FBI-agenten, Mark Safarik, er kommet til Danmark for at opklare nogle af landets største, uopklarede drabssager. I dette program efterforskes sagen om Conny, der i 1997 blev fundet kvalt i sin lejlighed i Rønne på Bornholm. Politiet har afhørt mere end 1700 mennesker i sagen, men alligevel er drabet aldrig blevet opklaret. I FBIs Danske Mordmysteriet efterforsker Mark Safarik sagen forfra sammen med sin danske partner, den tidligere politimand, Jan Jarlbæk.