Emma e Micol Pagnotta vivono a Roma praticamente da sole poiché Agostino, Capitano di corvetta della Marina Militare, è spesso in missione. Le cose cambiano quando Agostino accetta di essere assegnato all’Accademia Navale di Livorno. Alla notizia Emma si agita: si tratta di un inaspettato ritorno nella città in cui è nata e dove vive suo padre, Gian Pietro Liegi, con il quale non ha più rapporti da quando è fuggita incinta di Micol, sedici anni prima. Emma teme che dietro quella decisione ci sia proprio il suo zampino. Anche Micol non l’ha presa bene: non vuole lasciare Roma né Federico, l’insegnante di clarinetto di cui è innamorata. Purtroppo deve. Prima di partire, come reazione al trasferimento coatto, decide di far l’amore per la prima volta con lui. Per tutta la famiglia, le prime settimane a Livorno passano nell’impegno di adattarsi e di ricominciare tutto daccapo. È così soprattutto per Micol che non legge i diversi segnali del corpo che la avvisano che è incinta. Lo scopre per un malore, quando sviene in classe davanti ai suoi nuovi compagni di liceo.
Al pronto soccorso l’ecografia conferma che Micol è incinta. La ginecologa, non riuscendo a parlare con i genitori, convoca il nonno, il noto cavalier Liegi, che Micol incontra per la prima volta. Turbata, Micol promette di dire lei alla madre cosa è avvenuto ma prima scappa a Roma per parlare con Federico. Una volta arrivata scopre che Federico si è fidanzato con un’altra. In piena crisi torna a Livorno. Va ad una festa sulla spiaggia dove vede la dark ed emotiva Valeria, sua compagna di classe e vicina di casa negli alloggi dell’Accademia navale, e conosce Ivan, un ragazzo sordo,misterioso ed empatico, che frequenta il suo stesso liceo. È lui a salvarla quando casualmente finisce in mare. Nel frattempo Emma sta cercando Micol con l’aiuto del suo primo amore da ragazza, Giorgio, rivisto con gli amici di un tempo. La trova a villa Liegi, dal padre, che Emma rivede dopo sedici anni di silenzio e lontananza. Qui Emma scopre che Micol è incinta ma la gravidanza è oltre il termine legale per un’eventuale interruzione volontaria. Agostino non sa ancora nulla, quale sarà la sua reazione?
Mentre Micol è disperata perché non vuole il bambino, Agostino ed Emma fanno i conti con la gravidanza della figlia e con i problemi del loro rapporto. Emma riprende a frequentare Giorgio ed Agostino è geloso. Al primo controllo Micol scopre che sul feto grava una malformazione che permette l’interruzione terapeutica della gravidanza. Al momento dell’intervento, però, Emma sospetta che quella malattia sia un’invenzione del ginecologo suggerita da Gian Pietro per aggirare la legge e procedere con l’aborto. Alla conferma della buona salute del feto, Micol gioisce e sceglie quindi di accogliere senza più riserve la sua maternità. Emma accetta la richiesta del padre di diventare Presidente della Fondazione Liegi e così si riavvicina alla sua famiglia. Emma non sa, però, che la Holding Liegi attraversa un momento difficile e che suo padre ha dei progetti segreti che la riguardano. Una lettera anonima va a rivangare il passato insinuando che Agostino non sia il vero padre di Micol.
L’ipotesi che Agostino non sia il vero padre di Micol si diffonde velocemente. La stessa Micol ne viene a conoscenza. Emma e Agostino, presi dai loro problemi, spesso dimenticano quelli della figlia e del suo difficile percorso di accettazione della gravidanza. Solo Ivan, il compagno di classe di Micol proveniente da una strana famiglia coinvolta in attività illegali, le sta vicino. Il ricordo di Federico comincia così ad impallidire. Intanto Emma comincia ad interessarsi veramente della Fondazione Liegi creata dalla madre Micol che morì di leucemia mieloide acuta dopo esser stata in prima fila durante l’incidente nucleare di Chernobyl. La Fondazione risorge, lavorando con la Regione per accogliere ragazzi in difficoltà come Ivan, che la famiglia usava per spacciare e che viene arrestato insieme a Micol. Questa attività infastidisce Gian Pietro che si augurava per la Fondazione Liegi una missione di facciata per nascondere i flussi finanziari illeciti attraverso i suoi conti olandesi.
Mentre la Fondazione diventa sempre più importante nella vita di Emma, la crisi con Agostino si acutizza. Emma si avvicina sempre di più a Giorgio, che non ha mai smesso di amarla.
Agostino, nel frattempo, si ritira a vivere in Accademia, in questo modo tenta di dimenticare i problemi con la moglie. Sarà un malore di Micol, e la corsa al pronto soccorso, a riavvicinare Emma e Agostino…
Dopo tanta attesa, arriva il responso del DNA: Agostino è il padre di Micol, come Emma aveva sempre sostenuto. Giorgio, che sperava in questa paternità per risolvere i suoi problemi economici, per attirare l’attenzione dei Liegi simula un tentativo di suicidio.
Micol, intanto, quando mancano ormai pochi mesi dalla nascita della bambina, va a dare l’esame di solfeggio a Roma e incontra Federico, il suo Insegnante di clarinetto. Il ragazzo scopre che è incinta…
Emma ha compiuto un atto ingiusto e pericoloso, l’appropriazione indebita del TFR, e deve prendere coscienza attraverso Mariuz che i soldi non saranno restituiti così presto. Chiede spiegazione a Giorgio, che è laureato in diritto societario: la informa che se il TFR non dovesse essere restituito, la responsabilità sarà di Emma, reato penale, non amministrativo, che prevede dai sei mesi ai tre anni di reclusione.
La presunta relazione tra Agostino e Nicola viene riferita ai superiori e Agostino subisce un procedimento disciplinare. Un vero e proprio processo davanti alla commissione e all’ammiraglio. All’ufficiale psichiatra che interroga Nicola, però, risulta evidente che la ragazza ha dei seri problemi di percezione della realtà. Agostino viene discolpato. La ragazza viene ritenuta non idonea alla vita militare. Ivan intanto scopre che Federico è a Livorno. È attaccatissimo a Micol e non capisce se la loro è solo un’amicizia o qualcosa di più. Anche per questo non riesce a prendere una decisione sull’operazione per l’impianto cocleare che potrebbe ridargli l’udito.
La scoperta della fuga di Mariuz accelera la crisi della Holding Liegi e la notizia che Gian Pietro è malato fa temere una scalata ostile in borsa. Emma è così costretta a prendere in mano la situazione. Si confida con Agostino e ritrovano presto l’intimità e l’amore. Agostino le dà il suo appoggio ed Emma fa lo stesso con lui, accogliendo a Villa Liegi Nicola dopo la sua espulsione dall’Accademia Navale. Tra Nicola e Jacopo nasce un’amicizia inaspettata.
La morte improvvisa di Gian Pietro rende Emma definitivamente la capo famiglia. AI funerale, quando tutto sembra perduto, torna Mariuz. Non era scappato con i soldi del TFR per rubarli alla famiglia, ma al contrario, con una spregiudicata manovra finanziaria ha ricomprato il 51% della società. Con il suo aiuto Emma salva la Holding. La rottura delle acque e il parto di Micol riuniscono tutti i pezzi della famiglia. In questo caos nasce Clara. E mentre Agostino torna a bordo dell’Amego Vespucci, Emma, ancora in ospedale accanto a Micol, gli dà la notizia di essere incinta anche lei.