民國初年，中醫世家後人潘俊年紀輕輕卻善用蟲類藥，精通蟲草藥理，在北周城經營一家蟲草堂藥鋪，打理百草園中的百種草藥。因為醫術高超，所以在鄰里間享譽盛名。潘俊刀子嘴豆腐心，看病救人不收診金，卻要病號購買自己偽造的“水系族徽”。因為數年前，潘俊的父親神醫潘穎軒因為尋找寶藏離奇失蹤，他留下湊齊金木水火土五族秘寶就能找到寶藏的線索拋下幼年潘俊而去，水系族徽是五族水系的標誌，潘俊希望憑此標誌能重新找到父親。誰知水系族徽的真正主人時淼淼也來到此地，她是水系家族的繼承人，卻在日本黑幫亞興會的陣營內，她被水系族徽吸引到蟲草堂，和潘俊一見如故。可時淼淼的目的是殺光四大家族，為自己母親復仇。
得知潘俊中蠱卻不死的時淼淼驚奇不已，更加懷疑潘俊是木系家族後人的身份，於是監控潘俊的一舉一動，等待時機報仇。時淼淼見到潘俊救治病人不遺餘力，逐漸認為潘俊不是一個用水系族徽坑蒙拐騙的壞人，她猶豫之際，卻發現潘俊所用的祖傳針灸，她一眼認出那是木系家族的標誌祖傳青絲，而青絲正是殺死她母親的兇器，淼淼最終沒有揭開潘俊身上的蠱，負氣離去，火系長老歐陽雷火入城的消息也被淼淼所在的亞興會監控。
淼淼又一次見到潘俊為了治療鼠疫親自施針試藥，卻被南方地鱉蟲給困住，無法救人，生在南方又豢養毒蟲的水系家族，淼淼有這一味藥，她同意給潘俊去找毒蟲，治療鼠疫。潘俊驚喜的得到淼淼送來的地鱉蟲，完成了配藥。水系淼淼，木系潘俊，火系歐陽燕雲一起去隔離區用藥方暫時救活了奄奄一息的春香，春香説出了最早導致鼠疫的傳染源是來到城鎮上的亞興會黑幫，他們死後的屍體被車伕運走暴屍荒野。
燕雲請潘俊去給自己弟弟看病，被歐陽雷火識別出潘俊是木系後人的身份，功夫高強的雷火懷疑是潘俊下毒毒害燕鷹，雷火要殺死潘俊，潘俊命懸一線。關鍵時刻，老管家潘璞説出潘俊是五大家族之首潘穎軒的兒子，燕鷹也被潘俊救醒，火系雷火尊敬潘穎軒為人，決定重新調查挑撥木系火系自相殘殺的兇手。
潘俊和燕雲都對父輩的婚約充滿好奇，歐陽雷火講述了二人父親的往事。潘穎軒和歐陽煙雷兩人一直不相信當年五大家族尋寶是自相殘殺，他們認為是寶藏山體附近的自然環境特殊導致，所以傳入了五大家族的禁地，被逐出蟲族，為了讓歐陽家保護年幼的潘俊，潘穎軒和燕雲簽訂了婚約。知道父輩故事的潘俊更加希望知道自己父親的下落，認準父親的失蹤和寶藏一定有直接關係，他準備湊齊五大家族重啓尋寶之旅，潘俊開始勸説同樣父母失蹤的燕雲，為師父下落憂心忡忡的子午一起找到五大家族守護的寶藏，但是現在五大家族沒有水系的下落，潘俊的計劃只能擱置。
燕雲，燕鷹，子午在潘俊的説服下，決定加入五族的尋寶之旅，由於傳説中説只有湊齊五大家族的秘寶才能找到寶藏，火系秘寶“墨玉”，土系秘寶“神匙”在手，於是潘俊開始四處打探水系秘寶的下落，水系秘寶玄冰古鐵外表像是青銅器，於是子午燕鷹找遍拍賣行，燕雲潘俊在琉璃廠也同樣沒有下落，雷火卻發現在城內要舉辦一場先秦文化展，其中展覽的文物中竟然有水系秘寶。潘俊一行人費盡周折潛入博覽會，發現了真正的水系秘寶，潘俊還驚奇的發現了展會中有自己父親的書冊，而負責展會安全的探長方儒德説自己可以通過關係把水系秘寶和書冊給潘俊，不過他需要用蟲草堂來交換，潘俊為了能讓尋寶順利，答應了方儒德的條件。