Isolée des grands continents, l'île de Madagascar a développé une faune et une flore uniques au monde. Accompagné par la botaniste Lucille Allorgue, Nicolas Hulot se rend tout d'abord dans le massif de l'Ankarana, dans les Tsingy, une région constituée par un immense corail sorti du fond des mers. Après avoir rejoint Roland Albignac, spécialiste des écosystèmes malgaches, Nicolas Hulot se dirige vers le parc d'Andasibé, peuplé de lémuriens et de caméléons. Roland Albignac et le globe-trotter découvrent ensuite le massif du Makay, escortés par des chauves-souris.