This is a medical drama in which an unlicensed but gifted surgeon, Black Jack, is the main character. Endowed with excellent surgical technique, Black Jack always miraculously saves seriously ill patients and those on the verge of death. But he always claims an outrageous price for his surgery, which is why his presence is rejected in medical circles.
Black Jack lives quietly in a clinic out in the deserted wilderness with his assistant, Pinoko, whose life he had saved. Patients whom other doctors have given up on come to see him every today; he represents their very last hope.
Black Jack, chirurgien sans diplôme qui opère dans la clandestinité et qui demande des sommes astronomiques pour ses interventions, est un personnage ténébreux et hors-la-loi. Il passe sa vie à sauver celle des autres. En revanche, la société médicale refuse de l'admettre comme médecin. Ils nient même son existence. Black Jack pratique tranquillement dans sa petite clinique avec son assistante Pinoko, qu'il a volontairement sauvée auparavant. Des patients, diagnostiqués avec des maladies rares, lui rendent visite avec l'espoir d'être enfin soignés, quelques soient les circonstances morales.