上世纪八十年代，一架运输机在东南亚某国的边境坠毁，意外撞出了一个古代墓穴。两国联合考古，吴邪的三叔吴三省作为中方专家带队成立联合科考前往当地勘探。期间有队员失踪，吴三省立刻带队救人，却在墓中看到不可思议的异象。回来后，吴三省经常阶段性失踪，最后就彻底失踪了。多年后，长大后的吴邪成了一个古董铺的小老板，他和好友胖子接手了一个仓库坍塌的活儿。
三叔吴三省居然给吴邪留了一块地！吴邪按照地址，找到了一座废弃多年的气象站，还在密室了发现一具尸体，从留下的照片和证件判断，死者是三叔的朋友杨大广，他们还发现一堆录着雷声的磁带。吴邪报警，经检查，杨大广是突发疾病去世的。吴邪听磁带里的雷声，推测三叔和杨大广很早就开始听雷。一天，窗外打雷，吴邪意外发现雷声居然和磁带里的雷声频率完全相同。这并不符合科学规律，吴邪决定去问问学识渊博的二叔，吴二白。
吴邪和胖子去了被泥石流掩埋于地下的杨家老宅，吴邪发现那简直像个藏宝洞。吴邪发现里面有很多东西上面都有和三叔和杨大广照片后面同样的数字——044，编号044代表着什么？室内，还有杨家从其他地方搬过来的壁画，内容都是关于“听雷”的。吴邪在疑惑壁画主人身份和听雷行为时，又发现壁画后还藏有密室。进入密室，吴邪发现了一口棺材，棺材上吊着一个巨大的青铜钟，吴邪分析，认为大钟是雷声收集器。
在阿透的帮助下，众人知晓原来青铜片等来自南海王地宫，地宫在沿海滩涂附近。另一边，吴二白手下贰京调查出，一个姓焦的老板一直在资助和照顾母雪海，他也在听雷。吴二白判断吴邪突然收到短信，是有人在背后操纵，很有可能与044工程有关。吴二白打电话给黑眼镜，要他去调查焦老板的来历。吴邪锁定滩涂位，铁三角决即刻出发，沿途却遭到了吴二白的阻拦，吴邪与吴二白谈判后，接受了与吴二白合作的条件。
刘丧安排吴邪、胖子工作，几人相处很不愉快。根据黑眼镜提供的信息，吴二白说出青铜耳朵是定位地下河的，推测焦老板很有可能在找南海落云国，让黑眼镜找出地下河的确切位置。滩涂塌方，铁三角和刘丧四人陷入其中，意外进入南海王地宫。吴邪遭到大批海蟑螂攻击，直到吴邪逃到一尊雷公像面前，海蟑螂突然退去。
吴邪和胖子逃窜，最终，胖子被纸人士兵的铁戟刺穿了胸口，幸而张起灵及时赶来，救下吴邪，但面对胖子的死，吴邪崩溃。吴邪还未从胖子的死亡中恢复过来，纸人士兵又杀死了张起灵。吴邪沉浸在痛苦之中，突然发现这一切都是幻觉。吴邪从幻觉中清醒过来。此时，胖子如之前幻觉中一模一样的出现，偷藏小雷公像，打马虎眼。就在胖子想要触碰雷公像的时候，被吴邪制止。
就在吴邪和胖子疑惑时，陪葬坑底的尸体突然动了，开始攻击他们。吴邪和胖子制服尸体，发现尸体之所以会动，是因为他体内有一种贝类寄生物（人手贝）。地宫另一边，刘丧为了不让张起灵和吴邪汇合，有意隐瞒了吴邪所在位置。刘丧想帮张起灵找到吴邪，却意外导致吴邪和胖子被地宫中的人手贝抓走。吴邪和胖子被抓到了人手贝的巢穴。张起灵及时赶到，救下两人。但吴邪和胖子中了人手贝的毒素，开始精神亢奋，缅怀过去。吴邪等人在地宫中一直绕圈，为了找到出路，吴邪提议走一条被废弃的甬道。
