Tras una operación fallida, un cuerpo secreto de intervención llamado el "Cuerpo de élite" resulta diezmado y el Ministerio del Interior español decide reclutar nuevos miembros para su recomposición. El nuevo grupo formado por un agente de movilidad madrileño, una guardia civil andaluza, un mozo de escuadra catalán, un ertzaina vasco y un legionario son entrenados con el objetivo de cumplir su primera misión: recuperar una bomba relacionada con el incidente de Palomares.
Desde los tiempos de Transición, el Gobierno aprobó la creación de un cuerpo secreto de operaciones formado por miembros de los diferentes cuerpos policiales del país. Ahora, el Ministerio del Interior ha tenido bien crear una nueva unidad que estará formada por una boina verde, una Mossa D'escudra, un ertzaintza, un tedax y un ladrón que se hará pasar por un policía nacional. Todos ellos con muchísimas diferencias con las que tendrán que lidiar para conseguir la unidad del cuerpo. Con un cariz cómico, la serie no dejará de lado la actualidad, enseñándonos personaje públicos fácilmente reconocibles en tramas de escándalos políticos o corruptelas. En las primeras tramas que aparecen en la serie nos encontramos con un joven familiar de la Casa Real; una familia catalana que evade su dinero a Andorra o un caso bancario relacionado con tarjetas gold.
El recién formado Cuerpo de Élite debe acabar con una peligrosa organización criminal que lleva años eludiendo a la justicia: los Montaner, una poderosa familia de la burguesía catalana conocida por sus cuentas en paraísos fiscales. Para conseguirlo, los agentes deben hacerse con El Misal de La madre superiora, el libro de contabilidad donde están registradas todas las irregularidades financieras de la familia. Berta será la clave para acceder al documento aprovechando que hace años salió con uno de los hijos Montaner. Esto hará que la misión sea doblemente difícil para ella: además de recuperar el libro, deberá enfrentarse a su pasado y a su incapacidad para manejarse en las relaciones amorosas. Por su parte, Salva continúa intentando sobrevivir en el Cuerpo sin ser descubierto. Elena no consigue llegar a todo por culpa de su doble vida de madre y agente secreto, y debe buscar una asistenta. Y Josemari trata de demostrar que su hermano Iñaki se ha convertido al islam.
Un escándalo relacionado con unas tarjetas opacas pone en jaque a algunas de las principales personalidades del país, incluido el ministro Ocaña. Éste se ve involucrado en el escándalo cuando una ratera malagueña de medio pelo robó la cartera equivocada. La misión del Cuerpo de Élite parece sencilla: asegurarse de que la ladrona llegue viva al juicio para confirmar el escándalo, hay demasiada gente importante que no descansará hasta verla muerta. Custodiar a la carterista pone en peligro a los agentes, y se puede poner al descubierto la verdadera identidad de Salva. Elena también tiene problemas para mantener su doble vida al tener que ocultar a su marido una herida de bala en plena celebración de aniversario.
El equipo se enfrenta a una arriesgada misión para proteger el patrimonio cultural del país. Éste está en grave peligro debido a los chantajes de una condesa sin escrúpulos. Además, Berta comienza a cometer errores en una misión, y es por culpa de sus sentimientos por Salva. El andaluz no se da cuenta de nada, concentrado en convertirse en un auténtico agente de élite. Por su parte, Iñaki y Andrea cada día se gustan más, pero no consiguen tener una cita por culpa de la apretada agenda de ella. Y el desastre del último CIS hace que Ocaña se plantee un cambio de imagen.
El Gobierno decide tomar medidas drásticas: hasta que todos los clubes paguen su deuda la Liga queda paralizada. Em medio del caos ante tan dura decisión, el ministro de Hacienda, principal responsable de la operación, sufre un intento de asesinato. El cuerpo de élite debe detener al culpable antes de que sea demasiado tarde. Por su parte, Berta y Salva por fin van a estar juntos después de besarse por primera vez en la misión anterior. Además, Josemari y Ximo son secuestrados y el vasco se da cuenta de que va a morir sin haber aprovechado su vida. Y Efe debe asimilar que Montse se ha echado novio.
