潮田玲が通う西浜中学には、『サヨコ』という言い伝えがあります。３年に一度、その年のサヨコが、３つの約束を果たせるかどうかで、学園生活の幸運と災いが決まるというもの。今年のサヨコは、玲の幼なじみの関根秋でした。無関心の秋に代わって、玲はサヨコになるつもりです。ところが、始業式の朝、最初の約束「赤い花を飾る」ために学校に行くと、誰かに先を越され、そして、津村沙世子という謎めいた転校生も入ってきました。
沙世子（栗山千明）にライバル心を燃やす玲（鈴木杏）は、花瓶を元の戸棚に戻すため、秋（山田孝之）と深夜の学校に忍び込む。そんな玲の行動は「深夜の学校にサヨコ出現！」とたちまちうわさに。玲は沙世子に呼び出され、日曜の学校へ。しかし沙世子も玲に呼び出されたという。サヨコをめぐる２人の会話は加藤（山崎育三郎）に立ち聞きされ、サヨコの正体がばれると大変なことになると聞いていた２人は口封じをすることに…。
玲（鈴木杏）は、自分たちがサヨコだと立ち聞きされ、加藤（山崎育三郎）を追いかけた夜のことを沙世子（栗山千明）に尋ねるが、口止め以外には何もしていないと言われる。一方、秋（山田孝之）は、沙世子の写真を撮り、卒業アルバムで亡くなった沙世子の写真と照らし合わすことを思いつくが、アルバムは図書館からなくなっていた。玲は、沙世子に「２人でサヨコ」をやろうと提案するが、それを聞いた秋は大反対する。なぜなら…。
授業中のスライドに＜二人のサヨコは、災いを起こす＞との文字が浮かび、玲（鈴木杏）も沙世子（栗山千明）も驚く。玲は、昔亡くなった沙世子のことが気になるが、手がかりは無い。ある朝掲示板に、偽のサヨコのメッセージが貼られていて、さらに混乱。二人は新しい指令書にある『封印された物語』とはサヨコの台本のことじゃないかと考え、隠してあった棚を確かめるが、なくなっている。すると、佐野美香子（一色紗英）が現れ…。
四番目のサヨコ・佐野美香子（一色紗英）が、教育実習生として母校に現れ、入れ代わるように、沙世子（栗山千明）が学校に姿を見せなくなる。美香子は秋（山田孝之）に、私はサヨコを終わらせるために来た、と言う。玲（鈴木杏）は美香子にサヨコのことで相談するが、美香子は応じない。玲のクラスで美香子の授業中「津村沙世子は六番目のサヨコに負けた」というメッセージが広まり、玄関には再び赤い花と、新たなメッセージが…。
六番目の小夜子の二つ目の約束「文化祭で『サヨコ』という芝居を演じる」ために必要な花瓶が割られる。玲（鈴木杏）はサヨコを否定する美香子（一色紗英）の仕業を疑うが、美香子は違うと言う。玲のクラスは「サヨコ」上演を実行委員会に申し込み、サヨコが現れるかもしれない七夕を待つことに。沙世子（栗山千明）が久しぶりに登校して、あらためて玲とサヨコを待つ。七夕の夜、何かに誘われるように屋上へ上がった玲は…。
消えたサヨコの芝居の台本を復元した、玲（鈴木杏）と沙世子（栗山千明）。実行委員会に届いた元の台本とのすりかえを画策する。文化祭の日も近づき、うたごえ喫茶の指導として、沙世子の祖母・ゆりえ（冨士眞奈美）が学校に来る。実行委員会からの校内放送では、今年のサヨコの芝居は全員参加と告げられる。玲と沙世子は何者かに割られた花瓶も直し、そのことを実行委員会に伝え、サヨコの妨害者をおびき出すことにする。
秋（山田孝之）は、玲（鈴木杏）が心配なのでサヨコを妨害した、と告白するが、そのすべてが自分の仕業ではない、と言う。文化祭初日のサヨコの芝居の上演日、体育館に全校生徒と黒川先生（村田雄浩）らがそろい、なぜか沙世子（栗山千明）の祖母・ゆりえ（冨士眞奈美）も。そして実行委員会から芝居は一人一人が短いセリフを続けてしゃべる「よびかけ」という形式だと発表され、玲が自分のセリフの紙を見ると、そこには…。
文化祭の「サヨコの芝居」は、「六番目のサヨコ」の部分になったとたん、烈風が体育館に吹き込み、大パニックになるという惨事で幕を閉じた。玲（鈴木杏）は、騒ぎの中、舞台上に沙世子（栗山千明）の姿を見た気がしたが、それは誰にも言えない。クラスの皆が沙世子のせい、と決めつける中、それは違う、と玲は言い張るが、そんな玲に皆がどういうことだと詰め寄ると、加藤（山崎育三郎）が遮る。その日の終わりの学活で…。
自分が六番目のサヨコだという玲（鈴木杏）の告白に、クラスメートは大爆笑し、だれも信じない。そんなとき、玲はサヨコの舞台の台本の秘密に気がつき、秋（山田孝之）は、一番目のサヨコの目星をつける。玲はサヨコのことを雅子（松本まりか）に相談するが、雅子は取り合わない。そこで、玲は黒川先生（村田雄浩）にワープロのことを確かめようとするが、黒川はもう学校を出た後。翌日、秋は朝の学活で、黒川を問いただすが…。
秋（山田孝之）の問いかけに黒川（村田雄浩）は一番目のサヨコだったことを認める。そして玲（鈴木杏）と沙世子（栗山千明）も自分たちが「２人のサヨコ」だったと話す。秋は、どうしてこんなことを始めたのか黒川に聞く。黒川はその場では答えないが、放課後、秋、玲、沙世子、雅子（松本まりか）にサヨコの歴史を語って聞かせる。ただ、黒川の話を聞く限り、黒川は妨害はしていなかった。サヨコの資料を処分するために雅子は…。
燃え上がる校舎。秋（山田孝之）は、中にいた弟の由紀夫（勝地涼）を助けるため、校舎に入る。玲（鈴木杏）はサヨコの台本や花瓶を持ち出そうとして、棚の下敷きになってしまう。そのとき沙世子（栗山千明）が駆けつけ、二人で力を合わせれば助かる、と言う。二人は手を取り合って逃げ、炎と煙に巻かれて進めなくなるが、なんとか逃げ出る。偽のサヨコは、雅子（松本まりか）の仕業だったことがわかり、玲たちは新学期を迎える。