哑巴村的大当家带着村民和武器，强行夺走了哑女的DV。黑眼镜认为哑女一定是拍到了哑巴村不愿外人知道的秘密。并在之前自己从哑女DV里夺走的内存卡中，知道了哑巴村确实有一条地下河。吴邪等人走到甬道尽头，看到一个刻着“以此往前百多米，入者无返，永不见天日”字样的石碑，旁边是一个半人高的孔洞连接一条极长的甬道。三人决定爬入甬道，发现甬道内标有从引七到引一的刻度。三人在引一处发现了一个犀角蜡烛，点燃后，发现了一道原本看不见的门。但同时，胖子身后出现了大量的皮俑，皮俑攻击三人。
铁三角默契配合，成功躲避皮俑追击，跳下井逃走。哑巴村那边，黑眼镜想到对付瞎老头的计策，设计偷走了阿婆身上特有气味的香料，再教导哑女假扮阿婆，涂抹阿婆身上的味道，企图骗过瞎老头，混进地下河。铁三角逃进地宫排水系统，遇到许多陪葬的皮俑在此休眠，吴邪研究推断，皮俑体内寄生了人手贝，人手贝控制着皮俑行动，让它们看起来像活了一样。而这种人手贝对雷声敏感，一听到雷声就会进行攻击，所以他们在密室听雷后，才会遭到皮俑的二次进攻。
胖子在甲板下面找到了一箱隐藏的磁带。哑巴村破庙处，假扮阿婆的哑女被看门老头识破身份，哑女等人遭到全村人抓捕，他们逃跑。黑眼镜却要留下来，他带走了阿婆，想继续完成吴二白交给他找地下河入口的任务，同时帮哑女拿回地下河的DV。哑女担心黑眼镜的安危，决定回去帮忙，两人汇合。在阿婆的帮助下，黑眼镜和哑女成功进入地下河，找到了DV。出来时，却得知哑女哥哥被哑巴村大当家抓到的消息。
危急时刻，张起灵带着刘丧及时赶回来，救下二人。与此同时，整个地宫的人手贝受到雷声影响，全部苏醒，开始控制皮俑攻击铁三角和刘丧。众人一边抵御攻击，一边寻找出路。吴二白在滩涂上发现异状，局部爆破滩涂，众人逃脱。但吴邪为救刘丧，再次跌回地宫，吴邪利用地宫内封存的沼气，带着女皮俑逃了出来。吴邪发现传说中的“诶告供注”指的就是女皮俑，也就是哑巴公主的意思。
黑眼镜等人听完阿婆述说的故事，为之动容。南海王地宫外，吴邪等人和二叔庆祝劫后余生。酒过三巡，吴邪趁机问吴二白，当年吴三省在南海王地宫下的详细经历。吴二白由此展开回忆。多年前，吴三省和女友陈文锦前往南海王地宫考察，而领队正是吴二白的心上人齐晋，但齐晋喜欢的人，却是吴三省。考古队来到南海王地宫的大门前，遭到成群的海蟑螂攻击。慌乱中，沼气突然爆炸了，震开了大门，考古队躲进地宫里，坍塌的泥土封死了地宫入口，众人被困。
众人在地宫中受到人手贝攻击。吴三省为保护陈文锦力挽狂澜，最终，带着众人逃脱。谁也不知道母雪海又是怎么回到地宫里去的，母学海在那儿不停地拼壁画，陷入癫狂。最终还拼出了一副地图，就是雷城。经历这次考古，齐晋看透吴三省心中只有陈文锦，伤心欲绝，选择和吴二白在一起。吴邪疑惑雷城究竟是个什么地方，和听雷有什么关系？杨大广死了，母雪海疯了，那三叔和这一切又有什么关联呢？吴邪和吴二白决定去雷城一探究竟。
吴二白一行人在哑巴村修整。哑女哥哥准备带哑女离开，哑女舍不得黑眼镜，向黑眼镜表白，还坚持要和黑眼镜一起进入地下河。吴二白等人汇总信息，吴二白说传说南海王意外得到得到一个天外来物——听雷神器，海南王还利用神器收敛大量财宝。吴二白分析判断哑巴村民口中的仙境雷城就是可以驱动神器的地方，也是吴三省进入后再也没有出现的地方。吴二白一行决定进入地下河，寻找雷城，从而找到吴三省。吴二白不想让吴邪再涉险，于是让刘丧把吴邪和胖子送到安全地带。
吴邪、胖子和刘丧遭遇江子算追击坠入山崖。哑巴村地下河内，吴二白等人找到一处机关，使用青铜耳朵，看到了水中的雷城地图。这时，焦老板带人包围吴二白等人，把他们全部抓捕。焦老板与吴二白对话，想套出地下河深处雷城的方向，吴二白不肯说，二人陷入僵持。另一边，吴邪、胖子和刘丧遭遇追击并坠入山崖，被当做劳工带到一家黑采石场。
