春らんまんの明治の世を天真らんまんに駆け抜けた植物学者・槙野万太郎（神木隆之介）の物語がいよいよスタートします！！
親戚の心ない言葉に傷ついた万太郎（森優理斗）は家を飛び出してしまう。裏山の神社へ行くと、自らを“天狗”と名乗る謎の武者（ディーン・フジオカ）が現れて…
坂本龍馬（ディーン・フジオカ）との衝撃の出会いを果たした万太郎（森優理斗）。龍馬からの言葉に生きる希望をもらい、いっそう草花への想いを強くする。
秋、今年も酒造りの季節がやってきた。姉の綾（太田結乃）は万太郎（森優理斗）を追いかけて、女人禁制の酒蔵に足を踏み入れてしまう。
万太郎（森優理斗）は病床の母ヒサ（広末涼子）を元気づけようと、ヒサの好きなバイカオウレンの花を探して、立ち入りを禁じられた山の奥深くへと足を踏み入れてしまう。
９歳になった万太郎（小林優仁）は、相変わらず草花に夢中。武家の子らが通う学問所への入学を許されるも、気が進まない万太郎は…
入学初日から武家の子らにいじめられた万太郎（小林優仁）は、授業を放棄して帰ろうする。そこに現れたのは朝、門前で出会った謎の男（寺脇康文）だった。
たくさんの草花の名が書かれた本があると知った万太郎（小林優仁）。学頭・池田蘭光（寺脇康文）から学ぶ楽しさを教わり、めきめきと頭角を現していく。
新政府による小学校の開校にともない学問所は廃止されることに。蘭光（寺脇康文）は落ち込む万太郎（小林優仁）を最後の課外授業につれていく。
新設された小学校に通い始めた万太郎（小林優仁）だが、授業がつまらなくてしかたがない。授業を聞かずに植物図や校庭の草花に夢中になって先生に叱られた万太郎は…
１８歳になった万太郎（神木隆之介）は相変わらず植物の研究に没頭する日々を送っていた。ある日、峰屋の酒を東京で開かれる博覧会に出品しないか、との話が舞い込む。
東京行きを控えた万太郎（神木隆之介）は、博覧会よりも憧れの学者に会うことが楽しみ。酒造りに惹かれる綾（佐久間由衣）は、蔵人の幸吉（笠松将）に相談をもちかける。
万太郎（神木隆之介）は上野の博覧会会場で、のちに人生の伴侶となる寿恵子（浜辺美波）と運命の出会いを果たす。
万太郎（神木隆之介）は、旅の最大の目的である博物館を訪問。憧れの植物学者、野田基善（田辺誠一）と里中芳生（いとうせいこう）に出会い、大きな刺激を受けるのだった。
植物の研究にますます心を惹かれる万太郎に、竹雄（志尊淳）は不安な心のうちをぶつける。東京滞在の最後の夜、万太郎は寿恵子（浜辺美波）にもう一度会いたいと願う。
高知に戻った万太郎（神木隆之介）は、道すがら自由について演説する男（宮野真守）を見かける。帰宅した万太郎はタキ（松坂慶子）に植物の研究はやめると告げる。
竹雄（志尊淳）から、万太郎（神木隆之介）の植物への想（おも）いを聞いたタキ（松坂慶子）は、ある決意を固める。それは万太郎と綾（佐久間由衣）を夫婦にすることだった
万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）は綾（佐久間由衣）を探し、自由民権運動の集会場にたどり着く。そこでは早川逸馬（宮野真守）が「自由」について演説をしていて…
万太郎（神木隆之介）を気に入った早川逸馬（宮野真守）は、万太郎をジョン万次郎（宇崎竜童）に会わせに行く。一方、綾（佐久間由衣）は竹雄（志尊淳）に心の内を明かす。
