重犯罪を担う警視庁捜査一課・特殊犯罪捜査係SITのバイクチーム…通称・警視庁トカゲ班。宮益坂署生活安全課少年係巡査部長・井守響子(黒谷友香)を始め、第二機動捜査隊・矢島健太(渡部豪太)、交通機動隊・郷田修平(大地康雄)などが名を連ねる。ひとたび事件が起きればトカゲ班として招集され、極秘の追尾偵察任務にあたる。任務中は警官の身分を明かすことも許されない。トカゲの如く目立たず迅速に行動し、事件を解決に導く。まさに警視庁の隠密部隊である。 ある日、女子高生・神代希世美(青山美郷)が誘拐される事件が発生し、トカゲ班に招集がかかる。SITから「俺たちの手先だ」と見下されるが、警視庁捜査一課の巡査部長・山本賢二(宇梶剛士)だけは優しい目を向ける。現場の公園に到着した響子は不審な車を発見。車内に希世美がいるのを確認するが、追跡途中パトカーに捕まり見失ってしまう。 希世美の親が、大手ファミレスチェーン会長の神代正行(冨家規政)であることから営利誘拐を疑う。神代の会社には犯人から電話が入り、さらに手足を縛った希世美の動画がメールで送られてくる。そのアドレスの所有者は室田晴美(上村明穂)。希世美からのいじめを苦に自殺した同級生だ。 そこで響子たちは恨みを持っているであろう、晴美の父親・伝助(本城丸裕)をマークし始める。 翌日、運河で警備員の服を着た男性の他殺体が見つかる。捜査一課強行班係主任の津吹新太郎(永井大)は、遺体が元刑事の野崎義男(吉満涼太)だと気づく。刑事時代は黒い噂が絶えず、最近は住み込みでビルの警備をしていたが、かなりの借金を抱えていた。 そんな中、犯人から再びメールで要求が送られてくる。教育委員会対し、身代金5934万円と、晴美いじめ自殺問題の再調査というものだった。誘拐の目的は希世美への恨みなのか？でもなぜ教育委員会が標的に…？ 謎が深まる中、希世美と頻繁に連絡を取っていた人物が浮上する。希世美の英語教師・中里靖子(酒井美紀)だ。SITの島岡吾郎(柴俊夫)は響子に、生徒からの情報収集と靖子の監視を命じる。生徒の話では、晴美の一件以来、希世美がいじめられるように。また靖子と一緒にいるのをよく見るという。 一方、島岡は教育長の時田肇(石井愃一)に事件解決の協力を懇願するが断られてしまう。その様子から何か裏があることを感じる島岡。さらに誘拐と野崎の事件が、意外な繋がりを見せ