En dödsskjutning sker i en av Stockholms förorter och ett våldsamt gäng misstänks för dådet. Snart hittas de misstänkta förövarna bundna nära brottsplatsen, dit de verkar ha levererats av en mystisk person med dolda motiv. Beck-gruppen leder en gränsöverskridande insats för både att hitta gängets ledare och ta reda på vem den okända aktören är. Beck – I skuggorna är den 54:e filmen i serien.