L'Amazonie a longtemps été perçue comme une zone inhospitalière, peuplée de tribus indigènes dénuées d'histoire et de culture. Mais la découverte de sites archéologiques en Colombie et au Brésil révélant l'existence de peintures rupestres datant de 12 000 ans a bouleversé ces préjugés. Une poignée de scientifiques se rend au coeur de la forêt amazonienne pour étudier les traces de cette civilisation perdue d'Amazonie. En s'appuyant sur les trouvailles archéologiques exhumées au Chili, ils reconstituent des scènes de vie des premiers Amérindiens, la faune qu'ils rencontraient, les paysages qu'ils fréquentaient. Enfin, ces archéologues et botanistes révèlent ce qui fut une véritable civilisation dotée de grandes villes et de routes jusqu'à l'arrivée des premiers Européens.