中学2年生の野乃はなは、明るくて元気な女の子。転校初日に前髪を切るのに失敗してしまう。そんなはなは突然赤ちゃんが泣く声を聞き、声のする方向に行くと、そこに薬師寺さあやと輝木ほまれがいた。
大活躍したキュアエールのことが学校で話題になっていた。自分がエールだと自慢したいはなだが、明かすわけにはいかない。放課後、はぐたんに会いにいったはなは、ハリーがイケメンに変身できることを知って驚く。
さあやがプリキュアの仲間入りをしてはぐたんも大喜び。と思ったら、急に不機嫌になってしまう。そこで、プリキュアにしか使えないミライパットではぐたんの喜ぶものを探し始めると、思わぬ出会いが待っていた。
ハリーから、プリキュアになる人を見つけるよう言われたはな。そこではなは、ほまれをスカウトしようと考えまるが、ほまれには悪い噂があった。しかし、はなは自分の目で見たほまれの人柄を信じることにした。
プリキュアになれなかったことで、昔の失敗を思い出して落ち込むほまれ。そんなほまれに、はなはビューティーハリーの開店準備を手伝ってもらう。ほまれの尽力のおかげで、ビューティーハリーには大勢の客が訪れる。
プリキュアが3人揃ったため、はなは記念にデートをすることにした。場所ははなのお父さんが店長を務めるホームセンター。その中にある花屋さんが、みんな風邪で休んでしまい、店員が1人だけで困っていた。
さあやが小さい頃、CMで有名な「野菜少女」だったと知って驚くはなとほまれ。そんな時、さあやの前にライバルを自称する蘭世が現れた。そこでさあやに、「今度のオーディションで負けない」と宣言する。
ほまれの前に若宮アンリという男の子が現れる。アンリはほまれと同じスケート選手で、一緒にモスクワに行こうと誘う。「スケート選手として活躍するにはモスクワで練習するのが一番」とアンリは言うのだ。
今日はみんなでハイキング。はなの妹でことりの同級生・愛崎えみるは心配性で、ハイキングは危険だと言い、みんなの行動をチェック。その行動は行き過ぎで、みんなはあきれてしまうが、えみるは真剣に心配していた。
フードフェスティバルでお仕事体験することになったはなたち。早速ミライパットでウエイトレスに変身したが、はなだけがたこ焼き屋になってしまった。ハリーは、ミライパットに何か考えがあるのだと言うが...。
はなを救うため、アスパワワを使い果たしたはぐたん。苦しそうな顔をして眠るはぐたんを見て、はなはプリキュアをやめると言いだす。でも、お母さんの言葉に背中を押されたこともあり、はなは元気を取り戻した。
今日はみんなで集まってパジャマパーティ。その前に、一同は買い物を楽しんだ。そして夕方になり、パジャマに着替えて盛り上がるなか、はぐたんに歯が生えていることに気づき、はなたちは離乳食を作る。
はなの家に留学生のルールー・アムールがやってきた。はなはルールーから前に会ったことがあると言われるが、思い出せない。実はルールーはクライアス社のメンバーで、はな・キュアエールの強さの秘密を調べていた。
今日は保育士のお仕事体験をすることになったはなたち。ルールーもついてきて、はぐたんをはじめとする赤ちゃんたちの世話をする。赤ちゃんがかわいくて、大喜びで世話を始めるはなたちだったが...。
買い物に行くことになったルールーは、途中でプリキュアの格好を真似たえみると出会う。えみるはみんなを助けるため「きゅあえみ~る」を名乗っていたが、行動が大げさで、うまく人助けすることができずにいた。
ある日、クラスメイトのあきがほまれに弟子入りを志願する。しかし、あきの幼馴染みのじゅんなは弟子入りに大反対で、2人は喧嘩を始めてしまう。ほまれは仲直りさせようとするが、うまくいかない。
クライアス社に連れていかれたルールー。ハリーはスパイをするために近づいてきたと言うが、はなたちはそうは思わない。一方、はなたちとの思い出を消されたルールーが、パワードスーツでクライアス社へ挑んできた。