逸馬（宮野真守）と共に、ジョン万次郎（宇崎竜童）のもとを訪れた万太郎（神木隆之介）。人生は短い、後悔はしないように、との万次郎の言葉に万太郎は決意を新たにする。
自分の生きたい道を進むと心に誓った万太郎（神木隆之介）と綾（佐久間由衣）は、佐川に帰る前に早川逸馬（宮野真守）の演説会に参加する。しかし、警官隊が乱入し・・・
演説会に参加し、収監されてしまった万太郎（神木隆之介）。厳しい取り調べを受けている逸馬（宮野真守）のもとに連れていかれ、仲間だと認めろと問い詰められるが・・・
佐川に戻った万太郎（神木隆之介）と綾（佐久間由衣）は、タキ（松坂慶子）に自分たちが進みたい道について話す。タキの答えは・・・
万太郎（神木隆之介）は峰屋の面々に、春になったら東京へ行き、植物学の道へ進むこと、そして峰屋は綾（佐久間由衣）に任せることを伝える。
万太郎（神木隆之介）に別れを告げられ、戸惑う竹雄（志尊淳）。タキ（松坂慶子）に相談するも「自分で決めて良い」と言われ、悩んだ竹雄が下した決断は！？
東京に着いた万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）。博物館の野田（田辺誠一）や里中（いとうせいこう）、名教館時代の学友・佑一郎（中村蒼）と久しぶりの再会を果たす。
下宿探しの為、東京の町をさまよう万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）。怪しい男（大東駿介）に目を付けられてしまい、大事な植物標本を盗まれてしまう。
植物標本を燃やそうとする倉木（大東駿介）に、万太郎（神木隆之介）は金を払うから返してほしいと交渉する。標本は取り戻せるのか！？
十徳長屋に住むことを決めた万太郎（神木隆之介）と竹雄（志尊淳）。差配人のりん（安藤玉恵）や福治（池田鉄洋）ら愉快な住人たちと共に、東京での生活をスタートさせる。
万太郎（神木隆之介）は、東京での生活が落ち着いたことをタキ（松坂慶子）に報告。そして、近所の和菓子屋で寿恵子（浜辺美波）と再会！ 二人の恋が動き出す！？
寿恵子（浜辺美波）は叔母のみえ（宮澤エマ）から、鹿鳴館の開館に向けてダンスを習わないかと誘われる。反対する母まつ（牧瀬里穂）をよそに、寿恵子は…
万太郎（神木隆之介）は、ついに東京大学植物学教室の門を叩き、教授の田邊（要潤）や助教授の徳永（田中哲司）らと運命の出会いを果たす。
万太郎（神木隆之介）は、教授の田邊（要潤）に大学へ出入りをさせてもらえないかと懇願。助教授の徳永（田中哲司）らが猛反対する中、田邊の出した答えは！？
万太郎（神木隆之介）は大学への出入りを許され、竹雄（志尊淳）も仕事が決まり、二人は一安心。翌朝、万太郎は菓子を買うため寿恵子（浜辺美波）の店に立ち寄るが…
大学に通い始めた万太郎（神木隆之介）。植物の知識の深さや植物画の巧みさに、田邊（要潤）や学生らは驚く。万太郎はボタンの花を描き、寿恵子（浜辺美波）の元へ向かう。
寿恵子（浜辺美波）は、まつ（牧瀬里穂）に「鹿鳴館へ行ってみたい」と打ち明けるが、反対されてしまう。一方、万太郎（神木隆之介）は東京大学植物学教室に通い始めるが…
万太郎（神木隆之介）は、植物学教室の皆によそ者扱いされ孤立する。落ち込む万太郎は、りん（安藤玉恵）を誘って竹雄（志尊淳）が働く店へ行く。
気持ちを新たにした万太郎（神木隆之介）は、倉木（大東駿介）に案内を頼み植物採集に行く。生き生きと植物に向き合う万太郎の姿に、学生たちにも変化が現れる。
