群雄割拠する戦国時代。尊敬する今川義元（野村萬斎）のもとで、人質ながらも充実した生活を送っていた松平元康、のちの徳川家康（松本潤）は、心優しい姫・瀬名（有村架純）と結婚。このまま幸せな日々が続くと信じていた。そんなある日、織田信長（岡田准一）が領地に攻め込み、元康は前線基地の大高城に米を届ける危険な任務を命じられる。何とか使命を果たしたものの、戦場の真ん中でまさかの知らせが！どうする元康！？
織田軍に包囲され、絶体絶命の松平元康。だが、なせか織田信長は兵を引く。元康は慌てて大高城を飛び出し、瀬名を残す駿府に帰ろうとするが、家臣団は故郷の三河に戻りたいと猛反対。元康は渋々三河へ向かうが、敵の罠にはまり、重臣の鳥居忠吉が大けがを負うなど松平軍は壊滅状態に。何とか岡崎の大樹寺に逃げ込んだが…。
故郷の岡崎へ戻った松平元康は、打倒・信長を決意するが、弱小の松平軍はまったく歯が立たない。一方、今川氏真は援軍をよこさず、本多忠勝らは、織田に寝返るべきだと言い始め、駿府に瀬名を残す元康は、今川を裏切れないと悩む。そんな中、伯父の水野信元が岡崎城にある人を連れてくる。それは1 6年前に生き別れた元康の母・於大だった。
松平元康は信長が待つ尾張・清須城へ向かった。幼きころに織田に捕らえられていた元康は、信長から再会のあいさつ代わりに相撲の相手を命ぜられる。くせ者・木下藤吉郎や信長の妹・市を紹介される中、信長から盟約を結ぶ代わりに、驚くべき条件を提示される。一方、駿府に残された元康の妻・瀬名は、今川氏真から元康と離縁して、側室になれと迫られる。
元康は、駿府に捕らえられている瀬名を取り戻そうと決意。家臣たちの反対を押 し切 り、イカサマ師と呼ばれ嫌われている本多正信の妙案に望みを託す。正信は、伊賀忍者の服部一党を使 い奪還作戦を立てるが、頭領の服部半蔵は過去の失敗ですっか り自信を失っていて…。
今川氏真は元康に対し「降伏しなけれは瀬名たちを皆殺しにする」と通達した。本多正信からは「今川家重 臣を生け捕りにし、瀬名たちと人質交換する」という更なる秘策を提案され、実現困難ともいえる大胆な策だが、元康はすべてを託すことに。正信の命を受けた半蔵は難攻不落の上ノ郷城に忍び込み、やがて火の手が上がる。その炎は成功の合図なのか、それとも…。
元康は、家康と名を改はめる。国をまとめたいと願う家康だが、三河内の争いも絶えす、三河統一は遥か先の話。そんな中、民衆の間で一向宗が人気と瀬名から教えられる。家康は宗徒が集まる本證寺に潜入すると、そこには寺内町という巨大な町がつくられ、住職の空誓は、「民が苦しむのは武士のせいだ」と説いていた。家康は一向宗への対抗を命じるが･･･。
本證寺から年貢を取り立てようとする家康に対し、一向宗徒が三河各地で一揆を起こした。武力で抑え込もうとするが、有能な軍師がいるらしく、すべての作戦が裏 目に出る。松平昌久など周囲の領主も寝返る中、家康は半蔵を寺へ潜入させる。そこで半蔵が目にした空誓を補佐する、意外な"軍師"の正体は…。
身近な家臣さえ信じられなくなり、引きこもる家康を、烏居忠吉が訪ねてくる。たとえ裏切 られても信 じきるか、疑いがある者を切り捨てるか、ニつに一つ。そう問われた家康は、ある決意を固める。激戦の末、家康はついに一向宗側の軍師と対峙し…。
