白蛇九十九神社の町おこしイベント中、突然の地震が発生。 神社の本殿で「神器」の破損を目撃した新海翔は、拾ったカケラで指を傷つけてしまう。 それは、静かに始まる異変の合図だった。 それから数日後、公園に少女の石像が現れたという噂が広がっていく。 不可解な出来事に翔は、クラスメイトの深沢与一、九條都と共に噂の真偽を確かめに行くことに。 それは偶然か、運命か。“物語”が静かに動き出す─。
白泉学園で突如発生した謎の火災。 生徒たちが恐怖に包まれる中、新海翔は、妹の新海天を救うべく奔走する。 そんな翔に、何かを知っている様子の九條都は協力を持ち掛ける。 火災の原因を追う翔と都の前に現れたのは、炎を自在に操る異能者。 常識では太刀打ちできない脅威に、都は特殊能力を授ける装飾品“アーティファクト”で能力を発動する。 危険が迫る中、2人は力を合わせて異能者に立ち向かう。戦いの先に待つ、運命は─。
「他人の物の所有権を奪う力」をアーティファクトに与えられた都。 そして翔もまた正体不明の力を持っている事をソフィーティアに告げられる。 彼女に協力し、石化事件の犯人の捜査を始めた翔と都は、都の能力の新たな使い道を見出し、事件解決に向けて一歩前進する。 事件の捜査を通して確かな絆が築かれていく二人。 しかし、そこに現れた一人で石化事件の犯人を追う結城希亜は、翔を事件の犯人ではないかと疑いだし──。
翔の記憶を読んだ都は、彼が自身に向ける想いを知ってしまう。二人は以前のような自然なやりとりができなくなり、ぎくしゃくとした関係が続いていたが、与一の計らいによって互いに向き合う機会を得る。翔と都は、すれ違いや戸惑いを乗り越えながら、本音を伝え合う関係へと歩み出していく。だがその矢先、新たに起きた“石化事件”の噂と共に、都が突然姿を消してしまう。胸騒ぎを抱えながら、わずかな手がかりを頼りに都の行方を追うが――。
翔は、まるで過去に戻ったかのような感覚に戸惑いながら、神社で強い既視感に包まれる。違和感の正体を探る中、ソフィから、とある「特殊なアーティファクト」の力を翔が持っているかもしれないことを告げられる。一方、天は“エデンの女王”を追って神社へ向かうが、そこで春風・蓮夜・そして謎の少女“ゴースト”が集う場面に遭遇。真相に迫ろうとする中、集団の一人に気付かれ、予期せぬ出来事に巻き込まれていく――。
翔たちは蓮夜が率いる「リグ・ヴェーダ」を名乗る組織と対峙する。アーティファクトユーザーにとっての理想郷の実現、それを達成するためには実力行使も厭わない。そう語る彼らと相対し、空気は一触即発の状況に。希亜の介入によりその場での衝突は回避されたが、去り際にゴーストが囁いた言葉に、翔は強い危機感を覚えた。彼らについて調べるため、翔たちは組織の一員である春風と接触するが、彼女の能力によって予想外の事態に――。
ゴーストの奇襲を受け、彼女の持つ「魔眼」の能力によって身体を石にされる翔。絶体絶命の状況に、天と春風が駆け付け、彼女を撃退する事に成功する。翔は石化の回復を待つ最中、ソフィからゴーストの正体について報告を受ける。彼女の正体は誰かの作り出した「幻体」で、本物の「魔眼のユーザー」ではなかった。ゴーストが人間では無かったことに安堵する傍ら、翔は写真に写る彼女の顔に違和感を感じていた。
ゴーストに抱いた違和感、そして知るはずの無い未来の記憶から魔眼のユーザーの正体が与一であることにたどり着いた翔。しかし、複数のアーティファクトを持つ与一と、常識外れな格闘術を扱う高峰蓮夜を相手に敗北してしまう。友人が理解の及ばない殺人鬼であったことに失意の中の翔に、沙月に憑依したイーリスが接触してくる。彼女は、ソフィが翔達を騙している事を告げ、与一を止めるために、アーティファクトとの契約を解除する霊薬「アンブロシア」を翔に渡す。
新録の音楽や新情報の発表も盛り込み、初めての方も共に歩んだ方も楽しめるこれまでの軌跡をソフィーティア視点で贈る特別番組。
イーリスの手によって翔たちは騙され、与一の命を奪ってしまう。与一が持っていた魔眼のアーティファクトを手にしたイーリスは世界滅亡へと導いていった。仲間が石化され、絶望の淵に立たされた翔は、最悪の運命をやり直すため、自らの意志でオーバーロードを発動させる。仲間たちとイーリスの陰謀について相談した翔は、沙月とイーリスの同調を切る為、世界の眼を壊しに白蛇九十九神社へと向かう。
過去を改変してもなお、イーリスとの戦いであと一歩及ばず、翔たちは敗北を喫する。絶望の中、異空間に現れたソフィーティアから、“すべての始まり”を変えるようにと告げられる。導きに従い、オーバーロードの力で時間を遡り、地震で神器が破損した運命の日からやり直すことを翔は決意する。都、天、春風、希亜と再び向き合い、それぞれの想いと覚悟を胸に、未来を変えるため再びイーリスとの対峙に挑む――。
イーリスへの対抗手段を探る中、翔たちは戦いで負った心と身体の傷と向き合い、それぞれが覚悟を新たにしていく。希亜は、妹を失った過去と正義への迷いに決着をつけ、その想いを仲間に語る。訓練や作戦を重ねる中、蓮夜とレナも新たな力として仲間に加わり、結束はさらに強まっていく。一方、沙月の姿を借りたイーリスは不穏な動きを見せて――思いもよらぬ形で、運命の戦いが幕を開ける。
イーリスとの激闘を経て、依代だった沙月は意識を取り戻し、街には再び平穏が訪れる。やがてソフィは、異世界との「扉」を閉じる決断を下し、翔と都に想いを託して姿を消していく。そんな矢先に再び悪夢が訪れる。死んだはずのイーリスが、与一と同調した姿で現れたのだった。平穏を引き裂く“再来”に直面し、翔は大切な仲間たちとの日常を守るため、何度も時間を巻き戻し、運命を変えようと足掻くが……
白巳津川市で始まった異変は、数多の犠牲と戦いを経て、いま一つの運命へと収束しようとしていた。絶望の淵で全てを失った翔は、それでも立ち上がり、仲間たちと結んだ絆、託された想いを力に変え、かつて親友だった与一との決戦に挑む。オーバーロードによって繰り返された死闘の果て——都を守るため、そして失われた日常を取り戻すために、翔が選び取った未来とは。すべてを懸けた最後の戦いが、決着の刻を迎える。
