Kuroko jagt Musujime nach, einem Mädchen mit Teleportier-Fähigkeit, verliert aber die Kontrolle und kann sich nicht mehr bewegen. Musujime teilt Kuroko ihren Plan mit.
Mikoto’s clones use their telepathic network to enlist Misaka 10032 to aid them in stopping Musujime from rebuilding the Tree Diagram in an effort to find out why humans are the only beings with esper powers.
『座標移動（ムーブポイント）』の能力を持つ少女・結標と対峙する美琴の姿を見、その言葉を聞いてしまった黒子。美琴の世界を守るべく、逃亡する結漂を追いつめ、戦うことを決意する。一瞬の攻防が勝敗を決する『空間移動（テレポート）』能力者同士の戦い。一手先を取られ、身動きの取れない黒子に、結標は自分たちの計画を語り始める。外部組織『科学結社』と結託し、『樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）』を復元を目論んでいるというその計画に、同じ高レベル能力者として黒子を誘う結標。しかし、敬愛する美琴の心を踏みにじったとある計画の再来、それだけは絶対に容認できない黒子は、誘いを拒否し、最後の抵抗を試みる。一方、結標たちの動きをつかんだ『妹達（シスターズ）』もまた、計画阻止のために動き出す。とある二人の少年は、その求めに応じて立ち上がり……。
Kuroko trouve Awaki dans un bâtiment voisin et utilise le traumatisme de l'auto-téléportation de ce dernier pour effectuer la première frappe mais pendant leur bataille, ses blessures l'empêchent de se concentrer sur la téléportation et elle est coincée sous un tas de meubles. Awaki explique à Kuroko qu'elle et son organisation, le Science Syndicate, prévoient de construire un nouveau diagramme d'arbre afin de créer d'autres espèces d'espers. Awaki essaie de persuader Kuroko de la rejoindre, croyant que ses pouvoirs sont une malédiction qui l'a amenée à devenir ce qu'elle est. Kuroko rejette son offre, abuse verbalement d'Awaki pour faire des excuses pour son propre comportement, se détache et essaie d'attaquer Awaki, mais est abattue par elle.
Awaki quiere utilizar el remitente para crear un nuevo satélite, al hacer eso el proyecto "Nivel 6" volvería. Misaka 10032 pide ayuda a Touma y junto con Misaka detengan ese propósito. Mientras tanto, Kuroko tiene un último enfrentamiento con Awaki en un hotel, pero ella logra escapar y destruye el edificio junto con ella dentro; sin embargo, Touma y Mikoto van en su auxilio. Awaki, luego de huir, se topó con Accelerator; el destruyó el remanente y la derrota con un golpe. Kuroko en el hospital le dice a Misaka que siempre puede contar con ella con tal de verla feliz.
Kuroko insegue Musujime, una ragazzina in grado di teletrasportarsi, ma viene sopraffatta e non riesce più a muoversi. Musujime rivela a Kuroko il suo piano.
Mikoto's klonen gebruiken hun telepathische netwerk om Misaka-10032 in te schakelen om hen te helpen voorkomen dat Musujime het Tree Diagram herbouwt in een poging erachter te komen waarom mensen de enige wezens zijn met esper-krachten.
Kuroko goni potrafiącą się teleportować Musujime, ale traci przewagę i zostaje unieruchomiona. Wtedy Musujime mówi jej o swoim planie.