岡崎城近くの築山に、民の声を聞くための庵を開いた瀬名。ある日、於大は２人に子が少ないことを心配し、側室を迎えるよう主張する。選ばれたのは、不愛想だが気の利く侍女・お葉。家康はお葉と一夜を過こすことになるが、お葉は思わぬ行動に出る! 一方、京の都では政変が勃発。織田信長や武田信玄の動きも活発化し、家康は時代の荒波に巻き込まれていく…。
三河国主となり、姓を徳川と改めた家康は、今川領の駿河・遠江を狙 う武田信玄と談判することになる。意外な形で信玄との交渉に臨んだ家康は、双方が今川領を攻め、切り取り次第で己の領地にするという密約を交わす。恩ある今川と戦うことに抵抗を感じつつも、家康は遠江の引間城へと兵を進める。しかも引間城主は、瀬名の親友・田鶴。田鶴の身を案じた瀬名は、文を送り…。
武田信玄から攻め込まれ、家臣にも見限られた氏真は、駿河・今川館を捨てる。妻・糸は、彼女の実家である北条に身を寄せるよ う勧 めるも、氏真 は耳を貸さない。一行が徳川領に近い掛川城に落ち延びたため、家康は兄弟同然に育った氏真と直接戦うことになり…。
家康は、徳川領となった遠江の情勢も不安定な中、信長の後ろ盾で将軍となった足利義昭の命令で京へ向かうことになる。そこで義昭の家臣・明智光秀や商人・茶屋四郎次郎、市の夫・浅井長政らと出会う。やがて義昭に謁見した家康は、将軍の器とは思えないその愚かな振る舞いに戸惑う。なせ義昭を擁立したのか、そこには信長のある思惑があった。
信長と共に、朝倉義景との戦に臨んだ家康。その裏では、浅井長政が謀反を決意していた。浅井・朝倉に挟み撃ちにさ れれば、織田・徳川連合軍はひとたまりもない。長政の妻・お市の心中を察した侍女・阿月は、謀反を知らせるため、信長が陣を敷く金ヶ崎へ向かうが…。
命からがら藤吉郎と共に金ヶ崎の激戦を生き延ひた家康。休む間もなく、信長に浅井・朝倉討伐の先陣を申し付けられる。そんな中、浅井長政からは「ともに信長を討ち取ろう」と呼びかける密書が届く。姉川を挟んで両軍が向き合い、決戦の時が迫る中、家康は信長を裏切るか否かの選択を迫られる。家臣の中でも意見が分かれ、紛糾するところに、家康陣へ信長から銃弾が撃ち込まれ…。
浜松に居城を移した家康だが、城下で虎松(板垣李光人) と名乗る少年に襲われる。遠江の民は徳川を恨んでいるという虎松の言葉に、家康は傷つく。一方、信玄に対抗し、家康は上杉謙信との同盟を探るが 、それが武田方に漏れ、信玄を激怒させてしまう。武田との決戦 を避けられないと覚悟を決めた家康は、人質として武田に送っている義弟・源三郎を救い出すが、そこには信玄の思惑があり…。
信玄は徳川の拠点を次々に制圧。打つ手のない家康は、信長の本軍が加勢にくるまで浜松城に籠城すると決める。だが、浜松に攻め寄せてきた武田本軍は、なんと浜松城を素通りし、西へ向かおうとする。このまま武田軍を通せば、遠江の民か見限られ、信長の逆鱗に触れる。何より、瀬名ら家族のいる岡崎城が危ない。打って出るべきか、籠城を続けるかーー。家康の究極の選択を迫られる！
金荼美具足の遺体が信玄のもとに届けられると、家康討ち死にの知らせは全国に広まった。瀬名は動転しつつも、籠城戦への備えを家中に伝え、信長は武田との決戦を覚悟する。勝頼たちは浜松城に攻め込むが、酒井忠次の機転で徳川軍は難を逃れた。浜松を後にして西に兵を進めた信玄だが、体の異変に襲われていた。そんな中、徳川家臣団の前にある男が現れる。
武田軍は撤退し、信玄は勝頼にすべてを託す。信長は武田に寝返った将軍・足利義昭を京から追放。一方、家康は信玄との激戦で大きな犠牲を払ったショックから、立ち直れないでいた。そんな中、美しい侍女のお万に介抱され、つい心を許してしまう。そのことを知った瀬名は浜松を訪ねるが…。
