未解決事件を専門に扱う特命捜査対策班に異動した警部補・台場陣（生田斗真）は、賀来さくら（シシド・カフカ）から、日本の政界・財界・警察組織をも牛耳っている巨悪は、旧帝国陸軍が秘密裏に創設した特殊部隊の流れを汲む秘密結社「44」（よんよん）だと聞かされる。「44」は、政府や警察の汚れ仕事を請け負う組織で、台場が処刑した天羽大（宅麻伸）は、その幹部であった可能性が高いという…。到底信じられず笑い飛ばしたものの、自分をこき使う上司・平安才門（向井理）から、台場が天羽を殺したことがきっかけで、「特命班のメンバーは今後も命を狙われることになる」と宣言されてしまう。