一九二七年四月十五日，上海街头，车水马龙。 屋塔上一名身负炸弹的红衣少女静静旋转。她神色冷峻地望着街头缓缓驶来的轿车。她知道，里面坐着的便是大名鼎鼎的右派势力屠系掌门——屠先生。突然她将手中炸弹投向渐渐驶近的轿车，随着爆炸声撕裂宁静的上海，街头巷尾应和般地窜出各路来人展开一系列刺杀屠先生的行动。
秘会表面的和谐终于分崩离析，天目山与船家的人正式向共党拔枪开火。陈植吩咐邱宗陵发报明码“惊蛰”，邱宗陵却趁陈植转身之后掏出手枪指着他的脑袋，陈植解开外套纽扣露出绑上身上的手雷，说要死一起死。恰在此时，九宫浴血奋战到门口，被邱宗陵眼疾手快地开枪打中腹部，陈植急忙掩护九宫逃上天台。
诸葛骡子说落单的兔子好打，顺便要走了芦焱身上所谓可以选择死法的宝贝。芦焱心痛就这样失去跟了他十三年的东西，更为迷茫不堪的未来和命运苦闷烦愁。卖酒的小老板送了他一大壶水，村民们和孩子们也都为他的离开而依依不舍。芦焱发誓自己一定会再回来。随着一声炮响将一棵树的痴傻胖子洋芋擦擦炸死。
百里大沙锅，黄沙漫天。巴东来花了五块大洋乘坐的马车也遭到时光一行马匪的拦截。搜身之时，巴东来大呼老脸丢尽。时光手摸出一堆银元的触感却未表现出来，巴东来却不识眼色絮絮叨叨地让他弃暗投明去打一棵树。插科打诨半天时光终于失去耐心，巴东来哆哆嗦嗦地坐上马车落荒而逃。他责令门栓要把每一个他放过的重度怀疑对象调查清楚。
芦焱被高泊飞用骡子留在他身上的绳子绑住，正苦于自己难以解开。这时进来一堆便民装扮的日本人，似乎与黄沙会关系匪浅。他们正谈论着高泊飞的不靠谱，发现角落里的芦焱，正准备搜身。巴东来进屋意外给芦焱解了困。日本人出去后，巴东来似是无意将一把小刀放在桌上，口中仍旧是神神叨叨。然而当芦焱叫唤巴督教时，巴东来拿出被骡子抢去的宝贝。
欠记旅店屋外传来马车声，卞融从马车下来上了一辆轿车过关了。芦焱很费解，为何她能如此轻松过关，欠老板告诉他，能这样出去的想必不简单。忙了半天的芦焱来到大厅，军营的士兵冲进来抓住芦焱，巴东来紧跟进来，一块儿把芦焱押回军营。在军营里，连长讯问下，马上就要转移出去的芦焱又失败了。
时光走后，门栓在镇里打了一发信号枪。听到信号后，高泊飞立即召人备战。门栓带领镇里天外山的十几号弟兄，进驻了欠记酒家。黄沙会那边，高泊飞派两个手下去欠记探风声。手下报告高泊飞，天外山的人要开战了。惊慌失措的高泊飞带着手下对欠记一顿狂轰乱炸。随后门栓带领手下开始反击，把高泊飞他们打回了饭店里。
巴东来终于回到了睽违已久的黄廓县的家。老半天儿子巴瀚清才来开门，略带不耐烦的神色昭示着这个家并不很欢迎老头子的回归。但他理解儿子儿媳的不孝顺，甚至觉得对不住这个家。自从时光的枪杆子下躲过一劫，芦焱在欠记过上了混吃等死的日子。门栓在时光的指示下让欠记的小老板小欠好生招待芦焱，说芦焱要是瘦了或者跑了就拿他是问。芦焱闲极无聊，想找些事儿做，但统统被小欠老板拦下。
时光特意对门栓说芦焱是假中之假想让他们信以为真的假种子，让门栓开枪打死芦焱。门栓对着芦焱一顿拳打脚踢然后才拿着手枪指着芦焱的脑袋。时光喊停的同时门栓打偏了一枪。门栓知道时光怀疑他是“三号”，经过这次试探和几番言语过招，时光说还是他更可信些。