信玄亡きあとも武田軍の強さは変わらす、勝頼は徳川領に攻めこんだ。総大将の信康は数正らと応戦するが、苦戦を強いられ、瀬名や亀も、負傷兵の手 当てに走 り回る。病で浜松から動けない家康は、忠勝貴らを援軍 として送る。そんな慌ただしい状況の裏で、岡崎城ではある陰謀が仕組まれていた…。
武田に包囲された奥三河の長篠城。城主・奥平信昌はピンチを伝えるため、鳥居強右衛門を岡崎へ送 り出す。強右衛門の手紙を受け取った家康は、織田に援護を求めると、信長はニ万を超える軍勢を率 いて岡崎へやってくる。そして天下一統に突き進む信長は、参戦の条件 として家康 に 驚くべき条件を提示する。
徳川・織田連合軍は長篠城の西・設楽原で武田軍と対じだが信長は馬防柵を作 るはかりで動こうとしない。しびれを切らした寥康は、わすかな手勢で武田の背後から夜襲をかける危険な賭けに出る。策は功を奏し、勝頼は攻めかかってくるが、信長はその瞬間を待っていた」3000丁の鉄砲が火を噴く！
瀬名が武田の使者・一千代と密会していると知った五徳は信長に密告。すると信長は、水野が武田と内通していると言いがかりをつけ、家康に処分を迫る。苦渋の末、水野を手にかけた家康 は、侍女 ・於愛に癒やしを求めるようにしたらがはら方、設楽原の戦い以来、心のバランスを失っていた信康に、瀬名は秘めてきた大きな夢を打ち明ける。
瀬名と信康が各地に密書を送り、武田方をはじめ多くの者が築山を訪ねていることを知った家康。これが信長に伝われば、命より大事な妻子を失うことになる。苦悶の末、家康は数正らと共に築山へと踏み込む。たが瀬名は、家康が来るのを待ち構えていた。瀨名は、内々に進めていた途方もない計画 を明かし…。
武田勝頼の手で暴かれた、瀬名と信康の計画。それはやがて信長の知るところとなる。2人の始末をつけなければ織田と戦になる。それでも家康は信長の目をあざむき、妻子を逃がそうと決意する。一方、瀬名は五徳に、姑は悪女だと訴える手紙を信長に宛てて書かせ、全ての責任を負おうとする。岡崎城を出た信康もまた、逃げ延びることを良しとせず──。
信長を恨む様子もなく従順に付き従う家康を理解できず、忠勝ら家臣の一部は不満を持っていた。そんな中、家康は安土へ戻る道中に信長を接待したいと申し出る。家臣団に於愛や茶屋四郎次郎も加わって富士遊覧の饗応が始まるが、気まぐれな信長に振り回され、計画は思うように進まず…。
京の本能寺で信長（岡田准一）を討つ計画を家臣たちに明かした家康（松本潤）。なみなみならぬ家康の決意に、家臣たちの意見は賛成と反対で真っ二つに割れるが、忠次（大森南朋）は、家康の決断を信じようと家臣団を諭す。やがて家康たちは信長に招かれ、安土城へ。だが酒宴の席で、家康は供された鯉が臭うと言いだした。信長は激高し、接待役の明智（酒向芳）を打ちのめし、追放する。その夜、信長と家康は２人きりで対じし──。
信長（岡田准一）が本能寺へ入ったという知らせを受け、家康（松本潤）は堺へ向かう。堺の商人たちと手を結び、家康は信長を討ったあとの体制も盤石に整えていた。だが、そこにお市（北川景子）が現れる。市から、あることを聞かされ、家康は戸惑う。信長を討つなら今夜しかない──家康は、一世一代の決断を迫られる。そして迎えた夜明け、本能寺は何者かの襲撃を受け、炎に包まれ……。
