Franchissant des portes secrètes, Nicolas Hulot s'immerge dans l'univers des abîmes et des abysses. Des déserts mexicains aux très grandes profondeurs, le journaliste aventurier est parti à la rencontre des créatures qui peuplent les ténèbres océaniques. Le voyage débute dans le canyon de la région de Chihuahua, à l'extrême nord du Mexique. Accompagné de l'astrophysicien Marc Lachieze-Rey, il dévale une galerie sous le désert pour rejoindre l'antre des cristaux géants. Le périple se poursuit 300 mètres plus haut, dans la sierra mexicaine, où les papillons monarques, venus du Grand Nord, se regroupent par millions sur les pins. L'équipe continue son voyage en survolant les cascades d'eau turquoise du plateau calcaire de la péninsule mexicaine. Puis Nicolas Hulot plonge dans les galeries souterraines qui courent sous le manteau calcaire.