ケンダマ学園にすごい転校生がやってきた。筋肉ムキムキ男気バッチリのケンちゃんだ！学校で一番のケンダマスターを目指して戦う物語が今始まる！
家庭科のエリカ先生の正体は悪の組織からの刺客だった!エリカ先生の危険な料理でクラスメイトの大半が倒れてしまう!!みんなを守るため、ケンちゃんとエリカ先生とのお料理対決が始まる!!
雪山にやってきたケンちゃんたち、そこで待っていたのはスキーのインストラクター中山さんだった。しかし中山さんの正体はまさかの雪男だった！！夢と狂気の冬休みが今始まる！！
数百万円のダイヤモンドケンダマVS100円ショップのケンダマ！勝つのはどっち！？
遂に明かされるミツルギの正体！彼は世界征服のために作られたケンダマ人造人間だったのだ！偽の記憶に翻弄されるミツルギ、そして彼と似た境遇のもう一人の男がいた。
悪の秘密結社「違法玩具製造所」が攻めてきた！ケンちゃんの前に現れるケンダマ四天王、そしてダークボス、奴はいったい何者なのか！？親子の因縁をかけた戦いが今はじまる！！
ケンちゃんたちは修学旅行にやってきた。タマコは幼いころからケンちゃんに思いを寄せていたことが発覚する。小さな胸に大きな想い...。そこに現れたのは恐怖の不良高校生だった。果たしてタマコは想いを告げられるのか？
ある日、ミツルギは電車の中でタマコに告白してしまう。タマコは悩み苦しみ始めた。そんな時、サオリはケンちゃんを連れてある施設へ行く。そこで明かされるサオリの正体。サオリは魔王サンシャインサオリだったのだ！
サオリにそそのかされ悪に堕ちたケンちゃん。二人は封印されたゴッドケンダマを呼び出すすため極悪列車で走り始めた。次々に命を落とす登場人物、物語はこの後どこへ向かっていくのか...？
ミツルギは巨大ロボット、ゴールデンデリシャスビューティーに乗り、ケンちゃんとサオリを止めに行った。全てに決着をつけるため、恐怖のダンスバトルで最終決戦をする。ケンダマをかける男たちの物語が今完結する。