原来门栓便是当初在欠记店杀死日本人的神枪手”三号“。时光问他为什么要为了个假货提前现身，门栓说因为他与时光的信仰不同，并且从未改变。对峙间，门栓叫芦焱赶紧跑，开枪打伤了时光的腿，而他的腹部也吃了时光一颗子弹。在芦焱的帮助下，时光没能杀死门栓，而门栓也手下留情放过了时光一条命。
门栓将芦焱卖给努桑哈换了一匹逃命的马。天目山的第四组小分队在鬼路追踪到门栓。鬼路是连接大沙锅和黄草甸的咽喉要道，一夫当关万夫莫开。于是门栓将马儿放走，独自潜伏在高处的洞口，将路过的天外山五人一一打伤却不打死。这般精准的枪法使得鸳鸯炮知道是门栓所为。门栓说留着他们的命去打日本人。他一边感激门栓的不杀之恩，一边投射了信号弹。
芦焱与努桑哈行至黄河边，过了河便是日占区。他们目睹了游击队的人纷纷倒在日本人的枪杆子下。努桑哈说，汉族的人就是羊，羊是斗不过日本那群狼的。芦焱爱国心切，斥责努桑哈。努桑哈捡了游击队的枪给芦焱自保，芦焱却把枪支还给了死去的游击队。一穷二白的游击队除了枪什么都没有了。
日本人逼迫着芦焱等人将半坡上的尸体埋了。这个地方相当于一个小型乱葬岗，每天都有源源不断的尸体被抛落在此。树海身害风寒，连站立起来都颇有难度。芦焱担心这样会惹怒嗜血如命的日本人，便扶着他摇摇欲坠的身子，鼓舞他坚持下去，唯有坚持下去才能回到家乡回到大草原。树海勉励支撑着干完“活”，刚回到关押走私犯的破仓库里，就直直地倒了下去。
随着号角响起，蜷缩在小破仓库的犯人们纷纷集合。时光的眼线混在日本人中，因有时光的特别交代他特意点出了小欠三人给日本人，顺带着芦焱。他们被日本人半绑着来到一条交通干道上。游击队在这里埋了许多地雷以阻碍日军物资运输，他们这些人是被当作试验品来踩试地雷的。在他们眼里，中国人的一条命还比不上一根竹竿。
小欠说屠先生对种子虎视眈眈，作为死敌的若水便也产生了兴趣，只是甫一开始情况便失去控制。他们与屠先生之间的内斗就如斗狗，眼睛被蒙上互相厮杀却恍然不知是为了什么。若水对共产党并无敌意，甚至以往若水对共党采取的是亲共政策，也正是因此1927年若水势力被瓦解，屠先生也一直在追杀若水，现在更是步步紧逼。
双车带着蟹黄包来到牢中看望陈植。陈植气定神闲地看着书，倒不似个身陷囹圄任人宰割的模样。他看着双车冷峻严肃的面色，猜出时光将要来上海。双车心下佩服陈植的洞察力，却让他装得惊讶一点，否则上头会怀疑他俩关系匪浅。双车说上海已经没有共产党的人了，今天杀了三个船帮的人还带回了船家香主马斧头。
小欠坚信真种子在芦焱身上，芦焱从未想过自己是那个真种子，他从头到尾不过是一个随时可能用来铺路的假兔子。然而，即便是假的，他也不会将自己交给别人，不给自己留后路，不让共产党赋予他们的使命有任何短板。于是，不管小欠的威逼利诱或者动之以情，他默念着“再见了，几分钟的朋友”，义无反顾地跳下了水流湍急的黄河。
门栓在鬼路日夜坚守已然筋疲力尽，引爆手雷自焚。时光看着坐在椅子上的青山毫无动静，试了试鼻息以为他已断气。结果他又睁开了眼，时光大怒，质问九宫为何不听命给青山找医生医治。九宫说屠先生明令不许给青山医治。青山在死之前一定会做好他该做的事，他若是要死了就会急，一急就会露出破绽，时光默然。
时光命令将九宫拖出去枪毙，在时光的追问下九宫大喊“不对”。时光梦呓般地说“不对，自相残杀不对”。他又命人放了九宫，九宫告诉了他一件事，门栓粮食和水带得不够，引爆手榴弹自尽了，尸骨无存。时光内心波涛汹涌面上却不漏痕迹，他是门栓的唯一的朋友，门栓也是他唯一的朋友。他神情恍惚，将九宫误当作门栓，拿枪指着九宫连声责问。
