Cuatro coches arden en el parking del colegio Anne Frank. Es la gota que colma el vaso. La situación es insostenible y Ester, la directora, no puede más. Si persiste, los padres acabarán sacando a sus hijos del centro, lo que supondría el cierre del colegio o, lo que es lo mismo, el fin del legado de la madre de Ester. Desesperada, acude a Hugo en busca de ayuda, un profesor algo particular. Aunque lleva muchos años sin dar clase, acepta con una condición: él pone las normas. Ester pronto descubre que no poner límites a Hugo también tendrá consecuencias.
Lo primero que tiene que hacer Hugo para curar al colegio Anne Frank es identificar la enfermedad: un grupo de nueve alumnos a los que considera los responsables de todos los males del centro. Para poder trabajar con ellos y poder aplicar su método, Hugo necesita primero convencer a los padres de los chicos y chicas para que le firmen la autorización y acepten someter a sus hijos a esa dinámica tan excepcional. El problema es que Hugo tiene un gran manejo de la palabra, pero también de la provocación. Tras una primera reunión, los padres de tres de los chicos (Lena, Gus y Darío), rehúsan dar su consentimiento. Sin ellos, el método HIT no sirve de nada: la infección no remitirá y se extenderá.
Lo primero para tratar una enfermedad es hacer un buen diagnóstico. Por eso, la primera clase de Hit consiste en encerrar a los chicos en el gimnasio y que estos empiecen a aceptarse, a conocerse. A asumir que son personas cuyos actos tienen consecuencias. Para ello, Hugo les hace enfrentarse consigo mismos. Les obliga a explorarse, a encontrar lo que les defina y ponerle nombre. Tanto a su parte positiva como a la negativa. Cuando Hugo les obliga a mirarse hacia dentro, muchos ven cosas que no quieren ver, como Marga, que en medio de la clase, estalla. Ese día coincide con el aniversario de la muerte de su hermano Santi.
El vertedero es el lugar donde trabaja Nassir, el padre de Nourdin, con quien no acaba de tener una buena relación. Nassir quiere que su hijo trabaje en el vertedero, junto a él, algo que a Nourdin no acaba de gustarle. Al contrario: le parece un trabajo despreciable. Pero para no acabar como su padre, Nourdin debería ponerse a estudiar, no centrarse tanto en sus músculos y un poco más en su cerebro, algo que le resulta casi imposible. En el fondo de su cabeza hay algo que hace mucho ruido y le impide pensar con claridad. Algo que vivió en un campamento, cuando tan solo era un niño.
El curso avanza y los chicos parece que también. El problema es que la exigencia es tan alta, que también crece el cansancio y la frustración de Hugo, que día a día tiene que lidiar con la desconfianza de algunos de los profesores; la tibieza en el apoyo de Ester y la queja de algunos de los padres. En concreto, los padres de Silvia, quienes han denunciado a Hugo ante la Consejería de Educación al descubrir a su pequeña automutilándose. Pese a las amenazas, Hugo está estrechando lazos con los alumnos y quiere entrar en sus espacios de intimidad. Y no hay nada más íntimo que el sexo. Cuando los chicos están abriéndose y sincerándose, Mari Cruz, la consejera, irrumpe en el colegio y suspende temporalmente las clases de Hugo. Hugo no entiende la actitud temerosa de Ester y se revuelve: ante el riesgo de que la consejera clausure el método, Hit decide dar una última clase especial, con unos invitados muy especiales.
Hugo ha abandonado el colegio tras el incidente con la Consejería. Aunque cree haberlo hecho motivado por la dignidad, es en realidad el enorme miedo que tiene al fracaso lo que le hace tomar la vía fácil y salir huyendo. El problema es que esa huida tiene el peor de los destinos: el alcohol. Después de 18 meses sin beber, Hugo recae. En su caída a los infiernos, Hugo se hace una inesperada compañera de viaje, Érika, a quien también se le ha ido la mano con el consumo de drogas. Durante esa noche, ambos se acompañarán y Hugo se dará cuenta de que ahora no puede abandonar a los chicos. Toda esa ira que siente contra la Consejería o contra el propio Sistema, no son motivo para dejar al grupo tirado de un día para otro. Hugo acaba volviendo al colegio para continuar aplicando su método.
Llega el momento de enfrentarse a miedos y frustraciones. Para ello, Hugo organiza una escape room en uno de los dos pabellones del centro. Encierra dentro a los chicos y les obliga a trabajar en equipo para poder escapar antes de que el tiempo se acabe. El juego sacará a la luz más de un problema entre ellos.
Los chicos tendrán que revisar sus heridas del pasado. El pasado condiciona. Es una mochila con la que cargamos durante toda la vida. Hasta el punto de que si pesa mucho, nos puede llegar a deformar. Hugo pide a los chicos que lleven a clase un objeto que cuente algo sobre su familia. Así lo hacen todos y cada objeto es más peculiar que el anterior, pero Andrés se lleva la palma. Todos se quedan asombrados cuando Andrés les enseña el objeto que ha elegido para contar su historia: la pistola de balines, que está guardando a su padre, Cristóbal, hasta que este salga de la cárcel. Una pistola no es un objeto para llevar a un colegio. Hugo, que se queda helado al volver a ver un arma dentro de un centro escolar, le requisa a Andrés la pistola. El chico tiene tan idealizado a su padre, que hace lo posible por recuperar el arma, hasta el punto que se enfrenta a Hugo, quien en plena discusión acaba haciendo ver a Andrés cómo es de verdad la relación entre Cristóbal y él.
Termina el curso. Para el último día de clase, Hugo quiere que los chicos hagan un espectáculo de basket dance, algo que les reunirá a todos por última vez. Es el momento de recoger los frutos, ver si los problemas se han solucionado y mirar de frente al futuro. Lena, Andrés, Darío, Erika, Gus, Jaco, Marga, Nourdin y Silvia viven un emocionante encuentro final. Es la última clase. La última vez que están con Hugo y la última vez que los nueve hacen algo juntos. Después del espectáculo, los chicos reciben las notas y con ellas, la decisión de qué harán con el resto de su vida. ¿Habrá conseguido Hugo salvar al colegio Anne Frank de la infección?