万太郎（神木隆之介）は学生たちから田邊（要潤）の知られざる一面を聞く。その後、寿恵子（浜辺美波）のために植物画を描いていた万太郎は、とんでもないことを思いつく！
万太郎（神木隆之介）は「植物図鑑を作る」という壮大な夢に向かって動き始める。一方、寿恵子（浜辺美波）は実業家・高藤（伊礼彼方）の元へ菓子を届けに行くが…
植物学雑誌の創刊のため、田邊（要潤）の許可を得たい万太郎（神木隆之介）だが…。一方、寿恵子は、実業家の高藤（伊礼彼方）から舞踏練習会に参加しないかと誘われる。
厳しい課税に苦しむ峰屋。タキ（松坂慶子）は万太郎（神木隆之介）には知らせないよう綾（佐久間由衣）に口止めする。一方、万太郎は田邊（要潤）と話す機会を得て…
植物採集に行った万太郎（神木隆之介）は珍しい水草（ヒルムシロ）を持ち帰る。ある日、田邊（要潤）に同行し演奏会に行くと、そこに寿恵子（浜辺美波）の姿を発見し…！
高藤（伊礼彼方）に抱きかかえられる寿恵子（浜辺美波）の姿を見てしまった万太郎（神木隆之介）。思わぬ流れで田邊（要潤）から雑誌創刊の許可を得られたが、頭の中は…
寿恵子（浜辺美波）のことが頭から離れず調子の出ない万太郎。りん（安藤玉恵）、えい（成海璃子）、ゆう（山谷花純）に励まされ、白梅堂へと走りだす！
万太郎（神木隆之介）は、石版印刷の技術を学ぶため、大畑（奥田瑛二）が営む印刷所へ行く。一方、寿恵子（浜辺美波）は白梅堂にしばらく来ない万太郎のことが気になって…
万太郎（神木隆之介）が印刷所で働くことを知った竹雄（志尊淳）は反対する。寿恵子（浜辺美波）はまつ（牧瀬里穂）に万太郎が来たら渡してほしいと八犬伝の本を預ける。
竹雄（志尊淳）は、万太郎（神木隆之介）の夢を応援するため、これからは「若」ではなく「万太郎」と呼ぶことを宣言。寿恵子（浜辺美波）は高藤（伊礼彼方）に呼び出され…
万太郎（神木隆之介）が大畑（奥田瑛二）の印刷所に通い始めて３週間。万太郎に会いたい寿恵子（浜辺美波）は、意を決して大学へ向かう。
万太郎（神木隆之介）はついに石版印刷で植物画を刷る。寿恵子（浜辺美波）はダンスの練習の帰り道に万太郎（神木隆之介）を見かけるが、思わず身を隠してしまう。
竹雄（志尊淳）が働く店に寿恵子（浜辺美波）と高藤（伊礼彼方）がやってくる。寿恵子を高藤家に迎える計画を耳にした竹雄は、慌てて万太郎（神木隆之介）に伝えにいく。
石版印刷の技術が身についた万太郎（神木隆之介）は、ついに植物学雑誌を印刷することに。しかし、田邊（要潤）にはある考えがあり、それを知った徳永（田中哲司）は…
万太郎（神木隆之介）の植物学雑誌作りは佳境を迎える。寿恵子（浜辺美波）は、ダンス講師のクララ（アナンダ・ジェイコブズ）から、心のままに生きるように言われ…
万太郎（神木隆之介）たちの植物学雑誌はついに完成。田邊教授（要潤）もその出来栄えを認める。万太郎は、大畑夫妻（奥田瑛二・鶴田真由）に一世一代の依頼をする。
万太郎（神木隆之介）の釣書を手に、大畑（奥田瑛二）は白梅堂へと向かう。この日は舞踏練習会の発足式。高藤（伊礼彼方）と踊る寿恵子（浜辺美波）は、ある決断をする。
万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）は、気持ちを確かめ合い、共に生きていく決意を固める。竹雄（志尊淳）、丈之助（山脇辰哉）ら長屋の皆も大喜び！ おめでとう！