时光下令发现青山者连升三级官职。九宫提醒根据，屠先生有令升职不得超过两级。时光不降反升，下令发现青山者连升五级。天目山众人群情激昂，各路人马积极探寻青山的踪迹。船家的雕虫小技当然瞒不过聪明绝顶的时光。没多久，天目山便与船家开始交火起来。若水极力怂恿青山跟他联合起来一起对付屠先生。
屠先生发来电报：了却青山，应尽早动手。时光想起阿部堪治给他提出的极大条件，疑虑是否应该留着青山的命。九宫面无表情地说，他这是疑似青山的论调。时光只得接受任务。时光将青山的毒药换成了假毒药，青山对他表示感谢。越靠近上海时光越是心神不宁，青山从门栓那得知时光的身份过往。
时光静静地坐在轿车里。车窗外一如以往的繁华上海从两边飞掠而过，他茫然不知所措一如行尸走肉。回到酒店，他冷静地听九宫报告着青山的尸体去向，询问九宫挂在大堂中央那幅牌匾上的英文是什么意思。九宫解释，那美好的仗已经打完了，该跑的路跑尽了，该守的道守住了。这是耶稣的徒弟保罗说的，后来保罗被钉死在自己送往刑场的十字架上。
天目山的人将青山的房间搜查了个遍，连尸体也被细细解剖。他们从下午四点忙至凌晨七点钟，青山残骸最重的地方只有四百七十一公克了，然而毫无发现。九宫说目标是太重要的人，报文太薄不好看。时光心里抵抗听到这一系列有关青山的残忍消息，拒绝去看他支离破碎的残骸，并让九宫买块墓地给青山备副棺材，以示对屠先生故人的敬意。
张横虎在城隍庙摆了半个月的擂台，毫无败绩。原本他是个没有政治倾向的江湖人，自从把兄弟燕飞熊被时光杀死之后倒向了船帮。张横虎打着爱国的旗号扬名立威，时光最是厌恶这等沽名钓誉之辈。九宫说张横虎提前知会了报社若是他死在枪下那一定是天目山的人干的，为了天目山的名声不能杀他。时光肆意妄为，将枪支都扔给了九宫，徒手与得意叫嚣的张横虎搏斗起来。几番过招之后，张横虎被时光用小刀割裂了脖子。
芦焱正检查着他的宝贝新车，与卞融不期而遇。卞融原来是沪宁商会会长卞子粹的女儿，亦即商会副会长。盛装打扮下的卞融脱胎换骨，不再是一棵树那个感情用事单纯得像一张白纸的驻扎护士了。看到她，芦焱与她怄气装成不认识她。他看到卞融便想起一棵树，想起那些孩子们，不由伤怀。卞融笑话他穿着手工衣服却会宝贝一辆破脚踏车，芦焱也拿洋芋擦擦刺激她。
船帮的两个啰啰绑架了芦焱，两个蒙面人出手做掉了船帮人救出芦焱。他们一声不吭地准备离去时，芦焱突然爆发了，质问他们到底是谁。接连出现的人扰乱他好不容易安分几天的日子。其中一个人摘掉自己的面巾，竟是已经“死去”的门栓！他为芦焱引见了他的同伴——新四军的唯一幸存者岳胜。芦焱激动之余，追问青山的去向。
九宫令手下将欠老板一阵毒打，并以他的家小性命相威胁让欠老板干掉若水。前先便有冯河虎暗中叛变意图瓦解若水势力拿他家小作为要挟，孤立无援的欠老板渐渐丧失了斗志。九宫将他放走，他与人接头后来到若水的秘密所在处。他一边为若水按摩说着话，一边拿着枪不动声色地轻轻放在若水的头上。若水看都不看欠老板，气定神闲地说要么杀敌一个自损一千，要么一枪崩了他。
芦焱看出了小家给的那几张照片的猫腻，虽说各式姿势风格不一，脸确实同一张，就像是拼接上去的。芦之苇欣慰儿子摸滚打爬这十几年没白混，直接道出了真相，小家的妈已经死于日本人的炮火下了。父亲的警醒让芦焱选择瞒着小家，他也怕小家知道真相后会去寻死。芦焱来到门栓所在的棚户区，俩人熬夜合力将种子书写下来了。