吴邪反制江子算，挟持金九爷离开营地，并向金九爷借用人马。焦老板为去雷城敛财，控制黑眼镜等人要挟吴二白画出雷城方向，吴二白回旋之际拔出了保镖的手枪反制了焦老板。两方发生了激烈的交战，难分胜负之际，吴邪带着金九爷的人杀到。焦老板的雇佣兵被打得节节败退。此时天色突变，雷声响起，焦老板好似疯了一般逃进了山林之中。张起灵欲乘胜追击，不想吴邪忽然发病倒地。
坎肩发现女皮俑突然出现在吴邪的屋子里，众人发现原来是皮俑会动是因为体内寄生的人手贝在作祟。吴邪发现皮俑头部内有一个铁坠装置，还没等解密，就被吴二白打住，吴二白担心吴邪身体状况，认为吴邪神思恍惚，让吴邪快点回吴洲休息。吴二白将地下河里的所有遗迹，以及女皮俑全部封存并委托十一仓运送回国内，之后移送文物保护局。
解雨臣将哑女带回别墅，阿透用古法金针治疗哑女声带，众人都在等待。十一仓运输员李加乐前来拉货，吴邪远远的跟着，最后跳上车，将李加乐打晕，自己假扮成运输员进入十一仓。车辆进入十一仓前需要接受检查，吴邪强装镇定，接受检查，却被后台监控室的“高层”发现端倪，“高层”故意放吴邪进入十一仓。吴邪在熏蒸区卸货，差点被熏蒸蒸熟，最后从通风管道逃了出来。
吴邪在白昊天的帮助下，顺利找到女皮俑离开十一仓。胖子也被二叔弄出来了。吴邪在研究女皮俑时，发现女皮俑脑子里的铁坠已经被吴二白拆走了。此时，贰京奉吴二白命令赶来，收回了吴山居。吴邪和胖子被赶出门，蜗居在一个破房子里。这天吴邪在医院看病时，胖子偶遇了他学生时代暗恋的女神飘飘，飘飘的女儿小梅患有罕见重病。
吴邪想要离开十一仓，却收到王俊义发来吴三省在十一仓的视频，为了得到更多关于三叔和听雷事件的信息，吴邪打算留下来一探究竟。哑女在阿透的治疗下，终于可以说话。她给黑眼镜发了感谢短信。黑眼镜此时正跟着吴二白等人慢慢进入地下河中，他并未回信。吴邪在十一仓的职位是L1，盲跑助理。王俊义给吴邪发信息，只要他升职L4级，就会收到第二段关于吴三省的视频。吴邪电话胖子告知自己的近况。
胖子对飘飘关怀备至。另一边，白昊天带吴邪来到仓库，里面放着最有名的“五大诡货”之一的魂瓶。魂瓶非常离奇，能聚水，所有触碰过魂瓶的仓员，都陆续出事了。吴邪决定调查魂瓶，发现其中一个受害者杜鸣夏的弟弟杜鸣秋也在十一仓工作，但他什么也不肯告诉吴邪。可吴邪仍然发现了杜鸣秋的柜子里有张飞机的照片，正是酒窖区的飞机，从而推断出酒窖区飞机与魂瓶必有关联。
吴邪破解了魂瓶聚水的原因，是因为魂瓶内部有活物，产生温差，形成水汽，也就是说魂瓶滴水的时候就表示里面有活物，就是凶手。但魂瓶太小，根本装不下一个成年人。白昊天忽然想到十一仓里有一个仓库名叫子仓，以前子仓里有小孩子，但是子仓已经被封了，十一仓现在并无小孩。吴邪找丁主管询问子仓资料的事，丁主管却说是资料库意外着火，子仓只是被销毁资料的仓库之一。
白昊天不想吴邪再折腾自己身体，于是自己利用液化氮进入子仓，白昊天发现子仓中竟然有一具成年人的尸体，吴邪推测这个人一直呆在子仓中，命令历届仓管为他做事。吴邪意识到危险让白昊天就在这时，白昊天遭受了小个子仓管的袭击。子仓外，杜鸣秋打算炸毁子仓。吴邪及时赶到，救下白昊天和小个子仓管，并制服了杜鸣秋。吴邪已经猜测到了之前是杜鸣秋杀死了哥哥，就是为了躲避子仓仓管的追杀。
