特命探偵・結城新十郎（福士蒼汰）たちは、行方不明となった速水星玄（勝村政信）を探し出すため薩摩に向かう。苛立つ士族たちの思いを受け止めつつ苦しむ西郷隆盛（鶴見辰吾）と会う新十郎たち。一方の東京では、勝海舟（高橋克典）が、西郷を救うため大久保利通（篠井英介）に会いに行く明治政府にいら立ち、維新の火薬庫と化した鹿児島での西郷暗殺の企てが進む中、西郷を守るため、新十郎たちが立ち上がる…。
