Enea (Raoul Bova) e i suoi uomini sono costretti a scappare dal loro rifugio e si nascondono nell'appartamento segreto di Nicola (Federico Tolardo), l'hacker che li sta aiutando a cercare la verità. Intanto le tensioni all'interno del gruppo cominciano ad affiorare. In seguito ad una breve indagine, Enea risale ai nomi del gruppo "Nexus", formato da medici e da soldati. Questi avevano testato un vaccino sugli inermi abitanti del villaggio di Farah che però si era rivelato dannoso: la strage era stata compiuta per insabbiare la verità sugli esperimenti. Il capitano si reca dall'unico sopravvissuto del gruppo Nexus e lì incontra Samira (Megan Montaner) che con Gemini (Hossein Taheri) sta continuando la sua indagine. Il loro è un confronto sofferto: lei gli confessa di amarlo profondamente, ma di trovarsi costretta a seguire la sua strada. Nel frattempo il personaggio misterioso, comparso nelle puntate precedenti, e Annibale Testa (Giordano De Plano) sono sulle tracce di Gemini e dei nostri...