みんなのもとに帰ってきたルールーだが、はなの家には戻れないと言う。理由は、お母さんの記憶を操作してだましていたからだった。しかしお母さんは、記憶が元に戻ってもルールーを温かく迎えるのだった。
アンリに誘われ、えみるとルールーがファッションショーのモデルをやることになった。えみるはあまり自信がなったが、ルールーから一緒に頑張ろうと励まされ、ランウェイデビューを飾るためモデルの勉強を始める。
プリキュアになるために必要なプリハートはひとつ。奇跡でも起きない限り、プリキュアになれるのはえみるかルールーのどちらか1人だけだ。2人のために夜通し星に祈っていたはなは、そのせいで風邪をひいてしまう。
ついにプリキュアになれたえみるとルールー。プリキュアとしてこれからも頑張ろうと、えみるはいつも以上にやる気満々だった。そして早速ハリーの店を手伝うのだが、張り切り過ぎて失敗してしまう。
空から現れた2人のプリキュアは、キュアブラックこと美墨なぎさと、キュアホワイトこと雪城ほのかだった。一同は驚くが、すぐに仲良くなる。しかし大事なギターが壊れたため、えみるとルールーは暗い顔をしていた。
すくすくと成長していくはぐたん。その笑顔にみんなは癒やされる。学校からの帰り道、みんなと別れたはなは、1人の時によく見かける男の人と一緒に雨宿りをする。彼の語る夢を、はなは素敵だと思うのだった。
町内会でナイトプールをやることになり、はなが喜んで向かったところ、ナイトプールはイメージと違ってがっかり。そこで、町内会長から頼まれたはなたちは、イメージどおりのイケてるナイトプールに改装する。
はなたちはそれぞれかわいい浴衣に着替え、はぐくみ神社の夏祭りに出かけた。神社ではパップルたちが屋台を開いていて、はなたちはくじや射的を楽しんだり、わたあめやたこ焼きを食べたりして大いに祭りを楽しむ。
CM出演がきっかけで人気者になったさあやだが、女優になることを決めたわけではない。お母さんがどう思っているかを心配していた。そこではなたちに背中を押され、さあやはお母さんに直接尋ねてみることにする。
もうすぐ赤ちゃんが生まれる内富士先生だが、立派なパパになれるか不安になり、はなのお父さんに協力を仰ぐ。そして、ハグマンで修行をすることになった先生に代わって、はなたちが先生の奥さんの手助けをする。
ほまれの愛犬・もぐもぐが、タレントネコのりりーちゃんに一目惚れをし、はなはこの恋を応援しようと決心。そこで、りりーちゃんと共演するイヌを決めるオーディションに、もぐもぐを出場させることにした。
みんなを連れて和菓子屋「たんぽぽ堂」に来たはな。ここははなのおばあちゃんがやっている店で、一同はどら焼きのおいしさに驚く。しかし常連のヨネさんは「味が落ちた」と言い、おばあちゃんと喧嘩を始めてしまう。
夏休みの思い出作りに、ははなたち世界一周をする。愛崎家のプライベートジェットに乗り、機内ではキャビンアテンダントの仕事も体験。そして、観光地で写真を撮ったりグルメを楽しんだりと、世界旅行を堪能する。
楽しかった夏休みの思い出を話していた時、見知らぬ女の子がはなに声をかけてきた。女の子は、はなが前にいた中学校の友達のエリだった。しかしエリは、それ以上は何も言わないで去ってしまうのだった。
スケートの大会で優勝したほまれは、さらなる高みを目指して新しい演目を考える。そして、図書室で絵本の「人魚姫」を見つけた。だがそんな時、街で猛オシマイダーが暴れ始め、ほまれたちはプリキュアに変身する。
人気急上昇中のツインラブだが、えみるは中途半端だと言われて落ち込んでしまう。そんな時、アンリの密着取材の仕事が舞い込んだ。元気のないえみるの代わりに、はなとさあやがリポーター役を務める。
ことりが悩んでいる。お姉さんであるはなが、プリキュアに迷惑をかけていると勘違いしたからだ。そんななか、ことりは、キュアエールが大好きでファンクラブを作ったはなの同級生・ふみととひなせに出会う。