飘飘女儿病情加重，急需医药费，胖子希望吴邪能伸手相助。吴邪让胖子想办法卖货，并把自己的工资都给了胖子。深夜，吴邪认为胖子有了情感寄托，应该稳定下来，自己的私事不能再麻烦胖子了。明着不行，暗着来。胖子张贴招聘广告，打算雇人替自己卖货。飘飘看到了招聘广告，因为提成很高，她短信联系胖子应聘。胖子不知道应聘者是飘飘，两人短信沟通，飘飘成功完成了第一单货物。
十一仓只有当了三年仓管的人才能参加二层考试，吴邪本没有考试资格，但丁主管以“考试失败则离开十一仓”为条件，将吴邪加入了考试名单中。丁主管认为，在这么短的时间内，吴邪不可能掌握考试规则。商人老六索要赔偿。飘飘没钱，提出拿一个价值相当的物件赔偿，所幸有胖子帮忙，飘飘拿到了一座价值不菲的座钟。但内部有些故障，飘飘用家中祖传的技艺，修复座钟，老六满意离开。
二层考试开始，贾咳子用听力定位，告知李加乐吴邪的位置。李加乐率人攻击吴邪，吴邪用声音干扰贾咳子，躲开了李加乐的攻击，并用口香糖黏住启明星，所有人失去了关键参照物，无法定位货物，考场一片混乱。这时，突然有人出现袭击吴邪。吴邪躲开，继续考试，他将启明星用另外一个星标代替，并在心中换算坐标，找到了不少货物。考试结束，吴邪取得了第三名，按规定可成为二层仓管。但所有人认为吴邪作弊，不满结果，吴邪也主动要求重赛。
吴邪在考试时放出这些萤火虫，扰乱坐标。期间那人再次袭击吴邪，被吴邪制服，是凌南。原来是有人指使凌南这么做，为的是保护十一仓的货物。幕后指使以为吴邪是陆晨的同伙，也要做对十一仓不利的事情，所以才找了凌南攻击吴邪。分析已有线索，依然指向二层。所以，吴邪想尽快下二层，找到这个人。
吴邪和白昊天潜入水底，看到一系列水下奇观，并意外发现水中人俑身上很多配饰都不见了。两人判断灨阳仓底下丢失的东西都和陆晨事件有关，是陆晨偷运货物出去的，那个当年把陆晨搞疯的人，就是为了保护十一仓货物，阻止外流。吴邪认为白昊天早就知道陆晨盗取十一仓货物的事情，指出她就是猎头王俊义本人，引导自己一步步进入局。白昊天否认，表白吴邪，并说自己会证明给吴邪看。吴邪烦闷找胖子诉说，胖子边给为飘飘准备爱心餐食，边开导吴邪。
丁主管为了听说胖子在帮吴邪，找上薛五要阻挠胖子，他们决定从飘飘下手。飘飘只身一人找到老六的上家薛五要买货，被薛五怀疑她背后有供货人，有可能是吴邪或者胖子。薛五用小梅的治疗费做条件，让飘飘供出背后的供货人是谁。危急时刻，胖子出手，小梅将薛五引到了一个地下室，让他以为这是飘飘无意间发现的。薛五假装打消了疑虑，反邀飘飘为自己工作。
在海女的协助下，丁主管以为被人盯上了，也中了毒，丁主管让吴邪找出那个害自己的人，作为条件他放了白昊天。吴邪得到白昊天留给自己的信息：第四个诡货在外仓，是扳倒丁主管的关键。飘飘前夫听说女儿治病花了一大笔钱，认定飘飘赚了大钱，于是又找上门来闹事，被胖子打跑，飘飘心怀感激。
胖子发现飘飘居然在帮薛五打工。飘飘再次试探胖子是否供货人。吴邪用供货人身份给飘飘发信息，飘飘彻底打消了胖子是供货人的想法。薛五愿意给飘飘提供小梅的医药费，但要求她打探出吴邪胖子来这里的目的，未果。另一边，吴邪见李加乐本性不坏，善意提醒李加乐小心别被丁主管利用。
