La serie empieza con Jon Aristegui, un reputado biólogo en la treintena que vive en París, que recibe una llamada que le informa de un terrible suceso: su padre ha muerto. Entonces, se ve obligado a volver al pueblo en el que nació y que abandonó seis años atrás, para enfrentarse a los fantasmas de su pasado y a un misterio que nunca llegó a resolverse: la desaparición de su novia, Anne. Jon debe hacer frente a la hostilidad de sus vecinos e incluso de su propia familia, quienes le siguen culpando de tan trágico acto.
Jon sale ileso de un accidente de coche: alguien le ha manipulado los frenos. Todas las pruebas apuntan a Eneko, quien es detenido inmediatamente por Susana. Por su parte, Jon intenta ocultar el vídeo que encontró entre las cosas de su padre, en el que se ve cómo amenaza a Anne la noche de su desaparición. Él insiste en que nada recuerda de aquella noche, pero ¿y si él es el culpable del fatal desenlace de su novia?
Jon queda en libertad gracias a la intervención de su hermano Javier. La investigación policial se centra en la persona que distribuyó el vídeo en el que Jon amenazaba a Anne la noche de su desaparición. Por otro lado, descubrimos que la relación de Eneko con su hermana no era tan idílica como todos pensaban. Hace unos años, el hijo de los Otxoa renunció al proyecto de su vida por Anne, y eso es algo que todavía no ha sido capaz de superar...
Jon quiere rehacer su vida y centra sus esfuerzos en reflotar sus laboratorios, pero se encuentra con un gran obstáculo: los fondos marinos de la bahía y la proteína que descubrieron están perdiendo efectividad. Aparte, al intentar recomenzar su vida en el pueblo destapa un gran secreto del pasado de Anne, un secreto que podría explicar el porqué de su desaparición.
Susana advierte a Jon que los astilleros de su familia llevan años realizando actividades ilegales en la bahía. Jon estará convencido de ir contra de su familia y denunciarles por el envenenamiento de la bahía y por ello, Ainhoa e Iñaki estarán muy nerviosos ante los pasos de su hermano. Amaia recurre a todos los medios legales posibles para sacar a su hijo Joseba de la cárcel. Jon desvela a Maite que Anne estaba embarazada en el momento de su desaparición, aunque desconoce la identidad del padre. Pero lo que ninguno de los dos sabe, es que la persona a la que buscan es alguien muy cercano… Maite ayudará a Jon en la búsqueda del posible hombre que podrían identificar como el padre del hijo que esperaba su hermana y Javier recordará su pasado y los problemas a los que se enfrentaba con Anne.
Jon y Maite descartan finalmente a Javier como el padre del hijo de Anne, las fechas no cuadran. Los Arístegui discuten sobre el ultimátum de Jon a sus actividades en los astilleros. También les ha pedido una indemnización. Al problema de los astilleros, Begoña suma un ataque de ansiedad que sufre al recordar la estrecha relación que mantenían su marido y Anne. ¿Habrá tenido la matriarca de los Arístegui algo que ver en la desaparición de la joven? Por otro lado, Amaia está esperanzada, parece que Joseba por fin va a poder salir de la cárcel.
Jon estrecha lazos con Elena. La psicóloga intenta abrirse más a él y le cuenta acerca de la complicada relación que mantiene con su exmarido y sus hijos. Pero, a pesar de su acercamiento, Elena todavía no está completamente segura de la inocencia de Jon…Un periodista, además, se hará con unas imágenes que pondrían demostrar que Jon tuvo motivos para deshacerse de Anne. La sombra de la sospecha gira en torno a Jon más fuerte que nuncaPor otro lado, Joseba sale finalmente de la cárcel. Su regreso al pueblo provoca rechazo entre casi todos los vecinos, especialmente entre los Arístegui. Y en los Arístegui, Javier quiere dar un paso más en su relación con Maite, y propone a su novia irse a vivir juntos.
Suena el móvil de Jon. La llamada es de Anne. Él descuelga extrañado: "Jon, ¿estás ahí?", la voz de Anne resuena en el móvil ante la incredulidad de Jon que comenzará una búsqueda desesperada del rastro de la llamada. Es su voz, pero ¿es ella realmente? ¿Hay alguien detrás de esa llamada? Junto a Maite y Susana, intenta averiguar qué motivos puede tener para llamarle después de tantos años sin tener noticias suyas. Y lo más importante: ¿por qué justo ahora?Por otro lado, Iñaki y Ainhoa parecen haber escarmentado tras las amenazas de Jon y están decididos a hacer las cosas bien. Joseba intenta adaptarse a su nueva vida fuera de prisión, pero su regreso no resulta fácil ni para él ni para su familia.
El descubrimiento del supuesto cuerpo de Anne remueve a todos los habitantes del pueblo. Jon es inmediatamente arrestado como principal sospechoso de asesinato, pero la investigación de Susana apunta a Joseba. No solo el cadáver de Anne aparece en un zulo en los terrenos de los Otxoa, sino que tenía motivos sobrados para querer ver muerta a su hermana... Joseba será el principal sospechoso y se enfrentará a todo aquel que se cruce en su camino pero, una confesión de Julen podrá cambiarlo todo...
Para sorpresa de todos, Anne ha dejado en su testamento un collar a Susana, un collar que esconde un secreto que afecta a los cimientos de la familia Otxoa y que puede ser la clave del asesinato de la muchacha. Mientras, Amaia descubre que los astilleros han estado contaminando el mar durante años y amenaza a Begoña con denunciarles. Por último, Javier se entera de que Maite está embarazada, pero ¿por qué no se lo ha dicho antes?
La presión sobre Susana crece a medida que ambas familias, Arístegui y Otxoa, se acusan entre sí de la muerte de Anne. La ertzaina sabe que no puede dar ningún paso en falso, y menos cuando el asesino de Anne sigue en la calle. Mientras, Ainhoa intenta frenar la incipiente carrera política de Joseba, que podría arrebatarle la alcaldía. ¿Darán su fruto las investigaciones de Susana? ¿Cuál es el precio que la ertzaina está dispuesta a pagar para saber la verdad?
No cabe duda de que Susana murió tras descubrir al asesino de Anne. Pedro facilita a Jon la última prueba que investigó la ertzaina antes de irse del cuartel la noche que murió: una fotografía de la búsqueda de Anne tras su desaparición seis años atrás. ¿Estará el asesino entre las personas de esa foto? Jon toma las riendas de la investigación, encontrará al asesino, cueste lo que cueste.
Elena acude a comisaría para denunciar a Jon, puede demostrar que él es el asesino de Susana. En seguida se emite la orden de detención y Jon se da a la fuga, todo apunta a que efectivamente ha engañado a todos durante todo este tiempo. Sin embargo, una vez más nada es lo que parece ¿estará la policía deteniendo al verdadero culpable?
