The Professor returns and is intent on getting revenge on Netto, Rockman, and Zero. To due this he create Zero One, a Navi that is exactly like Zero. Netto and Rockman have a hard time defeating Zero One, so Gutsman decides to ask Zero for his help.
行方不明だった教授が復活した。熱斗とロックマン、そして自分を裏切ったゼロへ復讐するためだ。教授は新たな部下ゼロワンを従えネット警察のサイバーワールドに攻撃してきた。ゼロと瓜二つの姿に作られたウイルス・ゼロワンはロックマンとのバトルで圧倒的な強さを誇示する。ガッツマンはゼロに、ロックマンを助けて欲しいと懇願するのだが･･･
