Pille, Peter und Plumpi wollen einen Ausflug ins All machen, brauchen aber Mikrobis Hilfe, um das Familienraumschiff zu benutzen. Da er jedoch darauf programmiert ist, auf Pepe aufzupassen, fliegt dieser kurzerhand mit. Im All kommt es zu einem technischen Problem, das nicht von Mikrobi, sondern von Pepe behoben werden kann.
Das Raumschiff landet auf einem Planeten, auf dem lauter melonenförmige Gegenstände herumliegen. Als die Mannschaft hungrig wird, versucht Plumpi, eine der vermeintlichen Melonen anzuschneiden. Dabei stellt sich heraus, dass es keine Früchte sind, sondern intelligente Lebewesen, die nur aus Köpfen bestehen und den ganzen Tag nachdenken.
Das Raumschiff landet an einem See. Als alle schlafen, verlässt Pepe das Schiff und freundet sich mit den delfinartigen Bewohnern des Planeten an. Da erscheint ein Schlammmonster und saugt das für die Delfine lebensnotwendige Wasser aus dem See. Da greift Mikrobi ein und kann das Monster besiegen.
Pepes Großmutter hat den Kristallanhänger ihrer Halskette verloren. Mikrobi, Pepe und Plumpi fliegen auf den Kristallplaneten, um ihr einen neuen zu besorgen. Dort angekommen, bricht Pepe einen großen Kristall ab, worauf eine Vervielfältigung geschieht und auf einmal vier Pepes existieren. Um das rückgängig zu machen, muss Mikrobi in die Kristallzentrale.
Pepes Mutter schickt Mikrobi mit den Kindern zum Erholen auf einen grünen Planeten. Dort leben die Divisoren, die aussehen wie Perlenschnüre. Pepe nimmt einen mit nach Hause auf die Erde. Als er ihn beim Spielen versehentlich zerreißt, werden auf einmal zwei daraus. Die Divisoren beginnen, sich unaufhaltsam zu teilen.
Großmutter hat für Mikrobi einen Pullover gestrickt, den er aber nicht tragen möchte. Trotzdem muss er ihn anziehen, als er mit Pille und Peter aufbricht, um einen musizierenden Kaktus zu besorgen. Die drei finden zwar einen Planeten, der von großen Kakteen bewohnt wird, aber von Musik haben die noch nie etwas gehört. Sie bringen es ihnen bei, und ganz nebenbei entledigt sich Mikrobi auch noch seines ungeliebten Pullovers.
Mikrobi, Pille und Plumpi landen auf dem Planeten der Tripediten, dreibeiniger Lebewesen mit Trompetennasen. Als diese sehen, wie Mikrobi über eine Schlucht springt, sind sie von seiner Sprungtechnik begeistert. Mikrobi bringt sie ihnen bei, worauf sie ihn zum Ehrentripediten ernennen.
Mikrobi startet mit Pepe ins All, damit dieser auf seiner Trompete üben kann, ohne die Familie zu nerven. Sie landen auf einem Planeten, der von Robotern bewohnt wird, die wie Menschen aussehen, und Pepe fängt an zu trompeten. Die Roboter werden allerdings durch Musik gesteuert, und Pepes falsches Spielen bringt sie gehörig durcheinander.
Damit Peter und Pille ungestört lernen können, schicken sie Mikrobi mit Pepe auf einen Ausflug. Die beiden fliegen zu einem Planeten, der von Schnecken bewohnt wird. Diese stecken den für sie ungeschützt wirkenden Pepe umgehend in ein Schneckenhaus, was ihm so gut gefällt, dass er nicht mehr herauszulocken ist.
Pepe möchte unbedingt einen Schneemann bauen, und so sucht Mikrobi mit Plumpi und ihm einen Planeten, auf dem Schnee liegt. Sie finden einen völlig eingeschneiten Planeten und beginnen sofort, den Schneemann zu bauen. Die dort lebenden Maulwürfe hätten allerdings lieber einmal wieder einen richtigen Sommer.
Mikrobi, Plumpi und Pepe sind im All unterwegs, als plötzlich Raumpiraten ihr Raumschiff angreifen. Als Mikrobi es auf Schäden untersuchen will, entführen die Piraten Pepe. Mikrobi ist zu langsam, um sie zu verfolgen, aber die Piraten bringen Pepe freiwillig zurück, nachdem er ihre Arme verknotet und sie so außer Gefecht gesetzt hat.
Ein Kostümball steht an, und Mikrobi, Pille, Peter und Plumpi fliegen ins All, um ausgefallene Kostüme zu finden. Als sie auf einem Blumenplaneten landen, werden die Kinder von Aloatt, einem mächtigen Computer und Herrscher des Planeten, gefangen genommen. Doch Mikrobi kann sie und die Bewohner des Planeten befreien.