门栓从贩夫走卒及其他各种途径寻来了各种东西，有电台，有银元，还有枪支和弹药。芦焱抱着日本人的头盔玩得不亦乐乎。这些东西让他感觉到了兴奋，感觉到了坚持下去的动力。因为，有很多很多的老百姓暗中支持着他们。门栓也十分佩服青山有能耐让那些三教九流十年如一日地信守承诺。时光跟着屠先生来到青山的墓前祭典青山，感怀往事。
卞融在叶尔孤白手里赔得血本无归，为此心烦气燥。她以上级的身份勒令芦焱哄她开心，芦焱越哄她却越生气。卞融拿着抗联大学招生通知当旅游手册，将自己比拟做一个去西北赶时髦的漂亮蠢货。在一棵树被马匪打劫后她抛弃一棵树的人们借道逃回了家，为此她内疚不已，觉得自己亏欠西北良多。她在上海储存了很多药物，但她没有勇气再送回西北。
屠先生安排手下对邱宗陵和陈植严刑拷打。陈植面对受刑并不反抗，他的意志也从无动摇，招供的仍然是维护统一、共同抗日的那番说辞。邱宗陵起初假意经受不住严吏酷刑，招认是若水唆使的阴谋。屠先生心知远不像邱宗陵供出的那么简单，他让九宫加紧拷问。邱宗陵终于撑不住吐露出真正的阴谋，他是日本人，是阿部堪治的王牌间谍，当初上海的惊蛰事件便是他告诉船帮的人种子在陈植手上引起。
芦之苇与卞子粹两个多年老友坐在亭中商量结为亲家之事。芦焱板着张脸毫无喜色，卞子粹视若无睹客套地夸着芦家二少爷人中龙凤前途不可限量。小厮送来预先订好的一束玫瑰，交给了芦焱。芦之苇与卞子粹一起打趣着芦焱的“浪漫”心思，卞融姗姗来迟，礼貌而疏离地介绍自己，却发现藏在玫瑰花后的脸分明是她的旧相识何思齐。她为自己受到的欺骗而愤怒不已，狠打了芦焱一巴掌。
在芦之苇为儿子说媒之时，一场针对若水的刺杀悄然拉开序幕。芦之苇借口如厕，走到丛林里，冲车里的欠老板示意了一下。刚与芦之苇告老还乡的芦天伦被身后的人用细丝活活勒死了。原来芦之苇便是若水，芦天伦便是冯河虎。芦天伦跟了芦之苇那么久只学会了缺德学会了卖主求荣，但没有学会他的智慧。芦天伦的诡计芦之苇一直看在眼里，欠老板不是所谓的炮灰，他才是锄奸队的中坚力量。
芦焱运气不错，一下即套中娃娃。卞融看着芦焱高兴的样子便气不打一处来，说这次不算数，芦焱责怪她出尔反尔但也无奈。依卞融的要求站得稍远些，竟然又套中了最大的那个娃娃。卞融仍然不服气，让他转身背对着娃娃套圈。连中三次让芦焱乐得脸上开花，卞融却大发雷霆。她不稀罕什么项链，她从小要什么有什么。指责芦焱不管是时间还是金钱都吝啬不已。卞融愤然离开，芦焱轻声说着对不起。
卞融径直走向芦焱，亲吻了芦焱一下，轻声说订婚完成了。她也受够了芦焱满是敷衍的逢场作戏，芦焱知道时光的目光正在盯着他，低声对卞融说让她快走。卞融自顾自地宣布订婚仪式已完成，开始舞会。时光已经知道芦焱就是何思齐，门栓几人也蠢蠢欲动。人群散开，芦焱和时光狭路相逢。
时光明白芦之苇父子一直苦苦瞒着小家，直骂阴险。他想起屠先生的话，若水是扮成市侩小人的真小人，让你在对他厌恶之时，把他所有的阴招和损招通通使出来，让人措手不及。时光也意识到芦之苇便是藏匿了几年的若水。小家不听劝告，一意孤行地要自己去南京。她说她会保护好自己，会努力活下去，只有活着才能找到她的妈，时光决定亲自带小家去南京。