原来这一切都是丁主管给吴邪设下的陷阱，是他在白昊天的手机里留下的假消息，从而引诱吴邪上钩。丁主管认为吴邪是吴三省安排进十一仓来破坏他的计划，他下令让李加乐把吴邪一众一网打尽。关键时刻，李加乐良心发现，帮助吴邪一众逃出了外仓，并制服了丁主管。
平妖往事
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十一仓内，吴邪和白昊天决定穿过灨阳仓进入死当区。为了货物安全灨阳仓设有机关，只要一移动排水口上方的货物，水中就会通电。在寻找解开机关的方法时，白昊天被微电流击中，吴邪救下白昊天。经过波折，二人到达了死当区入口。吴邪劝白昊天返回，白昊天执意追随吴邪继续前进。两人下入死当区，被蛊虫攻击，陷入幻觉。吴邪仿佛看到三叔吴三省，但他发现破绽及时清醒，并用火烧，救下了被头发怪缠住的小白。
白昊天循着声音来到最后一节车厢，她尝试解开门锁进入，却空无一物。突然，似乎有黑影向她袭击过来。危急关头，吴邪和一个叫宽叔的人出现，救下白昊天。宽叔将吴邪和白昊天带进死当区隐世的地方，并告诉他们袭击的黑影是一种虫雾。吴邪向宽叔打听到了吴三省曾经下过死当区。吴邪二人决定继续深入。两人遭遇了更大规模的虫雾袭击。躲避袭击时，二人被一个老头救下，原来他就是引吴邪进十一仓的王俊义。
田有金贿赂当时的主管丁根，打通了一条偷运货物的通道，同时阻止吴三省找人。吴三省找到一台录像机把田有金的事儿都录了下来。与此同时，吴三省找到了那个行为怪异的人，他好像在听雷。吴三省利用田有金的通道带着那个人逃出十一仓，去救陈文锦。但那个人的行为潜移默化地影响了吴三省。吴三省离开后参与了南海王地宫的考古并发现了雷城地图。最终，假气象队的人胁迫母雪海和杨大广，让吴三省带路去了雷城。
胖子建议组装一下试试听雷，雷阵雨来了，装置被雷击中，吴邪受伤，三人发现地面上出现了一幅地图。他将地图拍下来发给吴二白，此时吴二白已经带着黑眼镜、张起灵他们走到了地下河的吼泉。双方视频，吴二白这边突发海水倒灌，众人被困，通讯信号也断了。另一边，哑女被焦老板的人抓走。吴邪陷入焦急，等信号再次连接，坎肩告知吴邪伤亡惨重。吴邪不愿相信，通过敲敲话试着跟张起灵联系，张起灵果然没死，回应吴邪说吴二白的队伍里有奸细。
胖子和王盟说服红顶水仙帮忙，吴邪因为担心二叔和小哥，急火攻心住院输液，胖子和吴邪商量如何凑钱给红顶水仙。哑女被焦老板逼问黑眼镜和地图的下落，哑女并不知道，焦老板威胁，不说就杀了她。白昊天按照吴邪嘱咐盘好了店铺，起名叫昊山居，胖子带白昊天去古董行看看，他买到了一真一假两个古董瓶，还教白昊天如何分辨真假，并让白昊天发群出售。胖子接到飘飘出事的消息着急赶了过去，胖子离开后，薛五手下老六装成买家上门，用改装过的放大镜骗白昊天，从她手里买下了那只假的古董瓶。
焦老板逼迫哑女给黑眼镜发视频，哑女拒绝。焦老板折磨Tony强，哑女妥协录了视频，但黑眼镜受困于吼泉并没有回应。薛五女儿出嫁，婚礼现场，吴邪胖子二人不请自来，薛五在包厢里单独约见吴邪。吴邪摆出薛五往事，并问他借三十万，薛五找了三十万的硬币撒在地上当众侮辱吴邪，还逼着吴邪当众一枚一枚地捡起来。吴邪拿了钱，让白昊天把钱打给红顶水仙。
黑眼镜和张起灵被困在吼泉的空腔里，没有看到哑女的求救视频。焦老板没有得到黑眼镜的回复，觉得哑女没有价值了，开枪杀了哑女。哑女临死前说出了“我爱你”。吴邪借力打力，声称要拍卖《盗墓笔记》，并特意通知了薛五的对头。薛五对《盗墓笔记》势在必得，吴邪催胖子让阿透尽快把仿造本搞定。拍卖会当天，包括刘馆长在内的几个古董行老板来找薛五。薛五摆龙门阵，把这些人留在了自己的店铺里。
