Mateo fue condenado por la Santa Inquisición cinco años atrás y tuvo que huir de la ciudad para salvar su vida. Un enigmático emisario le pide que regrese a Sevilla y saque de la ciudad a Valerio, hijo bastardo de su amigo Germán recientemente fallecido. Cumpliendo su promesa, Mateo entra en Sevilla de forma clandestina y se refugia en casa de un antiguo amigo, Luis de Zúñiga. Mateo se mueve por los bajos fondos de la ciudad hasta dar con Valerio. Cuando está a punto de embarcar con él rumbo al Nuevo Mundo, es detenido por soldados de la Santa Inquisición. Mientras aparece el cadáver de un hombre asesinado con marcas extrañas en lo que parece un crimen ritual.
A cambio de salvar su vida, Mateo recibe el encargo de Celso, el Gran Inquisidor, de investigar la muerte de uno de los comerciantes más prósperos de la ciudad. En esta investigación Valerio se convierte en la sombra de Mateo, ayudándole en todo momento. Durante sus pesquisas Mateo se reencontrará con Teresa, viuda de su amigo Germán, convertida en una próspera pintora obligada a firmar con el nombre de su padre para poder vender sus cuadros. Recientemente Teresa ha encontrado la inspiración con Eugenia, una joven prostituta que hará de modelo para la pintora. Entretanto, Zúñiga intenta corromper al Cabildo para que la epidemia de peste que ya ha entrado en la ciudad no se haga pública. Aparece en el río el cadáver de una joven asesinada.
De las primeras indagaciones se determina que el cadáver corresponde a Lucina Utrera, hija de uno de los capitanes de la flota de América. Mateo llega a la conclusión de que los dos cadáveres están relacionados con su vieja imprenta. Mateo sufre insomnio y episodios depresivos que le hacen tener una siniestra visión recurrente. Teresa decide contratar a Eugenia en la fábrica de seda de su marido, en contra del consejo de su administrador que le advierte de que todos los trabajadores son hombres y sólo un hombre puede tomar decisiones en la fábrica. La peste se extiende inexorablemente. Mueren el padre de Leandra, novia de Valerio, y Morata, uno de los miembros del Cabildo a quien Zúñiga había comprado. El gobierno se ve obligado a hacer pública la enfermedad y a cerrar la ciudad.
Mientras la peste asola Sevilla, Mateo y Valerio encuentran a la desaparecida Carmen Gálvez, amante del difunto comerciante asesinado. Ella les informa de que detrás de los asesinatos está Ledesma, líder secreto de los protestantes sevillanos. Zúñiga es nombrado miembro del Cabildo en sustitución de Morata y trata por todos los medios de conseguir que abran el puerto de la ciudad. En la fábrica de seda varios trabajadores intentan violar a Eugenia y Teresa decide despedir a todos los que han participado en el asunto. Para sustituirlos, contrata a varias prostitutas elegidas por Eugenia. Días más tarde, Teresa es asaltada y humillada con violencia. Aparece otro cadáver, Dresdner, tesorero de la Casa de la Moneda y apoyo económico de Zúñiga. Este asesinato se parece a los anteriores y apunta en la misma dirección: Ledesma. Leandra, la novia de Valerio, enferma de peste.
Mateo está convencido de que Germán no se suicidó. Teresa accede a desenterrarle. Zúñiga aprovecha la peste, el hambre y las revueltas para conseguir que se abra el puerto y pueda llegar la flota de Indias. Por orden del Cabildo se procede al cierre de la fábrica de seda después de un enfrentamiento de Teresa con los funcionarios que vienen a cumplir la orden. Tiene que haber un hombre al frente del negocio. Se están vulnerando las normas gremiales. Las investigaciones de Mateo y Valerio dan sus frutos y descubren la identidad secreta de Ledesma. A pesar de todos los cuidados recibidos muere Leandra. Valerio, lleno de rabia y desesperación, exige a Mateo que cumpla su palabra y le lleve al Nuevo Mundo.
El brote de peste comienza a remitir en la ciudad. El Gran Inquisidor entrega a Mateo su orden de libertad. Mateo ha resuelto el caso. Como consecuencia de la investigación, son detenidos por la Inquisición algunos protestantes que están desviando metales preciosos a Flandes para financiar la guerra contra el Imperio Español. Se celebra un auto de fe en el que los acusados son condenados a morir en la hoguera. El Cabildo se muestra inflexible con Teresa. Deberá nombrar a un hombre responsable de la fábrica, en caso contrario se cerrará definitivamente y ella será encarcelada. Mientras tiene lugar el auto de fe, Mateo descubre que Ledesma no era el verdadero asesino. Esta certeza llevará a Mateo a una acción desesperada en la que está a punto de perder la vida.
Mateo recibe una carta de Teresa pidiéndole ayuda: Valerio está liberando prostitutas ilegales que trabajan sometidas para La Garduña - el hampa de la ciudad - y han intentado matarlo. Cuando Mateo decide volver a Sevilla, Baeza, un joven trabajador de la mancebía amigo de Valerio, acepta, por imposición de La Garduña el encargo de asesinarlo.
Pontecorvo es nombrado alcalde de la ciudad. Mateo investiga la muerte de Valerio y se cruza con él. Pontecorvo le pide ayuda para luchar contra La Garduña. No se fía de nadie de su Gobierno. Teresa y Eugenia continúan el plan de Valerio de liberar prostitutas ilegales. Ayudado por Arquímedes, Mateo consigue llegar hasta Baeza.
Baeza informa a Mateo del escondite de Conrado, el líder de la Garduña. Están muy cerca de apresarlo. Pontecorvo fracasa legislando contra La Garduña. Un Veinticuatro se opone: Navas. Teresa informa a Valerio que llevará a las prostitutas liberadas al Nuevo Mundo, donde trabajarán en una fábrica de seda. La Garduña intenta matar a Pontecorvo.
Mateo y Pontecorvo logran arrinconar a La Garduña. Navas presiona a su verdadera líder, María de la O, para que revierta la situación, generando una guerra en las calles. Teresa se beneficia de esa guerra y consigue que el Cabildo la ayude a liberar a docenas de prostitutas que esconde en un convento abandonado. Conrado ordena matar a Eugenia.
María de la O ordena a Baeza matar a Conrado, será su sustituto. Conrado consigue escapar y se ofrece a colaborar con Pontecorvo si lo protege. Navas inicia una moción de censura contra Pontecorvo. Mateo llega hasta Ruz, otro Veinticuatro corrupto vinculado a la Garduña. Pero la única forma que tiene de incriminarlos es un flamenco adicto al láudano que ha desaparecido.
La Garduña asalta el convento donde se esconden las prostitutas. La moción de censura de Pontecorvo está llegando a su fin. Juana, la mujer de Pontecorvo, advierte a su marido que si no entrega a Conrado a La Garduña perderá toda posibilidad de volver a Madrid junto al rey y ella lo abandonará. Baeza busca al Flamenco. Mateo también. Las vidas de Teresa y Valerio dependen de que lo encuentre.
Programa que describe los diferentes aspectos que integran la Peste. Descubriremos los personajes, las tramas, el rodaje, las localizaciones, la ambientación y uno de los grandes retos de la serie: recrear con asombroso realismo la Sevilla del Siglo XVI, un lugar asolado por la enfermedad, la codicia, la inquisición y un misterio por resolver.