万太郎（神木隆之介）は白梅堂へ挨拶に行き、まつ（牧瀬里穂）から結婚の許しを得る。それから半年。万太郎、寿恵子（浜辺美波）、竹雄（志尊淳）は婚礼のため高知へ向かう
役人に詰め寄られる綾（佐久間由衣）を助ける万太郎（神木隆之介）。酒屋の厳しい現状を目の当たりにする。さらに、タキ（松坂慶子）の体調が思わしくないことを知り…
タキ（松坂慶子）は寿恵子（浜辺美波）に百人一首の勝負を挑む。万太郎（神木隆之介）はタキの異変に気付き…。竹雄（志尊淳）は綾（佐久間由衣）に改めて思いを告げる。
佐川にいる万太郎（神木隆之介）に大学から手紙が届く。万太郎が標本を送ったマルバマンネングサが新種と認められ、皆、大喜び。その話を聞いたタキ（松坂慶子）は…
呉服商の主人（三山ひろし）から、思い出深いヤマザクラが病気だと聞いた万太郎（神木隆之介）は助けたいと考える。綾（佐久間由衣）は酒屋で組合を作ろうと計画する
綾（佐久間由衣）と竹雄（志尊淳）は酒屋の組合を作ろうと奔走。万太郎（神木隆之介）はヤマザクラの研究に没頭しすぎて寿恵子（浜辺美波）に冷たくあたってしまい…
横倉山にやってきた万太郎（神木隆之介）、寿恵子（浜辺美波）、竹雄（志尊淳）。竹雄は万太郎の助手の役目を引き継ぐため、寿恵子に植物採集の作法を教える。
竹雄（志尊淳）は綾（佐久間由衣）と夫婦になることを報告。万太郎（神木隆之介）は心からの祝福と感謝を伝える。そして迎えた、万太郎と寿恵子（浜辺美波）、祝言の日！
万太郎（神木隆之介）は祝言の席で、槙野家の一切を綾（佐久間由衣）と竹雄（志尊淳）に譲ると伝える。納得のいかない分家たちにタキ（松坂慶子）は…
万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）、長屋での新婚生活が始まる。大学も新学期。万太郎が高知で珍しい植物を採集したことを知った田邊（要潤）は…
寿恵子（浜辺美波）と共に、田邊家へ向かった万太郎（神木隆之介）。結婚祝いをするとの名目で呼ばれたが、田邊（要潤）の本当の目的は…
田邊（要潤）は万太郎（神木隆之介）に、田邊専属のプラントハンターになることを提案。万太郎の決断は…
佑一郎（中村蒼）が、アメリカへ行く報告をしに、万太郎（神木隆之介）を訪ねてくる。一方の寿恵子（浜辺美波）は、えい（成海璃子）に内職の相談をする。
万太郎（神木隆之介）は、里中（いとうせいこう）がいる博物館へ相談をしに行く。すると、たまたま居合わせた伊藤孝光（落合モトキ）を紹介されて…
図鑑を作り始めると決めた万太郎（神木隆之介）。夜は印刷所に通うことになると寿恵子（浜辺美波）に伝える。一方、田邊（要潤）は動物学教授から嫌味（み）を言われ…
万太郎（神木隆之介）の図鑑作りを叶（かな）えるため、寿恵子（浜辺美波）は大畑夫妻（奥田瑛二・鶴田真由）にとんでもない相談を持ち掛ける。
寿恵子（浜辺美波）が印刷機を買いたいと言いだし、万太郎（神木隆之介）、大畑夫婦（奥田瑛二・鶴田真由）は驚く。長屋には大窪（今野浩喜）が訪ねてきて…
万太郎（神木隆之介）は、高知で採集してきた植物を、大窪（今野浩喜）と共同で研究することに決める。納得のいかない田邊（要潤）に、徳永（田中哲司）は…
万太郎（神木隆之介）が名付け親となった植物「ヤマトグサ」を載せた雑誌がついに完成。大窪（今野浩喜）、徳永（田中哲司）らと喜びを分かち合う。一方の田邊（要潤）は…