Andrés Pellicer, un ciberactivista que reveló documentos del CNI, amenaza con sacar a la luz más datos confidenciales. La misión del Cuerpo de élite es detenerle, pero Pellicer se encuentra recluido en la embajada argentina y todos los intentos fallan. La última opción es colarse en la fiesta que organizan los embajadores. Además, Nacho organiza una cena en casa porque quiere conocer a los compañeros de Elena. Berta y Salva deciden mantener en secreto su relación, pero es difícil con Elena vigilándoles de cerca. Y Josemari y Andrea, que se han acostado en el ministerio, ahora deben enfrentarse a las consecuencias.
Ocaña acepta una importante donación al Ministerio de Interior realizada por Anselmo Ortiz, el empresario textil más exitoso de España. Parece que va a ser un día tranquilo en la oficina, pero algo hace pensar que la donación oculta otros planes de Anselmo, como podría ser hacerse con los datos de absolutamente todos los españoles. La seguridad nacional y la vida de los miembros del cuerpo jamás ha corrido tanto peligro. Por su parte, Salva tiene que ingeniárselas para satisfacer el ritmo de vida de Berta. Los hermanos Zabaleta deben actuar para solucionar el lío originado por Josemari al revelar a una antigua novia que es agente secreto. Y Ximo ha de proteger al hijo de Elena, encerrado también en la base.
Se inicia la campaña electoral y Carreño invita al ministro Ocaña a un acto de paz entre partidos: un recorrido en el Autobús de la Alianza. Julián acepta encantado sin atender a las advertencias de Andrea, que sospecha que todo es una trampa. Paralelamente, alguien ha colocado la madre de todas las bombas en el interior del vehículo. Por otro lado, Elena recibe unos preocupantes resultados en un test psicológico de Martín, y decide rehacerlo. Y Salva intenta convencer a Berta de dejar el Cuerpo antes de que la catalana descubra su verdadera identidad.
Salva ha sido despedido y Berta se ha enterado de su verdadera identidad. Además, Efe ha recuperado la jefatura gracias a la traición a Montse, y el cuerpo está mas dividido que nunca. En ese estado de caos, los agentes deben enfrentarse a una nueva amenaza: un usuario desesperado de la sanidad pública infecta a Ximo con un virus mortal y amenaza con extenderlo por toda España. Para evitar una pandemia, el Cuerpo de élite debe localizar al responsable en las listas de espera de la Seguridad Social.
Julián va a ser candidato a vicepresidente del Gobierno y se acercan las alecciones generales. Pero un gravísimo ataque contra la democracia está a punto de echarlo todo por tierra: el voto por correo ha sido robado, y han desaparecido dos millones de papeletas. Alguien quiere influir en los resultados de las elecciones y todos los indicios apuntan a Conchi Galindo, líder de la formación política PUBIS. El cuerpo de élite tiene que demostrar su culpabilidad y encontrar los votos auténticos para introducirlos en las urnas sin que nadie se dé cuenta. Un pucherazo en toda regla por el bien de la democracia en la noche electoral más emocionante de nuestra historia.
Las elecciones generales traen un nuevo ministro: Teodoro Ibáñez, procedente de un partido regionalista y dispuesto a evolucionar la vida del cuerpo de élite. El recién llegado no entiende la necesidad de este equipo y amenaza con cerrar la base. Sus intervenciones públicas no son mucho más acertadas y se termina generando un clima de crispación con Venezuela, echando al traste las relaciones bilaterales con este país tras un desafortunado comentario. Ante la gravedad de la situación, el cuerpo de élite se pone en marcha para resolver la crisis diplomática y evitar que el nuevo ministro lo enrede todo aún más.
Lucax Riesgo es el nuevo cocinero estrella del país, pero varios críticos gastronómicos fallecen envenenados tras haber probado su comida. Es entonces cuando el equipo de élite debe intervenir y encontrar al culpable para salvar la reputación del restaurante, uno de los principales activos de la Marca España. Salva y Berta se infiltran en la cocina y Ximo se hace pasar por crítico, una operación encubierta para descubrir al misterioso responsable de los envenenamientos.
Berta recibe una oferta para enrolarse en un nuevo cuerpo de élite catalán. Las dudas con este proyecto se disipan cuando Salva le dice que su padre está implicado en una trama de corrupción. Así que decide alistarse en el nuevo cuerpo de élite y proteger la inocencia de su padre, como le han prometido. La agente pronto descubre que sus compañeros la habían engañado, y comienza una competición entre los dos cuerpos para resolver el caso y detener al empresario. Ella, decepcionada, lo deja todo para aferrarse a la palabra de su progenitor.
