Da pesten rasede fattede man ikke, hvorfor den ramte samfundet, men i de sidste 100 år har rotten og dens lopper været udpeget som den skyldige. Det var herfra den bakterie kom, der udløste sygdommen. Men i dag sætter en række europæiske videnskabsfolk et alvorligt spørgsmålstegn ved, hvad det i virkeligheden var for en sygdom, der hærgede Europa gennem 400 år.