信長、死す──。衝撃的な知らせが世を駆け巡る中、光秀（酒向芳）の命令で、家康（松本潤）は、浪人から村人まであらゆる者から命をつけ狙われることに。岡崎へ帰還すべく、家臣団と共に逃亡する家康に、半蔵（山田孝之）は、服部党の故郷である伊賀を抜けるべきだと進言する。光秀の追手を欺くため、忠次（大森南朋）らと別れた家康は、伊賀の難所を越えて、一路岡崎を目指すが、道中で謎の伊賀者たちに捕らわれてしまう！
無事、浜松へ戻った家康（松本潤）。一方、秀吉（ムロツヨシ）は織田家の跡継ぎを決める清須会議で、信長の孫・三法師を立てつつ、織田家の実権を握ろうとしていた。そんな秀吉の動きを苦々しく見ていた市（北川景子）は柴田勝家（吉原光夫）との結婚を決意。秀吉と勝家の対立が深まる中、家康は旧武田領に手を伸ばす関東の雄・北条氏政（駿河太郎）との一戦に臨むことになる。
お市（北川景子）を死に追いやった秀吉（ムロツヨシ）に、家康（松本潤）は激怒、打倒秀吉の意志を固める。だが勢いに乗る秀吉は信長の次男・信雄（浜野謙太）を安土城から追放、着々と天下人への道を進んでいた。信雄からも助けを求められ、10万を超える秀吉軍と戦う方法を考えあぐねていた家康は、正信（松山ケンイチ）の日ノ本全土を巻き込む壮大な作戦を採用。しかし、その策も秀吉に封じられ、大ピンチに追い込まれ……。
家康（松本潤）は秀吉（ムロツヨシ）10万の大軍に対し、あえて前進し、小牧山城に兵を集めた。互いにどう動くか探り合いが続く中、康政（杉野遥亮）は秀吉の悪口を書き連ねた立て札をばらまいて秀吉を揺さぶる一方で、城の周辺に謎の堀をつくり始める。徳川軍が守りに入ったと考えた池田恒興（徳重聡）は、秀吉に、家康を引っ張り出すため岡崎城を攻撃するという策を献上。進軍を開始するが、まさにそれこそが家康の狙いだった。
家康（松本潤）は小牧長久手で秀吉（ムロツヨシ）に大勝。しかし秀吉は織田信雄（浜野謙太）を抱き込んで和議を迫り、さらに人質を求めてくる。そのうえ、秀吉が関白に叙せられたという知らせが浜松に届き、家康は名代として数正（松重豊）を大坂城へ送る。そこで数正は、改めて秀吉の恐ろしさを痛感。徳川を苦しめる真田昌幸（佐藤浩市）の裏にも秀吉の影を感じた数正は、決死の進言をするが、家康の秀吉に対する憎しみは深く──。
打倒・秀吉（ムロツヨシ）を誓ったはずの数正（松重豊）が豊臣方に出奔、徳川家中に衝撃が走る。敵に手の内を知られたも同然となり、家康（松本潤）は追い詰められるが、そこに未曽有の大地震が発生し、両軍戦どころではなくなる。何とか家康を上洛させたい秀吉は、妹の旭（山田真歩）を家康に嫁がせ、さらに老いた母まで人質に差し出す。秀吉に屈服するか、全面対決するかの二択を迫られた家康は……。
秀吉（ムロツヨシ）は母・仲（高畑淳子）を、家康（松本潤）の上洛と引き換えに人質として岡崎へ送る。秀吉は家康を歓待する中、妻の寧々（和久井映見）や弟の秀長（佐藤隆太）を紹介し、諸大名の前で一芝居打ってくれと頼みこむ。大坂をたつ前夜、秀吉から北条・真田の手綱を握る役目を任された家康は、一人の男と出会い興味を持つ。それは豊臣一の切れ者と名高い石田三成（中村七之助）だった。
家康（松本潤）は真田昌幸（佐藤浩市）から、北条に領地を渡す代わりに徳川の姫がほしいと頼まれる。忠勝（山田裕貴）の娘・稲（鳴海唯）を養女にして嫁がせようとするが、父娘ともに猛反対。そんな中、家康が探させていた武田の女を、元忠（音尾琢真）がかくまっていたことがわかる。説得に向かった忠勝は、抵抗する元忠と一触即発の危機に陥る。改めて、於愛（広瀬アリス）が元忠に話を聞くと、意外な事実が──。
