1999年、地球に飛来した巨大隕石は落下の熱と衝撃で海水が蒸発して地球全土の海が干上がり、同時に地球に隕石に潜んでいた地球外生命体ワームが侵入し、瞬く間に社会に人間に擬態することで潜伏・侵食を始めた。人類は秘密機関ZECTを設立。マスクドライダーシステムを開発し、戦場に投入した。 それから7年後の2006年。深刻な水不足に陥った地上でワームとライダーの戦いが続く中、ZECTに反旗を翻す反乱分子がネオZECTを結成。ZECTはネオZECTの粛清に乗り出す。ZECTのライダー、大和鉄騎＝ケタロス、矢車想＝ザビー率いる部隊に追いつめられるネオZECTのリーダーである織田秀成＝ヘラクス、風間大介＝ドレイク、北斗修羅。そこへ天道総司＝カブトが乱入し、戦況は新たなる段階を迎える。 折しもZECTでは、巨大彗星＝氷の塊が地球に接近する情報を掴んでいた。この彗星を引き寄せれば、地球に莫大な水資源を確保でき、ZECTは益々権力を強めることができ、ZECTは「天空の梯子」と呼ばれる軌道エレベーターで地上の基地と接続されているZECT宇宙ステーションに設置された巨大クロックアップマシンを用いて移転空間を発生させる、「天空の梯子計画」を実行。天道よりこの情報を得たネオZECTも、ZECTの支配力増加を抑えるべく、計画の乗っ取りを決意する。 計画実行の当日、ネオZECTはZECT本部を襲撃。天道は軌道エレベーター上で大和と対決。宇宙空間で二人が激闘する最中、加賀美新＝ガタックがクロックアップシステムで彗星を引き寄せるが、彗星と共にワームの卵を運ぶ巨大隕石も引き寄せてしまっていた。