高校生活を過ごす常磐ソウゴ / 仮面ライダージオウを明光院ゲイツ / 仮面ライダーゲイツとツクヨミが追いかけていたが、ソウゴは記憶が混濁しており、普段とは異なる人格になっていた。その途中、アナザーデンライナーが墜落、その中からアナザー電王が出現した。しかし、正気を取り戻したソウゴはゲイツと共にアナザー電王に立ち向かう。
同じころ、1人の少年シンゴを襲うアナザーWに桐生戦兎 / 仮面ライダービルドと万丈龍我 / 仮面ライダークローズが応戦。その途中、前の世界の記憶を失ったはずの猿渡一海 / 仮面ライダーグリスと氷室幻徳 / 仮面ライダーローグが加勢する。しかし戦いの後、幻徳は突然戦兎たちのことを、ツクヨミはソウゴたちのことを忘れてしまった。
一方、ソウゴは仮面ライダーが大好きな少年、久永アタルと出会う。アタルは謎のイマジン、フータロスと契約していた。
そのころ、アナザー電王、アナザーWを裏で操っているスーパータイムジャッカーのティードは暗躍を始め、戦兎を洗脳し、ジオウとクローズが対処している間にグリスを倒し、シンゴを連れ去ってしまう。
シンゴが敵の手に落ち、一海も負傷した絶体絶命の状況の中、アタルは「仮面ライダーは、現実の存在じゃない」という衝撃の事実を、戦兎とソウゴに伝えるのであった。
A powerful Time Jacker named Tid appears and creates two powerful warriors, Another Double and Another Den-O and orders them to pursue a young boy named Shingo. While Sougo Tokiwa attempts to protect him, he meets a young Kamen Rider fan named Ataru, who demoralizes the existence of the Kamen Riders. What does he mean? Meanwhile, Sento Kiryu attempts to take on Tid alone, but is brainwashed and manipulated by the Time Jacker as a result. With the mystery uncovered, Sougo and Sento head to the Kurogatake Mountains where they must face their true enemy.