芦焱预感到自己未来命运坎坷，夜以继日地回忆自己头脑中的记忆。他体力透支，头脑一片空白。而在大脑空白之时，他反而察觉到了他父亲的不对劲。他向门栓道出心中的疑惑，门栓也开始意识到芦之苇所扮演的角色绝不简单。而另一边因为儿子不愿离开上海自己也不想私自逃离的芦之苇静静地等待着即将临头的大祸。
卞融与芦焱订婚之后，芦焱便消失无踪。卞融全身心都放在了芦焱身上，派人跟踪了芦焱的行迹。她越来越明白芦焱就是个虚伪透顶的人。他有两个名字，也有两张面具。然而哪一张面具都不是真的。她忍不住当面拦住刚谈完生意的芦焱，质问芦焱他到底是什么意思，她甚至怀疑芦焱就是个卖鸦片的。芦焱否认，然后和岳胜带着她来到了棚户区。
时光知道薛小家只是芦之苇给的名字，他问小家最初的名字是什么。小家脸有笑意，说等她妈妈开口叫她就知道她叫什么了。时光认为这的确是个不错的酬劳，而小家比他幸运，至少他连他最初的名字是什么也不知道。芦焱坚持要回家看望他爸，岳胜为了他的安全劝他打个电话回家，芦之苇抽着雪茄静静地看着电话铃响个不断。
时光和小佳逃到一座工厂的废墟内，时光告诉小佳自己确定要跟她回南京，现在要做的就是冲出屠先生的包围圈。屠先生安排好九宫去追杀小佳。当屠先生进入上海之后，芦父告诉手下们一切按计划行事。芦焱不顾岳胜的阻拦，执意要回家看父亲。欠老板在等突击刺杀屠先生的信号。因为狙击失误让时光发现了九宫等人的埋伏。
芦之苇对芦焱坦白，他就是若水，他恨屠先生逼着他为了活着变成反共通日的汉奸。屠先生的人包围了芦之苇整个城堡。芦之苇打开书柜背后的暗门，让芦焱跟他一起逃生，秘道那边有日本人来接应他们。芦焱不愿成为汉奸，芦之苇便独自走了进去并将暗门关上。芦焱走出书房找到岳胜并将财产证明交给了他，就如当初芦淼一般的临终托付，芦焱看见屠先生浩浩荡荡的一群人。
芦焱忽然有了灵感，他提议他假意去刺杀屠先生，如此日本人便不会再动手。门栓不同意，有更重要的事需要他去做。芦焱并不妥协，他生来就从不为自己留退路，他也不会再尖叫，只会去做有用的事。门栓拦不住他，只得持枪偷偷跟在后面随机应变，寻思着到时设法掩护芦焱逃生。芦焱大大方方地站在街头，拦住屠先生的车队。
时光告诉门栓他将芦焱钉进了箱子里，为了给他这条腿报仇。门栓说时光该记恨的不该是芦焱而是他。时光问起了藏在心底多时的疑问，他问门栓只打伤他的腿而不打死他是不是为了让他养好伤去打日本人。门栓和青山一直在帮时光，帮他认清抗战统一的必要性。时光打心底抗拒他的这番大义凛然的陈词滥调。探望了门栓，时光来到关押九宫的刑房。九宫被上了刑，痛得大叫。
若水看出他的司机打算卖主求荣，使了个小计先下手为强将他杀了。自此，若水身边最后一个手下也不在了，真真正正地变成了众叛亲离。他只剩一个儿子了，他决心要救下他的小儿子。芦焱知道屠先生放他走就是为了引若水上钩，救子心切的若水明知山有虎，偏向虎山行。芦焱劝父亲快走，若水说自己有最后的绝招。他大步走出几步，朝屠先生所在的方位跪了下去，重重磕了几个响头。
若水连声催促儿子快走，好好活下去。芦焱正依依不舍地准备离开，天目山的人说屠先生来电：在场职务最高者击杀若水，火速寻找时光。芦焱果断又转了回来，若水劝儿子好好活着，做一个好人。人没了阴谋的时候，才会记得起他最初的理想：少年的中国没有学校。嘭地一声，芦焱眼睁睁地看着自己的父亲倒在双车的枪下，他默默接上父亲没说完的话：他的学校是山川和大地。