茶々（北川景子）が秀吉（ムロツヨシ）との子・鶴松を産んだ。勢いづく秀吉は、北条攻めを決定。和平を主張する家康（松本潤）に秀吉は先陣を命じ、勝てば北条領を全て与えると言う。しかし、それは故郷・三河を離れることでもあった。家康は家臣たちに事情を話せないまま、出陣を命じる。秀吉が20万もの大軍で小田原城を包囲する中、家康は氏政（駿河太郎）に降伏を促すが、全く応じようとしない。氏政には関東の雄としての意地があった。
天下統一を果たした秀吉（ムロツヨシ）は、次の狙いを国外に求めた。江戸開発に勤しんでいた家康（松本潤）をはじめ、諸大名を肥前名護屋城に集め、唐入りを命じる。朝鮮に渡った加藤清正たちから連戦連勝という知らせが届き、秀吉はご満悦だが、家康は苦戦を強いられているという裏情報をつかむ。家康は石田三成（中村七之助）と共に渡海しようとする秀吉を必死に止めようとする。そんな時、家康の前に茶々（北川景子）が現れる。
茶々（北川景子）に（後の秀頼）が生まれた。家康（松本潤）の説得により、明との和睦を決めた秀吉（ムロツヨシ）。しかし、石田三成（中村七之助）たちが結んだ和議がとわかると、朝鮮へ兵を差し向けると宣言、秀吉の暴走が再び始まった。都が重い空気に包まれる中、家康は息子の秀忠（森崎ウィン）を連れて、京に隠居していた忠次（大森南朋）を訪ねた。忠次から最後の願いを託され 悩む家康に、秀吉が倒れたとの知らせが届く。
秀吉（ムロツヨシ）が死去し、国内に動揺が走る。家康（松本潤）は三成（中村七之助）と朝鮮出兵の後始末に追われる。秀吉の遺言に従い、家康は五大老たちと政治を行おうとするものの、毛利輝元（吹越満）や上杉景勝（津田寛治）は自国に引き上げ、前田利家（宅麻伸）は病に倒れる。家康は加藤清正（淵上泰史）ら諸国大名たちから頼られる中、やがて政治の中心を担うようになる。そんな家康に野心ありとみた三成は警戒心を強め、二人は対立を深めていく。
家康（松本潤）の決断で、佐和山城に隠居させられた三成（中村七之助）。一方、家康は大坂城・西ノ丸に入り、政治を意のままに行い、周囲から天下人と称されていた。そんな家康を茶々（北川景子）は苦々しく見ている。ある時、会津の上杉景勝（津田寛治）に謀反のうさわが広がる。家康は茶々から天下泰平のため、成敗に向かうべきと諭されるが、大坂を離れることに一抹の不安を感じ、留守を鳥居元忠（音尾琢真）に預けることにする。
上杉征伐に向かう家康（松本潤）のもとに、三成（中村七之助）挙兵の知らせが届いた。小山で軍議が開かれ、西国大名の多くが三成につく中、家康は天下分け目の戦に臨むため、西へ戻ると宣言する。秀忠（森崎ウィン）に真田昌幸（佐藤浩市）の攻略を任せ、江戸に戻った家康は、各国大名に応援を働きかける。一方、京では千代（古川琴音）と共に伏見城を守る鳥居元忠（音尾琢真）が、三成の大軍に囲まれ、最期の時を迎えていた。
秀忠（森崎ウィン）率いる主力軍が来ない。真田の罠にはまってしまったのだ。西軍に圧倒的に数で劣る家康（松本潤）は、野戦での勝負を決断。決戦の地に関ヶ原を選ぶ。そして大量の密書をばらまき、敵に切り崩しを仕掛ける。優位に立つ三成（中村七之助）は呼応するように兵を進め、両陣合わせ15万が集結、天下分け目の大戦が始まる！ 一方、大坂では家康の調略に動揺する毛利輝元（吹越満）に、茶々（北川景子）は不満を募らせる。
