Earth has been conquered by the evil Illumidus Empire, with parallels drawn to the U.S. post World War II occupation of Japan. Captain Harlock with a group that will become his life long friends begin their fight against this tyranny visited upon the planet Earth, with no regard to the costs the struggle will have on them, caring only for the ideal of restoring freedom to the people of Earth.
La Terre est asservie par les humanoïdes. La misère règne et les terriens n'ont ni la volonté ni les moyens de se révolter. Seule une radio clandestine, La Voix de la Liberté, entretient un mince espoir. Un jeune capitaine, Albator, revient de mission et pose de manière catastrophique son appareil pour le rendre inutilisable. Mis à pied, il erre dans les bas fonds de la cité où il rencontre Alfred, un ingénieur génial qui rêve de se révolter. C'est le début d'une amitié éternelle entre les deux hommes. Ils partent à bord de L'Atlantis, le vaisseau construit par Alfred pour défendre Tocarga, menacée d'invasion.
Tornato sulla Terra dal fronte di una guerra interstellare, Capitan Harlock scopre che la sua casa non è più quella che conosceva. L'Impero Illumidus, alieni provenienti da un altro mondo, ha occupato il pianeta e oppresso la sua gente. L'unica speranza rimasta agli oppressi terrestri è una voce solitaria nota ai più solo come "La Rosa", ma è conosciuta molto più intimamente da Harlock come la sua ex amante, Maya. Mentre Maya esorta i suoi simili umani a mantenere la loro fede in un domani migliore, Harlock non vede l'ora che arrivi un giorno del genere. Per caso, incontra un uomo di nome Tochiro Oyama, che nonostante non abbia mai incontrato prima, Harlock sente come un fratello. Insieme alla voce di Maya e ad altri che condividono le loro convinzioni, Harlock e Tochiro cercano di liberarsi dalle catene degli Illumidus
