В этой серии Петя, Марго и Кубик отправляются в волшебный мир, чтобы вернуть сгоревший макет Парусника. Они встречают странную птицу Пеликана, которая отводит их к Пирату. Именно у него в бутылках заточены множество кораблей.
Маргарита узнает о том, что в Волшебных мирах у Принцессы ночи есть платье, которое исполняет желания. Девочка уговаривает Петю, отправится за платьем.
В этой серии Маг Фаттах подменяет тень Брюса. Брюс становится злым. Чтобы спасти его, Марго и Петя отправляются в царство теней и возвращают Тень Брюса своему хозяину.
В этой серии к детям в Башню пробирается магическое существо - Дракониха. Она крадет артефакт и разбивает часы, песок из которых образует магический портал, в который проваливаются Петя, Кубик и Марго.
Брюс мастерит телескоп для царя. Он просит Петю слетать в Волшебные миры за прозрачным камнем люменитом. Оказавшись в Волшебных мирах, дети попадают внутрь бутылки, в которой уже много лет сидит Джин. Джин признается, что ужасная упыриха Поки-Хоки велела ему заманить в бутылку Брюса и превратить его в таракана.
Царя Петра Великого мучают страшные сны, в которых повторяется один и тот же сюжет - гибель его детища - Санкт-Петербурга. Чтобы избавить царя от кошмара, дети отправляются в Волшебные миры. Оказывается, Царь видит не свой сон.
Старый друг подарил Якову Брюсу свое изобретение-машину времени. Несмотря на запрет дети воспользовались ею. Прошлое изменилось, вызвав тем самым в настоящем череду странных и нелепых событий.
В этой серии Брюс и Петя изобретают эликсир бессмертия. Чтобы проверить действие эликсира, Брюс выпивает яд. Петя должен оживить Брюса через некоторое время, но флакон случайно разбивается. Чтобы восстановить эликсир, дети отправляются в волшебную страну растений за редким цветком «Болиголова болотного».