Mankind is dying. Only one man can do anything about it, Space Captain Harlock, but the Gaia Coalition will stop at nothing to end him.
2977. Albator, capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l’espace. Il est condamné à mort, mais reste insaisissable. Le jeune Yama, envoyé pour l’assassiner, s’infiltre dans l’Arcadia, alors qu’Albator décide d’entrer en guerre contre la Coalition Gaia afin de défendre sa planète d’origine, la Terre.
Man schreibt das Jahr 2977. Nachdem sich die Menschheit durch die Eroberung des Weltraums und Kolonisierung vieler neuer Planeten explosionsartig ausgebreitet und vermehrt hatte, befindet sie sich inzwischen im langsamen Niedergang. Schwindende Ressourcen in den Kolonien führten zu einer zunehmenden Sehnsucht nach dem Heimatplaneten Erde, was schließlich im Heimkehrerkrieg gipfelte. Um die zerstörerische Konkurrenz um die Erde zu beenden, wurde diese durch die Gaia Sanktion zu einem nicht besiedelbaren heiligen Ort erklärt, der nur noch mit Ausnahmebewilligung betretbar ist.
Nel 2907 l'universo è popolato da 500 miliardi di esseri umani, discendenti da coloro che vennero esiliati dalla Terra.
Il pianeta Terra, che tutti considerano "la casa", ora è controllato dalla Coalizione Gaia, un'entità sovranazionale decadente e corrotta che governa dittatorialmente tutto il genere umano.
L'incrociatore Arcadia, comandato dal misterioso Capitan Harlock, è ormai diventato l'ultima speranza di liberare l'umanità dal giogo di Gaia: dalla Coalizione parte quindi il progetto di infiltrarsi nell'astronave per assassinare Harlock.