薛五找了一个过目不忘的小女孩看《盗墓笔记》的上半部分。之前斗狠话的时候薛五提到过飘飘，吴邪趁机向薛五打听飘飘的状况，得知了飘飘的死讯。薛五让小女孩儿默写出《盗墓笔记》上的内容后发现上了当，此时税务局上门调查，知道飘飘已死的胖子也冲过来和薛五打在一起。薛五因为偷漏税被税务部门正式调查，吴邪将盗墓笔记的复印本给刘馆长，要他举报薛五，这样牵扯出了他一系列偷税漏税的事情。
吴邪等人乔装打扮跟着境外旅游团进入天麟楼，吴邪发现焦老板也来到了这里，胖子还发现了红顶水仙诈死。他们怕打草惊蛇，没有声张。白昊天和胖子去前台办理入住，通过服务员了解到三楼空着但是被人定下了，楼梯也被封住了。吴邪在一楼发现了张起灵留给他的记号，提示他315房间是关键。胖子试图进入三楼，遇到了江子算。江子算告诉胖子三楼闹鬼。胖子和江子算攀谈，想探探底，被吴邪告诫后，想法脱身。
吴邪发现天麟楼里有青铜片，在风的吹动下会产生共振，让人陷入幻觉，将其摘下幻觉就会解除，众人清醒过来。吴邪分析，三楼就是吴二白虚晃一招，吸引人来查，其实什么也没有。江子算偷袭吴邪，原来他是阿宁的弟弟，当年吴邪亲眼见到阿宁在河边被蛇给绞死。当江子算刺向吴邪那一刻，他被青铜片影响产生幻觉，放走了吴邪。焦老板找到了青铜片冶炼室，从里面带回了大量的青铜片。天上突然打雷，引起了天麟楼里所有的青铜片的共振，天麟楼剧烈震动。
吴邪乔装成江子算，进入江子算的房间，果然发现墙里的入口，通过这里可到达雷城。这时，三叶来找江子算。吴邪措手不及，只能强硬拒绝三叶，三叶愤而报复。江子算醒来，发现被绑，白昊天在看管自己。江子算推测出吴邪在自己的房间，并看出白昊天喜欢吴邪，故意说出阿宁因吴邪而死的故事，想击垮白昊天的内心，趁机逃走。但白昊天比江子算想象中坚强，在胖子等人的配合下，再次制服了江子算。
焦老板告诉吴二白，自己就是田有金。认为当年吴三省利用他运输死当区货物的通道，带着那个听雷的人，离开了十一仓。他认为这是一种抛弃，怀恨在心。他此行的目的就是要找到雷城找到财富。此时，吴二白的人不敌汪家人，反被控制。吴二白要吴邪先行进吼泉去找张起灵。自己留下来，利用焦老板找到奸细。汪家人带吴二白手下进入吼泉，此时吴二白已经乔装成焦老板，“焦老板”想要查奸细，他将所有人都假意打死。
焦老板的队伍在穿过一处裂缝的时候，被一种蚌类攻击，仓皇逃走。白昊天三人与吴邪汇合，他们找到了张起灵留下的一处记号，又听到通道里传来惨叫声，他们顺着记号也来到裂缝。李加乐也遭到了那种蚌类的袭击，吴邪用火帮他烫掉蚌壳。他们跟着焦老板的足迹向前，找到了一个戏台。吴邪发现戏台上布满丝线，牵动着舞线俑。
焦老板等人发现了一个布满毒气弹的通道，于是让汪家人把武器全部拿走，并且改装成陷阱对付后面的人。同时，焦老板让红顶水仙下水探路。江子算继续和吴邪搏斗，两人的血吸引了大量蚌类攻击，吴邪点燃衣服驱赶，救下重伤的江子算。江子算并不领情，反而攻击吴邪，吴邪被赶来的白昊天等人救下。焦老板一行人准备下水，三叶担心炸弹会误伤江子算，暗中留下了口红记号。
