に「『教授』を知らないか」と声をかけた藤丸たちは…。
教授の居場所に辿り着いた藤丸と音弥は、その部屋に置かれていたパソコンを操作し、ついに「ツァーリボンバー」の在り処を突き止める！藤丸からの連絡を受けた加納（松重豊）らサードアイメンバーたちは、すぐさま現場に急行。そこにあったコンテナの中身が「ツァーリボンバー」であることを確認するのだが…！？
