ネオ翔龍近郊のバラックで暮らすレオン・ラウは、妹のクロエとともに日々をたくましく過ごしていた。量子リアクター研究者であるレオンは、「翔龍クライシス」によって突如世界に生み出された特異進化生物B.R.A.Iに対抗するべく、独自の研究を続けていた。だが予期せぬ大型B.R.A.Iの襲来が、レオン達の運命を一変させる。
マシンの新たなる力を引き出し、大型B.R.A.Iを圧倒するレオン。ネオ翔龍すら破壊しかねない強大な力は、レオンの研究の成果によるものだという。ハイパードライブ――それは異常な進化を続けるB.R.A.Iに対抗するための最期の切り札。その力を目の当たりにしたケインは、レオンたちにある提案を持ちかける。
ハイパードライブ――それはレオンが生み出したB.R.A.Iに対抗する人類の切り札。大型B.R.A.Iをたった1機で倒した力を目の当たりにした姫は、さっそくシステムの量産化を指示する。だがジェイは、レオンが開発したシステムに懸念を抱いていた。ジェイは厳しい条件を課して、ハイパードライブの導入テストを容認するが……。
数日前に出現した大型B.R.A.Iは、ネオ翔龍に向けて侵攻を開始した。絶対防衛ラインを次々と突破していく強大な力に、総力戦で挑むが為す術もないネオ翔龍軍。いよいよネオ翔龍間近に迫った大型B.R.A.Iに対し、ジェイは超大型量子砲「無極砲」の使用を決断。しかし、レオンはその決定に異を唱え、自らの危険を顧みずMOEVでの出撃を志願する。
ネオ翔龍の大型輸送機が何者かに破壊された。レオンは機体の残骸から、航空機を越える鳥型B.R.A.Iの仕業だと推測。ジェイはその考えを現実的ではないと否定するが、常識を超えるスピードで進化するのがB.R.A.Iだとレオンは説く。その頃、ワン、Mr.ゴールド、ジーク、フォーの4人は、ネオ翔龍への侵攻を開始しようとしていた。
クイニーの仇敵ワンは、飛行型B.R.A.I鳳雛を伴って現れた。これに対抗するため、レオンはハイパードライブによるクイニーの機体の強化を進言する。だがクイニーは、「己の中龍さえ飼い馴らせずにいる」と、この申し出を断るのだった。そのころ鳳雛は傷ついた翼を自ら切り落とし、新たな進化を遂げようとしていた。
ある事件を追って、ネオ翔龍市街へ潜入したパンドーラのメンバーたち。クロエが捜査についてきてしまうというアクシデントはあったものの、個々に捜査を開始する。だが、謎の少女が、彼らの様子を見つめていた。やがてレオンは量子反応を察知して追跡を開始。辿り着いた先に、その少女――フィオナが佇んでいた。
ネオ翔龍で相次ぐ連続狙撃事件。雑踏の中でターゲットだけを正確に撃ち抜くテクニックや、狙撃ポイントが割り出せない点など、凄腕のスナイパーの仕業であることは明らかだった。 単なるテロリストではなく、B.R.A.Iの可能性を感じたジェイは、パンドーラに調査を指示。だがダグだけは、どこか乗り気ではない様子で……。
チーム・パンドーラ発足式典のさなか、姫が凶弾に倒れた。ダグの事件への関与を疑うレオンたちは、その行方を捜索する。一方、ケインはかつて苦汁を飲まされた一発必中の凄腕スナイパー、「虎の目」のことを思い出していた。そして、ダグこそが「虎の目」だと確信するが、ならば姫の暗殺を失敗するはずがない。はたして姫の運命は、そしてダグの真意とは……？
B.R.A.Iによる事件を背後で操っていたのは、Mr.ゴールドだった。かつてネオ翔龍の実力者であった彼の一族は、姫によって不正を暴かれ失脚。それゆえに姫に深い恨みを抱いていた。そして、新たなB.R.A.Iの影がネオ翔龍に迫る。応戦に苦慮するパンドーラたちのなか、重い眼差しで敵を見つめるグレンがいた……。
B.R.A.Iにさらなる進化をもたらすダークドライブ。これほどのシステムを構築できる人物はそうそういないはず。しかしレオンには心当たりがあった。その名はDr.ロン・ウー。量子リアクター開発の責任者にして、レオンが初めて「絶対に勝てない」と感じた天才科学者。だがロンは、翔龍クライシスでこの世を去ったはずだった……。
ネオ翔龍周辺で謎の疫病「赤死病」が発生し、避難民がネオ翔龍へと押し寄せた。市内への病の蔓延を防ぐか、それとも避難民を受け入れるか……。結論の出ないまま、パンドーラは救援活動に奔走する。そのさなか、ケインは避難民に一枚の写真を見せていた。そこに映っていたのは、ケインの別れた妻と息子だった……。
度重なるB.R.A.Iの襲撃で、翔龍リアクターは不安定な状況に陥っていた。不調の原因がリアクター中枢のコアだとするレオンの報告に、姫は表情を曇らせる。覚悟を決めた姫は、レオンをともなって自身の生家へと向かった。姫の家は代々翔龍の地とともに、ある物を守りつづけていた一族。世界さえ創造するという、一族の秘密とは……？
Mr.ゴールドに遠隔操作され、ネオ翔龍を蹂躙するムカデ型B.R.A.I。ただ街を攻撃するだけではなく、周辺に奇怪なオブジェを作り出すという行動も謎を深めていた。姫は無極砲の使用を決断し、レオンたちはB.R.A.Iを射線上へとおびき出すために出撃。そして無極砲がムカデ型B.R.A.Iに狙いをつける。