霍道夫为吴邪实施急救，吴邪恍惚中梦到了阿宁和潘子，醒来后，霍道夫告诉吴邪，他的时间不多了。吴邪和吴二白告别，让贰京带二叔回吴洲。回到房间的吴邪，感慨了过往，贰京来找吴邪，故意告诉吴邪还有一条跳伞进入雷城的路线，但是极其危险。吴邪决定走这条路，他给胖子等留信儿独自离开，但众人决定一起去追吴邪。胖子等人在悬崖边追上了吴邪，吴邪很感动，劝说无果，终于同意大家一起行动。
刘丧感觉到中毒的怪物害怕下雨，于是众人趁下雨出去找出路，刘丧根据回声画出了地图。他们决定在下一场雷雨时出发。毒雾森林的危险让吴邪更加坚定了前往雷城的决心，胖子、张起灵默契地跟上。吴邪留下告别信，委托黑眼镜将白昊天一行安全带回。黑眼镜带队撤离，被追踪而来的焦老板发现，黑眼镜设计将焦老板队伍引入一条密道，打斗中，黑眼镜听见哑女的蝙蝠哨声音，吹哨的是焦老板，黑眼镜一行都被制服。
胖子和吴邪在塔林里休息，推测此处就是雷城外围。天上打雷，塔林内震耳欲聋，张起灵砍向雕像，露出了里面传导声音的青铜柱。突然电闪雷鸣，吴邪看到幻象，吴邪分析这个地方空气中含磷磁粉的浓度高，才看到了墙壁上的磁粉现象，他猜出进入雷城内城的方法是要从地面的流杯渠潜下去。地面上，刘丧听到了吴邪三人的动静，却谎称听不清前行的方向，焦老板命众人原地扎营，黑眼镜被锁住。
一行人顺着水下通道浮出，到达了雷城内城的边缘。在水边扎营休整，黑眼镜因想念哑女难过，吴邪安慰他。嬉闹中，刘丧发现水中有尸体。顺着线索，吴邪等人找到了一个山洞以及三叔的笔记本。吴邪翻阅笔记，笔记记录了吴三省曾经冒险时的种种心境以及被假气象队胁迫的真相，吴邪读来深受触动。白昊天被噩梦惊醒，发现刘丧在梦游，她一路跟随，看见刘丧做了一系列奇怪的动作，差点从悬崖上摔下去。
黑眼镜用铁签扎入刘丧耳孔将角蝉取了出来，刚脱离危险的刘丧冒险以失聪为代价，听出了通道内的结构，画出了路线图，白昊天留下照顾刘丧。吴邪、黑眼镜等人根据路线图找到了听雷室，发现了室内的莲花青铜柱和许多磁带，每盘磁带上都有不同的编码。吴邪根据三叔所教的解密方法解出这些磁带编码写的是每盘磁带不同的用途，吴邪选择了一盘“见到想见的人”的磁带进行播放，用敲击青铜柱的方法尝试着解密。
打斗中，在雷声的驱动下，莲花神器打开，吴邪不慎跌入金水棺材，却意外治好了他的病。焦老板挟持所有人，逼吴邪说出这里的秘密。吴邪告诉焦老板，雷城里没有他想要的答案，这里没有南海王的财宝。但焦老板不信，他自己躺进金水棺材，却无任何感应，他不相信自己追逐一生的财富却是虚无，神器也并不能让人为所欲为。。与此同时，白昊天发现有另外一队人进入雷城意图摧毁雷城。
焦老板趁乱逃跑。黑眼镜追上焦老板，想为哑女报仇，焦老板假意求饶，但最后却被雷给劈死了。吴邪、胖子、张起灵、黑眼镜被困住，同时，毒雾森林的毒气反流入雷城内。危机时刻，吴邪发现青铜柱与塔林相连。众人爬上青铜柱逃生。在刘丧和白昊天的帮助下，众人逃出雷城。此时李加乐也走了出来，众人经历一切后感悟很深，黑眼镜扔了哑女的蝙蝠哨。雷城的传说彻底击穿。
白昊天前来核实货物情况，从水下拉上来一副青铜棺材，但水下传来怪声。吴山居重新开业，却无人到场，放烟花被罚款。贰京带吴二白前来道贺，并请众人吃饭。但吴邪回到吴山居，却发现向阳失去知觉倒在地上，身边还放着一箱青铜残片。吴邪让胖子检查青铜残片。胖子去找霍道夫、金万堂一起看青铜碎片，发现碎片上有纹路。按照这些纹路，他们将碎片拼成了一柄铜斧。