お医者さんの役を演じることになったさあやは、はなのお母さんに頼んで病院でお話を聞くことにした。そこで、産科のマキ先生から実際に体験してみるかと聞かれ、みんなでお仕事体験することになる。
急に空に異変が発生したと思ったところ、キラキラプリキュアアラモードのいちかたちが降ってきた。そこに、巨大メカに乗ったトラウムも出現。さらに、「魔法つかいプリキュア!」のみらいたちが駆けつけた。
トラウムによって世界中の時間が止まってしまった。勝ち誇るトラウムだが、プリキュアは誰ひとり諦めない。別々だったチームもシフォンのテレポートで合流し、メカの時間を操る力を使えないようにする。
ハロウィンに行われるイベントに向けて張り切るはな。みんなで仮装をし、ハロウィンのダンスパーティで盛り上がるつもりだ。ルールーとハリーはハロウィンのことを知らなかったが、みんなが協力して衣装を作る。
はなたちが突然、別の世界に来てしまう。そこはハリーの故郷、ハリハリ地区で、ハリーに似た子供たちが暮らしていた。ハリーの故郷は未来なのになぜ来てしまったのかと不思議に思っていると、リストルが現れる。
突然、ルールーのお父さんだと言いだすトラウム。実は、みんなを未来に送ったのはトラウムだったのだ。無事に戻ってきたプリキュアの力を認めたトラウムは、未来で起こっている出来事をみんなに教えてくれる。
平和が訪れた時、はぐたん、ハリー、ルールーが未来に帰ってしまう。えみるは、もうルールーと二度と会えなくなることにショックを受けるが、わがままを言ってルールーを困らせたくないため、心を閉ざしてしまった。
スケートの大会が近づき、はなはアンリを応援しようと張り切っていたが、どんな応援をしたらいいかわからなくなってしまう。そんな時、チャラリートから「どんな応援でも嬉しいものだ」と助言される。
ほまれが出場するスケート大会の日が近づいてきた。みんなが応援してくれるが、ほまれは何かに悩んでるようで上の空だ。実はほまれはハリーに恋をしていて、戸惑いのなか、ハリーを避けるようになってしまう。
夢だったお母さんとの共演がついに実現し、さあやは緊張しながらもスタジオに入る。その時、急に周りの景色が草原になり、みんなが映画のキャラクターの格好に変わっていた。さあやたちは、とりあえず撮影を始める。
空からサンタさんが降ってきた。トナカイが風邪をひいたので、このままではクリスマスが中止になると聞き、はなたちはショックを受ける。そこでトラウムが、プレゼントを代わりに運ぶメカトナカイを作った。
年が明け、正月を迎えた。晴れ着を着たり、お餅を食べたりと、みんなは楽しい時間を過ごす。はなはさあやとほまれとの待ちあわせのため、1人で街へ出かけるが、目の前にジョージ・クライが現れた。
ジョージ・クライにさらわれたはぐたんを助けようとするプリキュアの前に、リストルとビシン、たくさんの猛オシマイダーが出現。そこへ、プリキュアを救うべくパップル、チャラリート、ダイガン、トラウムが現れる。
キュアエールとジョージ・クライがついに決着の時を迎える。明日を信じて果敢に挑むエールだったが、クライはとても強く、ついに力尽きて倒れてしまう。はなは変身が解け、元の姿に戻ってしまった。
はぐたんたちが未来に帰る日が近づき、はなたちはみんなでデートをする。楽しい時間が流れるなか、猛オシマイダーが出現。しかし、新しいプリキュアのキュアスターの協力もあり、猛オシマイダーは姿を消した。
映画プリキュアスーパースターズ！すべてはあの日の”約束”を守るため！！ 12人のスーパーパワーが奇跡をおこす！ 大人気『ＨＵＧっと！プリキュア』映画初登場！ 人気の3世代プリキュアが大集合！
突然現れた謎の怪物・ミデンが次々とプリキュアたちから「プリキュアの思い出」を奪ったせいで、プリキュアたちがみんな小さな子供になっちゃった!?残された「HUGっと！プリキュア」と「ふたりはプリキュア」は、みんなの大切な思い出を取り返しにいく！
