中学1年生の地図子は、親の都合で祖父の家に預けられる。冷めた性格の少女だったが、謎の魔法少女・ベリーブロッサムと出会い、見事に沼った。しかしベリーの敵・悪の組織「フォッサマグナ」があまりにもパッとせず、地図子はモヤモヤを募らせていく……
コンビニに立ち寄った地図子は、なぜかアルバイト中の悪の総帥・クロマとエンカウント。しつこく組織に勧誘されるさなか、コンビニ強盗と遭遇し大ピンチに。だがそのとき店内には、ベリーブロッサムの正体・乃苺佳寿も訪れており……
ベリーブロッサムに宛てて、初めての”犯行予告”を出したクロマ。しかし実施日は荒天で、当のクロマは家に引きこもってしまう。予告場所に様子を見に行った地図子は、負傷したベリーを発見。手当のため、自宅に連れ帰ることになり……
フォッサマグナの撤退報道を知る地図子。しつこい勧誘から解放されて喜ばしいはずなのに、なぜか心が曇っている。さらにニュースでは、戦う相手を失ったベリーが、ボランティアに勤しむ姿が。それを見た地図子は、ある決意を固め――
「お前さん、魔法少女になってくれねえか？」ある雪の日、行き倒れていた猫（？）・マシロウと出会った乃苺。真面目な優等生で、誰の頼みごとも断れない性格の彼女は、なし崩しに”正義の味方”となるが……
幼いころ、クロマは孤独だった。未来に希望が持てず、”将来の夢”の作文にも、何を書いたらいいのか分からない。そして現在、失敗続きのクロマに替わるため、悪の本部から新たな総帥「漆黒のヒュー」なる人物が派遣される……
「もうガキじゃねえし……」かつて悪の総帥を志した少年・眞嶋。道半ばで諦めようとする彼にとって、未だ無垢な志を掲げる玄実は、とにかく目障りな存在だった。やがて二人は注目企業『大溝テクニカ』に同期入社するが、そこで「悪の組織」にまつわる衝撃事実を知って……
地図子の三者面談に、保護者枠参戦したクロマ。担任教師・余湖正宗は「地図子の父親」かつ「クロマの熱烈ファン」だった。着実にプライベートな関わりが深まる二人の前に、謎の女児・心亜が現れ、基地を占拠して!?
