Виктор Сергеевич Расторгуев с женой Дашей и дочкой Полиной, благодаря программе по защите свидетелей, оказываются в маленьком провинциальном городишке. Теперь он — Иванов, таксист, бывший зэк, отсидевший от звонка до звонка за нанесение тяжких телесных повреждений…
Оставшись без машины, Расторгуев устраивается грузчиком на склады. В день получки его зверски избивают и отнимают все деньги. Участковый приходит к Расторгуеву — молодой лейтенант подозревает, что Расторгуев не тот, кем хочет казаться. Расторгуев присматривается к участковому.
Даша, не желая сидеть без дела, ищет работу. Она связывается с темными личностями, обещавшими за деньги «сделать» ей нужный диплом. И попадает в переплет, из которого ее выручает муж. Дело доходит до приезда их куратора…
Даша из больницы попадает в лапы к бандитам. На помощь приходит лейтенант Васьков, сам недавно избитый «коллегами». Расторгуев, узнав от лейтенанта, где находится Даша, опять мчится на ее спасение.
В городском отделении полиции назревает скандал: пьяные патрульные, сбив двух граждан, скрываются с места ДТП и заметают следы. Как может, борется за правду участковый Васьков. Расторгуеву удается наказать негодяев, спровоцировав бойню между охранниками бизнесмена Малыша, вымогавшими у него деньги, и двумя полицейскими, сбившими людей.
Убит директор городского рынка. Расторгуев заподозрил в друге своего напарника по автомастерской убийцу директора рынка. Он делится соображениями с Васьковым, а подозреваемому вскользь сообщает о любопытном участковом. Васьков, в свою очередь, обращается к своему знакомому с просьбой «пробить» Расторгуева.
К Расторгуеву обращается девушка, изнасилованная помощником Малыша. Эту информацию Расторгуев передает участковому Васькову, чтобы оперативники разобрались, и насильник понес заслуженное наказание. Однако в полиции хотят задержать саму девушку и «раскрыть» преступление, которое она «собиралась совершить». Расторгуев инкогнито звонит начальнику полиции и обещает его убить, если тот не примет меры.
Расторгуев добывает винтовку с оптическим прицелом и начинает «учить» начальника местной полиции. Тот впадает в истерику и приказывает выбить из девушки правду. Расторгуева задерживают и сажают в КПЗ. Однако в почтовом ящике полковника оказывается подложенная кем-то граната. Значит, у Расторгуева есть сообщники? Кто они?
Пропадает курьер с крупной суммой денег. Его труп находят около автотрассы с ножевым ранением – таким же, что и в двух других убийствах… На следствие приезжает из столицы бывший сослуживец Расторгуева Юрий, теперь полковник. Расторгуев предлагает, как им вместе взять Артёма — правую руку Малыша. Однако Юрий и не собирается отвозить Артёма в Москву. Он хочет просто поквитаться с ним…
Расторгуев просит Баженова связаться с Москвой, чтобы узнать о судьбе генерала Лыкова, предавшего его. И узнает, что Лыкова должны освободить из-под ареста, а это означает, что над Расторгуевым и Дашей нависает страшная опасность…
Бывший майор полиции не может простить Расторгуеву крушения своей прежней жизни — утраты денег и положения. С предложением найти и наказать Расторгуева он приходит к генералу Лыкову. Однако Лыков не собирается мстить Расторгуеву, это же он советует и майору. Но тот не слушает совета — «конкретные» люди приезжают в городок, где живет Расторгуев с семьей…
В городе ищут убийцу, который поднял руку на людей Малыша. У Расторгуева состоялся разговор с генералом Петровским. Он делает ему предложение занять место начальника местной полиции, однако Расторгуев отказывается. Случайно оказавшись в гараже соседа, Расторгуев находит коробки с деньгами и пистолет, из которого были совершены убийства.
Расторгуев приезжает в Москву, где у него происходит сложный разговор с полковником, который объясняет, что произошла утечка информации по легенде Расторгуева. Расторгуев хочет сам во всем разобраться. Он принимает предложение генерала возглавить полицию Томилинска.
Вернувшись в Томилинск, полковник Расторгуев приступает к работе в качестве начальника городской полиции. Старшего лейтенанта Васькова он сразу же переводит из участковых в уголовный розыск и начинает чистку в рядах полицейских. Этим страшно недовольны глава администрации Селиванов и начальник порта Надеждин. Они берут под крыло отстраненного от дел Кудряшова, и ждут, когда поквитаются с Расторгуевым…
Расторгуев озабочен криминогенной ситуацией в Томилинске. Он понимает, что в одиночку бороться с беспорядками ему не под силу, и собирается уговорить своего бывшего куратора Баженова вернуться в полицию, чтобы стать его соратником…
Расторгуев поручает Баженову найти человека, который продал соседу пистолет. Сам Женька утверждает, что у продавца оставалось еще два ствола. Спустя какое-то время информация подтверждается: уволенный из полиции Кудряшов сообщает Расторгуеву, что пистолет купил сын погибшей женщины, чтобы отомстить хирургу за смерть матери.
