休日出勤した新入社員の岡部豊（松島庄汰）は、偶然、競馬中継を見ている馬子（大野いと）に遭遇し、その姿に一目ぼれしてしまう。普段は一切同僚ともしゃべらない馬子が実は競馬好きだと知った岡部は、馬子と仲良くなるために、競馬を勉強しようと決意する。ライバルは馬！馬と男女の奇妙な三角関係が始まる…。
馬子（大野いと）に気に入られようと、即席で仕入れた浅い競馬情報をもとに、彼女に話しかける岡部豊（松島庄汰）。しかし、どの情報も間違っており、逆に馬子から愛想を尽かされてしまう。そんな二人の様子を見ていたのは、彼らが勤める「大穴商事」の清掃員・谷根（半海一晃）。谷根は岡部に「競馬新聞の馬柱を勉強しろ」とアドバイスするのだが…。
谷根（半海一晃）のアドバイス通り、馬柱を調べると、馬にはそれぞれ生い立ちやレースに「ストーリー」があることに気づいた岡部豊（松島庄汰）。そのことを馬子（大野いと）に伝えると、彼女の表情が柔らかくなった。仕事帰りに、馬子行きつけの競馬好きが集まる会員制バー「優駿」に行く馬子と岡部。そこで、馬子から94年の菊花賞でのナリタブライアンの伝説の走りを聞いた岡部は、10月25日（日）に行われる「第76回菊花賞」に思いを託すことを決める…。
第四話のストーリーは、10月25日（日）に行われる「第76回菊花賞」のレース結果によって変わります。果たして、馬子（大野いと）に思いを寄せ、「自分が選んだ馬が勝ったら、僕と付き合ってください」と告白した岡部豊（松島庄汰）の運命は！？
馬子（大野いと）に対して、並々ならぬ敵対心をむき出しにする並子（小松彩夏）。馬子と並子は、ひょんなことから谷根（半海一晃）立ち会いのもと、競馬に関するクイズで決着をつけることに。勝負する条件として、並子から提示されたのは岡部豊（松島庄汰）を勝った者の褒美とすること。果たして、馬子と並子の勝負の行方は？そして岡部の運命は！？
馬子（大野いと）との対決に勝利した並子（小松彩夏）は、岡部豊（松島庄汰）と東京競馬場でデートをすることに。初めて、競馬場に来た岡部は、青々とした芝のコースを見て感動する。岡部と並子は、東京競馬場内の様々なスポットで、デートを楽しむ。レース観戦後、馬子（大野いと）を発見する岡部。馬子の横には男性が寄り添っていた…！
馬子（大野いと）と一緒に競馬場にいたのは、見栄晴（見栄晴）だった…。大きなショックを受けた岡部豊（松島庄汰）は、そのことを谷根（半海一晃）に相談する。谷根は、岡部を励ますために、バー「優駿」に連れて行く。そこには常連の馬子はもちろん、見栄晴の姿もあり、彼らの関係性が明らかとなる。さらに、見栄晴の意外な一言から、谷根の意外な過去も明かされることに…。
谷根（半海一晃）は、北海道出身の元ジョッキーだった。さらに、亡くなった馬子（大野いと）の父の親友で、両親を事故で亡くし、上京した馬子のことを気にかけていた。そんな谷根は、「馬以外に初めて興味を持ち始めた」として、岡部豊（松島庄汰）に馬子の初めての彼氏になってほしいと頼む。岡部は「ジャパンカップ」で自分の選んだ馬が勝ったら付き合ってほしいと馬子に告白することに…。
「ジャパンカップ」の翌日、いつものように出社する岡部（松島庄汰）に、成田（小玉久仁子）、目白（和田麻菜）、小栗（ゆにば）が、ただならぬ様子で駆け寄ってくる。彼女たちによれば、馬子（大野いと）が辞表を提出し、荷物をまとめて出て行ったのだという。馬子の連絡先を知らない岡部は焦る。翌日、谷根（半海一晃）から馬子が馬事公苑にいると聞いた岡部は急いで馬子のもとに向かう。
馬子（大野いと）は一週間も会社を休んでいた。馬事公苑で馬の世話をする馬子のもとを、並子（小松彩夏）、大川係長（原金太郎）、岡部（松島庄汰）が訪ねる。ついつい、言い合いになってしまう馬子と岡部は、大川から「素直になれ」と一喝される。冷静になる二人。馬子に会社に戻ってきてほしいと訴える岡部は、さらに戻ってきたら付き合ってほしいと告白する。馬子は以前の反応とは違い、照れながら「答えを待ってほしい」と告げる。
馬子（大野いと）と岡部（松島庄汰）は、晴れて付き合うことに。馬子は岡部のために、お弁当を作ったり、並子（小松彩夏）から女らしくなる方法を学んだりと、以前とは全く違うキャラになっていく。最初は喜んでいた岡部だが、女性らしくなっていくのに反比例するように、競馬への関心がなくなっていく馬子に複雑な気持ちになる。岡部は悩んだ末に、週末に開催される「『朝日杯フューチュリティステークス』で僕が選んだ馬が勝ったら…」、と意外なお願いを切り出す…。
『馬子先輩の言う通り』最終話のストーリーは、12月20日（日）に行われる「朝日杯フューチュリティステークス」のレース結果によって変わります。ようやく付き合うことになった馬子（大野いと）と岡部（松島庄汰）は、別れてしまうのか！？そして、馬子は以前のように競馬に対する愛を取り戻すことができるのか！？ 年内最後のレース、有馬記念を、二人はどのような形で迎えるのか！？