家康（松本潤）は大坂城で、関ヶ原の戦勝報告を行う。茶々（北川景子）から秀頼と孫娘・千姫の婚姻を約束させられ、不満を隠せない。時は流れ、征夷大将軍となり江戸に幕府を開いた家康。ウィリアム・アダムス（村雨辰剛）らと国づくりに励むが、秀忠（森崎ウィン）の頼りなさが不安の種。そんな中、忠勝（山田裕貴）が老齢を理由に隠居を申し出る。一方、大坂では大野治長（玉山鉄二）が茶々の下に戻り、反撃の機会をうかがっていた。
関ヶ原で敗れ、牢人となった武士が豊臣のもとに集結していた。憂慮した家康（松本潤）は、秀頼（作間龍斗）を二条城に呼び、豊臣が徳川に従うことを認めさせようとする。しかし、初めて世間に姿を見せた秀頼の麗しさに人々は熱狂。脅威を感じた家康は、秀忠（森崎ウィン）の世に憂いを残さぬためにも、自らの手で豊臣との問題を解決しようとする。そんな中、豊臣が大仏を再建した方広寺の鐘に刻まれた文言が、大きな火種になる！
豊臣家復活を願う方広寺の鐘に、家康（松本潤）を呪う言葉が刻まれたという。家康は茶々（北川景子）が徳川に従い、人質として江戸に来ることを要求。激怒した大野治長（玉山鉄二）は、両家の仲介役・片桐且元（川島潤哉）の暗殺を計画。家康はついに14年ぶりの大戦に踏み切る。全国大名に呼びかけ、30万の大軍で大坂城を包囲、三浦按針（村雨辰剛）に用意させたイギリス製大筒を配備。そんな徳川の前に真田丸が立ちはだかる。
家康（松本潤）の大筒による攻撃で難攻不落の大坂城は崩壊。茶々（北川景子）の妹・初（鈴木杏）と阿茶（松本若菜）が話し合い、秀頼（作間龍斗）が大坂に留まることと引き換えに、城の堀を埋めることで和議が成立する。だが乱世を望む荒武者たちは全国から大坂城に集まり続け、豊臣を滅ぼすまで平穏は訪れないと、家康は再び大坂城に兵を進める。そんな中、初と江（マイコ）は、姉・茶々を止められるのは家康だけだと訴える。
徳川家康を演じる松本潤と徳川家臣団キャスト陣が大集合した、一夜限りの「どうする家康」ファン感謝祭。「もう一度見たい名場面ベスト１０」をはじめ、撮影ウラ話あり、触れあいタイム＆質問タイムとめじろ押し！音楽を担当した稲本響とＮＨＫ交響楽団による、あの劇中楽曲のコラボ生演奏も！さらには秀吉・茶々を熱演したムロツヨシ・北川景子が降臨し、徳川ＶＳ．豊臣トークも炸裂！Ｖｏｌ．１とＶｏｌ．２の二夜完結の特別編！
徳川家康を演じる松本潤と徳川家臣団キャスト陣が大集合した、一夜限りの「どうする家康」ファン感謝祭。「もう一度見たい名場面ベスト１０」をはじめ、撮影ウラ話あり、触れあいタイム＆質問タイムとめじろ押し！音楽を担当した稲本響とＮＨＫ交響楽団による、あの劇中楽曲のコラボ生演奏も！さらには秀吉・茶々を熱演したムロツヨシ・北川景子が降臨し、徳川ＶＳ．豊臣トークも炸裂！Ｖｏｌ．１とＶｏｌ．２の二夜完結の特別編！
家康（松本潤）は豊臣との決戦に踏み切り、乱世を終える覚悟で自ら前線に立った。家康の首をめがけ、真田信繁（日向亘）らは攻め込む。徳川優勢で進む中、千姫（原菜乃華）は茶々（北川景子）と秀頼（作間龍斗）の助命を訴えた。だが家康が下した決断は非情なものだった。翌年、江戸は活気に満ちあふれ、僧・南光坊天海は家康の偉業を称え、福（のちの春日局／寺島しのぶ）は竹千代に“神の君”の逸話を語る。そんな中、家康は突然の病に倒れる。