В городе получает огласку вопиющий случай: охрана бизнесмена Зорина зверски избивает сотрудника ДПС, пытавшегося остановить машину босса. Парень в коме находится в местной больнице, а у подчиненных Расторгуева нет ни одной зацепки. Весь личный состав начинает косо смотреть на шефа…
Томилинский делец Иващук распродает свой бизнес: кинотеатр, магазины, две гостиницы, кофейни… Малыш, помогавший ему в свое время «подняться», уверен, что все это Иващук обязан продать ему, причем по номиналу. Но предприниматель с этим не согласен, чем провоцирует нешуточный конфликт.
Расторгуева заинтересовало, у кого Даша купила заведение, и Баженов выяснил, что это была собственность Малыша. Тем временем расследование серии смертельных отравлений курительной смесью привело сыщиков в загородный дом проректора вуза.
Пытаясь защитить припаркованный во дворе дома автомобиль, погиб следователь Мальков. Расторгуев понимает, что это был не просто угон и случайная смерть, а спланированное убийство. Чтобы узнать подробности, он едет к следователю, 11 лет назад расследовавшему убийство подростков. Но того смертельно ранят, и он не успевает назвать имя преступника…
Даша становится свидетелем двойного убийства, совершенного Малышом. Бандит приказывает вывезти трупы в ее машине, зная, что автомобиль не остановят полицейские. Он дает понять, что за все надо платить — за покровительство и за гостиничный комплекс, проданный ей за бесценок…
Даша планирует продать отель, однако Малыш, узнав об этом, ясно дает ей понять, что без его разрешения никто и ничего у нее не купит. Тогда Даше приходит в голову шальная мысль отравить «благодетеля» во время ужина…
Стало известно, что в томилинский порт пришли контейнеры с коврами, внутри которых спрятана большая партия наркотиков. ОМОН задерживает банду Лобана, а Малыша убивают при попытке к бегству прямо во дворе отделения полиции…
После гибели Малыша его место занимает авторитет по прозвищу Китаец. Даша обращается к нему с просьбой защитить ее бизнес, а когда Китаец выполняет ее просьбу, просит содействия в продаже своего отеля. Следователь, который вел дело об убийстве детей генерала и начальника порта, догадывается, что их убил Кудряшов. Он вызывает Кудряшова на откровенный разговор…
Расторгуева вновь переводят на работу в Петербург. Ему поручают сопроводить киллера Лёху Честного к месту, где тот спрятал пистолет и останки убитого им много лет назад лидера крупной ОПГ Зарецкого. Лёха признается в убийстве Зарецкого и готов назвать имя заказчика, но на следующий день кто-то помогает ему сбежать.
Сын влиятельного банкира Бурмашевского сбивает на машине у ночного клуба несколько человек и скрывается с места преступления. Дело получает широкую огласку. Адвокат Павлов пытается уговорить Расторгуева замять инцидент, предлагая Истоминой кредит под ее бизнес в банке Бурмашевского на выгодных условиях.
Тихомиров, у которого убили дочь, не может сообщить следствию приметы киллера, ссылаясь на темное время суток. Однако Расторгуев прекрасно понимает, что тот хочет самостоятельно найти и наказать убийцу. Вскоре Костя Локтев устанавливает личность предполагаемого киллера. Понимая, что над Тихомировым нависла угроза, Расторгуев инсценирует его арест.
Расторгуев недоволен прекращением дела о покушении на Тихомирова и убийстве его дочери. Вопреки решению руководства, он продолжает поиски заказчика преступления. Тем временем Тяни-Толкай требует от Мирошникова завершить дело и найти нового исполнителя для устранения Тихомирова.
Мирошников недоволен возвращением Некрасова в Петербург и поручает своему коллеге — коррумпированному начальнику убойного отдела полиции Демидову — разобраться с ним. Но покушение на Некрасова оборачивается неудачей. Арефьев намекает Расторгуеву на связь Демидова с криминальным миром и предлагает разоблачить его до того, как это сделает ОСБ.
Мирошников с подручным задерживают крупную партию наркотиков, принадлежащую конкурентам авторитета Речника. Таким образом Мирошников «отрабатывает» вложенные в его назначение капиталы, а также укрепляет свой авторитет в глазах Арефьева. В его планах — протолкнуть на освободившееся место начальника убойного отдела доверенного человека — майора Сунгарова.
На адвоката Павлова совершено дерзкое нападение прямо в его доме. Случайно оказавшийся рядом Расторгуев бросается на помощь и отпугивает бандитов. По его инициативе возобновляется старое дело о разбойных нападениях на дома влиятельных людей. Выясняется, что неуловимая банда действовала слаженно и никогда не оставляла своих жертв в живых.
Сунгаров на новом месте работы жестоко расправляется с местной преступной группировкой: по его приказу расстреливают всех членов банды и главаря за отказ передать контроль над местным заводом. От своих информаторов Расторгуев узнает, что вскоре должна пройти сходка авторитетов всего города, на которой планируется избрать нового смотрящего. Расторгуев проводит тайную операцию по захвату бандитов, но одному из них, авторитету Тарасу, удается уйти.
Документальный фильм о съемках третьего сезона сериала «Шеф»