众人进入灨阳仓，海女正在举行仪式并开棺，棺材内的沼气爆炸，棺材里破碎的青铜残片伤及了更多的人。海女排查受伤人员，红顶水仙为了不被送去医院隔离，隐瞒了自己的伤情。混乱中李加乐落水，奄奄一息，被送往医院。吴邪认为有人故意制造闹鬼假象，想要阻止他们下水，于是让白昊天调查货物来源。为混淆视听，红顶水仙灌醉了刘丧，用青铜残片把他也感染了。
红顶水仙选择在众人面前点燃炸药让大家陪他同归于尽。这一炸，让很多人被青铜残片划伤感染。吴邪晕倒被送进医务室，胖子为了救吴邪脑震荡。吴邪清醒后看到趴在病床上的胖子，内心不是滋味。这时从水里捞上来了刘丧的东西，其中有张纸条告诉众人，死当区有一个地方叫重生之地，里面有解药。这一发现证明刘丧还活着，并且在水下找到了存活的空间。一切线索都指向了死当区。
王盟佯装吴邪呆在吴山居，遇见了上门的贰京。贰京发现了假吴邪的端倪但并没有拆穿，反而将计就计。另一边，吴邪等人摸索前行，找到了构造跟赣阳仓一模一样的赣阴仓，发现了江源在投放青铜病毒并在这里制作解药。这时，江源拖着晕了的刘丧返回，众人与江源搏斗，江源放火困住吴邪等人。众人救下刘丧，江源趁机逃脱。吴邪被倒下来的钢罐压住了腿，危急时刻，张起灵出现救下了吴邪。
吴邪三人分析得出这里的水与外界连通，当时在雷城的另一支队伍就是江源背后的势力，有人利用漂流瓶来传递信息指挥江源行动。贰京设局，带着吴二白来到吴山居。吴二白百般暗示王盟，贰京就是奸细。王盟终于醒悟。此时贰京闯入，准备捉住王盟并诬陷他联合胖子等人谋夺吴家家产。王盟仓皇逃脱。贰京带人来到十一仓，趁乱准备"清理门户"，并谎称吴邪早就死了，现在的吴邪是王盟假扮，一切都是奸细针对吴家的阴谋。
贰京带着手下们进入死当区，根据江源留下的记号找莲花神器的簧片，重建宫庙，开启真正的财富。他找到了吴邪，佯装被奸细攻击实则引诱张起灵走入包围圈，以此分开吴邪和张起灵。贰京找不到簧片，意识到可能已经被吴邪藏了起来，吩咐手下不要动手。刘丧听出了贰京心跳不对，对其产生怀疑，但没来得及传递给吴邪就被贰京手下控制了。
吴邪将所有发现串联联想，发现这是行动倒计时，意识到这是胖子给自己留下的线索。他谎称帮贰京看下毒素侵蚀的情况，用手机给贰京的后颈拍照。通过拍照，吴邪其实是观察贰京并且让刘丧探听贰京的心跳反应，但贰京十分平静。这让吴邪和刘丧都感知贰京很有可能就是奸细并且他知道解药所在。刘丧等人接收到信息，准备暗中配合。吴邪带着贰京找到了藏在各处的簧片，吴邪将莲花神器的最后一块簧片背在自己身上。
贰京将自己的故事完全讲述给吴邪，吴邪跟着贰京找到放置解药的墙壁，此时贰京将吴邪撞入流沙地，威胁他交出簧片。胖子等人及时出现，救走吴邪。贰京拿到最后这块簧片，即将启动神器。吴邪发现胖子中了青铜毒，此时张起灵及时出现。吴邪想到办法如何拿到解药，他们轮流潜伏到看守解药的手下附近，制造各种声响消磨他们的精力，在他们都疲惫不堪的时候，吴邪和胖子再次出动打败了看守解药的守卫们，拿到了解药。
白昊天和黑眼镜将解药和消息通知童主管。大量的毒气侵蚀了贰京和他的手下，所有人中毒之后醒来像得了狂犬病一样攻击铁三角。毒气不断扩散，即将吞噬黑眼镜、刘丧和小白，三人躲进火车。危及关头，吴邪播放了另一段特殊频率的雷声， 使得空气中的毒雾被中和。十一仓的危机解除，中毒的人又得到了解药。贰京因为没有得到宝藏，执念太深，发了疯。吴邪让十一仓的人把贰京及手下送去就医。