田邊（要潤）が発表の準備をしていたトガクシソウは、伊藤孝光（落合モトキ）に先を越され、発表できない事態に。藤丸（前原瑞樹）は名付けをめぐる争いに耐えられず…
つわりで食欲のない寿恵子（浜辺美波）。何か食べさせたいと、万太郎（神木隆之介）が困っていると、藤丸（前原瑞樹）がやってくる。藤丸は、大学を辞めたいと言い出して…
万太郎（神木隆之介）に相談し胸のつかえが取れた藤丸（前原瑞樹）。田邊（要潤）に休学する旨を伝え、万太郎の植物採集や図譜刊行の手伝いを始める。
『日本植物志図譜第二集』を見た田邊（要潤）は、画工の野宮（亀田佳明）に万太郎（神木隆之介）のような植物画を描くよう命じる。野宮は波多野（前原滉）に助けを求める。
寿恵子（浜辺美波）は、ついに女の子を出産。この子の人生にありとあらゆる草花が咲き誇るようにと、万太郎（神木隆之介）が名付けた名前は…
万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）の間に長女・園子が生まれ、槙野家に幸せな時間が訪れていた。一方田邊（要潤）は、万太郎の作った図譜を見ていて…
竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）の元に園子誕生の知らせが届き、二人は大喜び。一方、万太郎（神木隆之介）らは、ゆう（山谷花純）の誘いを受けて出かけることに…
楽しそうに植物採集をする万太郎（神木隆之介）を見た福治（池田鉄洋）は、ゆう（山谷花純）に自分の胸の内を明かす。そして、万太郎は池のほとりで不思議な植物と出会う。
万太郎（神木隆之介）がムジナモを、植物学教室へ持っていくと、徳永（田中哲司）、大窪（今野浩喜）たちは興味津々。そこへ田邊（要潤）がやってきて…
万太郎（神木隆之介）は日々ムジナモの研究をし、ついに精密に描かれた植物画と論文が完成。それを見た田邊（要潤）は…
万太郎（神木隆之介）の書いたムジナモの論文に激怒した田邊（要潤）は、大学の出入りを禁ずる。話を聞いた寿恵子（浜辺美波）は納得がいかず…
万太郎（神木隆之介）は、大窪（今野浩喜）の協力を得ながら論文を書き直すが、田邊（要潤）の気持ちは変わらなかった。万太郎はもう一度、田邊の元へと向かうが…
万太郎（神木隆之介）は、野田（田辺誠一）と里中（いとうせいこう）に博物館で研究をさせてもらえないかとお願いするが…
万太郎（神木隆之介）と、寿恵子（浜辺美波）がロシア行きを決めた頃、峰屋では腐造が起こってしまい、綾（佐久間由衣）と竹雄（志尊淳）は窮地に立たされていた。
園子が天国へと旅立ち、悲しみに暮れる万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）。一方、峰屋をたたむこととなった綾（佐久間由衣）と竹雄（志尊淳）は…
園子を亡くした悲しみから、立ち直れない万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）。二人は、いつか自分たちが園子のところへ行くときに図鑑を持っていこうと約束する。
寿恵子（浜辺美波）は第二子を出産。万太郎（神木隆之介）は長寿を願い千歳と名付ける。そんなある日、高知から竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）がやってくる。
万太郎（神木隆之介）、寿恵子（浜辺美波）、竹雄（志尊淳）、綾（佐久間由衣）は久しぶりの再会を喜び合う。ある日、寿恵子が中尾（小倉久寛）の質屋に出かけると…
