1968年12月10日に、東京都府中市で発生した20世紀最大の未解決事件「三億円事件」。空前の規模で大捜査が行われたものの、犯人逮捕には至らず、時効を迎えた。 舞台は2009年の長崎、高校3年生の鳴海大和（福士蒼汰）は通学路の途中で、幼なじみの小田切未来（芳根京子）と共に、瀕死の老人・東海林明（香川照之）を発見。大和は唐突に、東海林から「お前の父親は、三億円事件の犯人だ。誰も信用するな」と告げられる。その日の夜から、突然、姿を消した大和の父親・鳴海鉄也（唐沢寿明）は、三日後に長崎から遠く離れた東京で水死体として発見される。
軍艦島出身の川崎雄大（野村周平）は、仕事を求め1967年に上京。同じ軍艦島出身の幼なじみで、兄のように慕う沢田慎之介（三浦貴大）が、府中で刑事をしていたため、上京先を府中に決めた。上京初日、雄大は当てにしていた仕事が手違いでなくなってしまい、途方に暮れていたところに、地元の不良、望月竜（渋谷謙人）がヤクザともめている場面に遭遇する。持ち前の機転と度胸の良さで、竜を助けた雄大は、竜や彼の仲間の響子ギブソン（ホラン千秋）、横溝保（瀬戸利樹）らと親交を深めていく。