ムカデ型B.R.A.Iに敗北したレオンたちは、辛くも脱出に成功。MOEVの応急処置のため、以前レオンとクロエが暮らした郊外のバラックへたどり着く。だが、一刻も早く戦線へ復帰しようとするダグ、クイニーに対し、レオンは敗北のショックを引きずっていた。そんな失意のレオンをよみがえらせたのは、かつてクロエと交わした「約束」だった……。
レオン、クイニー、ダグの連携によって、辛くもMr.ゴールドの猛攻を退けたパンドーラ。ネオ翔龍は束の間の平和を取り戻すものの、いまだにレオンだけは帰還せずにいた。そのころ、レオンはわずかな量子反応を追跡し、ゴールド一派のジークと邂逅。ジークはレオンを誘いだすために、意図的に量子反応を発信していた。はたしてジークの真意とは……？
復興が進みつつあるネオ翔龍に、姫の姿はなかった。姫の体調を案じたジェイによって、絶対安静の措置が取られていたのだ。だが指揮を執るはずの姫の不在は、ネオ翔龍市民に不安を与えかねない。ジェイは自ら復旧の指揮を執る一方、クイニーを姫の影武者に仕立て上げることで、問題解決に乗り出す。クイニーは姫に成りきるべく、激しい特訓を重ねるが……。
度重なるB.R.A.Iの襲撃で、ネオ翔龍は極度の食糧不足に陥っていた。備蓄基地にはわずかな食糧が残されていたが、輸送部隊が何者かに襲われてしまう。パンドーラは全機で輸送部隊の護衛に乗り出すが、正体不明の敵が出現。レオンは敵の攻撃パターンを解析中、謎の量子反応をキャッチ。これがジークの誘いだと判断したレオンは、恐るべき処理速度で位置情報を解析する。
ジークとの戦闘で、レオンは重症を負ったかに見えた。だが出血多量にもかかわらず、体に異常は見当たらなかった。レオンは多重次元の自分がダメージを負ってくれたと推測するも、そのまま検査入院となってしまう。入院生活に飽き飽きし、早く退院したいと願うレオンだったが、ある日の検査で不思議な体験をする。そして、異変はダグやクイニーにも生じ始め……。
物資不足が続くネオ翔龍だったが、ようやく他の防衛都市からの補給の目途が立った。パンドーラの面々は安堵するが、ジェイは「再びB.R.A.Iが現れればレオンたちの出撃はやむを得ない」と複雑な表情を浮かべる。ハイパー化を繰り返すことで、レオンたちの体にどんな症状が現れるのか……。そんなジェイの危惧をあざ笑うかのように、突如防衛都市の１つが消失した……。
「教えて、デイジーの花言葉を……」。謎のB.R.A.Iからダグに届いた言葉は、彼のかけがえのない記憶を呼び覚ました。動揺したダグの狙撃は、衛星レーザーの砲身を逸れ、致命傷を与えることができなかった。パンドーラは体制を立て直し、再度反撃の準備を整えるが、ダグの微妙な変化をレオンは感じ取っていた。ダグはエミリアを撫でながら、失った過去に思いを巡らせるが……。
B.R.A.I衛星と、エミリアB.R.A.Iとの戦いの中で、ダグは天に散った。だが悲しみに暮れる間もなく、姫は新たな危機を懸念する。「渾沌」を抑え込んでいたフィオナの気配が、四面山から消失したというのだ。だがフィオナが祀られる四面山は、場所そのものが多重次元。その為、自身が救出に向かうという姫に、レオンとクイニーが協力を申し出る。
大量のB.R.A.Iが、突如としてネオ翔龍に侵攻を開始した。グレン率いる都市防衛軍が迎え撃つが、レオンは攻撃の中止を願い出る。その言葉を信じて攻撃を中止すると、B.R.A.Iたちは産卵を開始。B.R.A.Iの行動は、産卵のための自衛行動だったのだ。レオンは卵を回収、解析を行うと、B.R.A.Iの恐るべき進化速度を目の当たりにする。
P1との過剰なシンクロによって、レオンの意識は多重次元に取り込まれていた。フィオナはレオンを救うべく、渾沌の力で意識の中へ飛び込むことを決意する。一方、レオンは満月の海岸で、蟹がB.R.A.Iへと進化する不思議な光景を見つめていた。そこに立っていたのは、翔龍クライシスで死んだはずのロン……。レオンはロンとの対話の中で、「渾沌」がもたらした進化の深淵を知る。
レオンとクイニーの前に、天に散ったと思われていたダグがあらわれた。だがダグは復活したエミリアB.R.A.Iに取り込まれつつあった。やがてダグのハイパードライブと、エミリアのダークドライブが激しく共鳴し、輝きを増していく。その輝きにP1、P3のハイパードライブ、そして「渾沌」すらも呼応し、やがてジークの恐るべき企みが明らかになる。
黒き輝き」が世界を包むとき、人類にかつてない危機が訪れる……。B.R.A.Iの死骸で形作られた巨大な肉体が「渾沌」を求めて侵攻するさなか、ジークはこの難局を、レオンがどのように解決するかに興味を抱いていた。だがレオンは、想像を超える起死回生の作戦を導き出し、ジークの正体にもたどり着く。はたして世界を守る最後の作戦とは？ そして世界に残された最後の希望とは？