卑劣な内容の新聞小説に胸騒ぎがした寿恵子（浜辺美波）は、田邊（要潤）の妻・聡子（中田青渚）の元へと向かう。一方の万太郎は、高知の山奥で虎鉄（寺田心）に出会い…
万太郎（神木隆之介）は、持ち帰った珍しい植物の研究に打ち込み、新種と認定。「ヤッコソウ」と名付けた。そんなある日、虎鉄（寺田心）から大きな荷物が届き…
万太郎（神木隆之介）は、全国の植物愛好家と手紙のやりとりをするようになる。波多野（前原滉）と藤丸（前原瑞樹）が長屋を訪ねて来ると、そこへこわ面の男もやってきて…
槙野家にやってきたのは借金取りの磯部（六平直政）。研究費で借金が膨らんでいたのだ。磯部に挑む寿恵子（浜辺美波）は、万太郎の研究について熱弁し…
アメリカから帰国した佑一郎（中村蒼）が長屋を訪れ、万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）は無事の帰国を喜ぶ。田邊（要潤）の元には女学校廃止の知らせが届き…
聡子（中田青渚）に背中を押され、植物研究に本腰を入れた田邊（要潤）は、採集旅行で見たことのない花と出会う。一方、万太郎（神木隆之介）も偶然同じ花と出会い…
期せずして同じ花に出会った万太郎（神木隆之介）と田邊（要潤）。新種と認定すべく、それぞれ研究に打ち込む。新種を発表するのは、はたしてどちらか―
日本植物志図譜の制作にいそしむ万太郎（神木隆之介）だが、いまだ版元は見つからず。寿恵子（浜辺美波）はついに、八犬伝を中尾（小倉久寛）の質屋に入れにいく。
田邊（要潤）の遺言を万太郎（神木隆之介）に伝えるため、聡子（中田青渚）が長屋にやってくる。寿恵子（浜辺美波）は久々にみえ（宮澤エマ）に会いに行く。
みえ（宮澤エマ）は、寿恵子（浜辺美波）にお金を貸す代わりに、料亭で仲居として働かせることにする。その日は、得意客の岩崎弥之助（皆川猿時）がやってきて…
寿恵子（浜辺美波）仲居デビューの夜。客の岩崎（皆川猿時）は、キクの品評会をしようと提案する。その頃、万太郎（神木隆之介）は家に八犬伝がないことに気づき…
寿恵子（浜辺美波）は万太郎（神木隆之介）に品評会に出すキクを探してほしいとお願いする。そして迎えた“菊くらべ”当日。岩崎（皆川猿時）が選んだキクは…
徳永教授（田中哲司）に正式な助手として迎えられた万太郎（神木隆之介）は７年ぶりに大学に戻るが、万太郎の研究はもう古いと大窪（今野浩喜）に言われてしまう。
植物学教室へ陸軍大佐の恩田（近藤公園）と里中（いとうせいこう）がやってくる。徳永（田中哲司）から万太郎（神木隆之介）に出された指令は…
万太郎（神木隆之介）は学術研究員として台湾へ行くことに。寿恵子（浜辺美波）がお守りに持たせたものは…
万太郎（神木隆之介）が台湾に旅立った後、土佐から虎鉄（濱田龍臣）が上京してくる。一方、寿恵子（浜辺美波）はみえ（宮澤エマ）から商売を始めないかと言われて…
台湾から戻った万太郎（神木隆之介）はオーギョーチを食べながら、台湾での出来事を話し始める。波多野（前原滉）と野宮（亀田佳明）はイチョウの研究で快挙を成し遂げる。
牛久（住田隆）は真打ちとなり長屋を出ていくことに。竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）は東京で屋台「土佐」を開業。波多野（前原滉）と藤丸（前原瑞樹）もかけつけて…
竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）が作る故郷の味に万太郎（神木隆之介）と寿恵子（浜辺美波）は感動。竹雄から醸造学の先生を探していると聞いた藤丸（前原瑞樹）は…
大学を辞めた野宮（亀田佳明）は長屋を訪れ、槙野家の肖像画を描く。万太郎（神木隆之）は植物採集へ、寿恵子（浜辺美波）は新たな商いを始めるため、渋谷へと向かう。
寿恵子（浜辺美波）は初めて渋谷に降り立つ。農村地帯が広がり、通りも汚く、居酒屋店主・荒谷（芹澤興人）にここに来るのはやめた方がいい、と言われてしまうが…
新たな気持ちで渋谷へ向かった寿恵子（浜辺美波）。見て、触れて、人と話して、渋谷に魅力を感じた寿恵子は、この地で待合茶屋を開こうと決意する。
図鑑はいよいよ完成間近。しかし、万太郎（神木隆之介）は自信を無くしていて…。一方、寿恵子（浜辺美波）の店には、相島（森岡龍）と小林一三（海宝直人）がやってくる。
酵母菌の研究をしている藤丸（前原瑞樹）は、成果を竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）に発表する。万太郎（神木隆之介）の元には南方熊楠から手紙が届く。
熊楠から万太郎（神木隆之介）に送られてきた標本の中には、１２０年に一度しか咲かないハチクの花もあった。植物学教室にも熊楠から手紙が届くが、徳永（田中哲司）は…
万太郎（神木隆之介）は徳永（田中哲司）から、熊楠に深入りするなと釘を刺される。寿恵子（浜辺美波）の店には逸馬（宮野真守）と永守（中川大志）がやってくる。
逸馬（宮野真守）が連れてきた資産家の永守（中川大志）は、万太郎（神木隆之介）の研究に投資を申し出る。竹雄（志尊淳）と綾（佐久間由衣）は酒蔵を買い取り沼津へ移る。
万太郎（神木隆之介）は、大学を辞め一植物学者として生きることを決意。りん（安藤玉恵）は千歳（遠藤さくら）にあるお願いをする。
万太郎（神木隆之介）は徳永（田中哲司）に辞表を提出。大学を去る日、佑一郎（中村蒼）がやってくる。時代は大正へ。千歳（遠藤さくら）と虎鉄（濱田龍臣）は結婚する。
大正１２年９月１日、関東大震災が発生。長屋は倒壊し、万太郎（神木隆之介）、寿恵子（浜辺美波）、千歳（遠藤さくら）千鶴（本田望結）たちは渋谷へと向かう。
万太郎（神木隆之介）、寿恵子（浜辺美波）、千歳（遠藤さくら）、千鶴（本田望結）、虎鉄（濱田龍臣）たち家族みんなは無事だったが、長屋の標本や原稿は…
震災からおよそ１か月。万太郎（神木隆之介）は、ムラサキカタバミの植物画を描いていた。その姿に胸を打たれた寿恵子（浜辺美波）は、相島（森岡龍）にある決意を伝える。
寿恵子（浜辺美波）は渋谷の店を売ったお金で、東京郊外の大泉村に土地を購入。万太郎（神木隆之介）の夢と、万太郎の標本を守るために…。
槙野家は、寿恵子（浜辺美波）が買った土地に屋敷を構え、万太郎（神木隆之介）、寿恵子、千鶴（本田望結）と幸せに暮らしていた。ある日、波多野（前原滉）がやってくる。
波多野（前原滉）、徳永（田中哲司）の推薦で、万太郎（神木隆之介）は理学博士になることに。寿恵子（浜辺美波）は心から喜ぶ。
寿恵子（浜辺美波）のために、万太郎（神木隆之介）は何としても図鑑を完成させると決意する。
天真らんまんに駆け抜けた万太郎と寿恵子の大冒険！応援ありがとうございました！万太郎の植物図鑑はこれからもずっとずっと皆さまの心の中で咲き続けます！
